home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / software / 2493 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-21  |  3.1 KB  |  71 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!stanford.edu!MED.Stanford.EDU!cmgm.stanford.edu!wnelson
  3. From: wnelson@cmgm.stanford.edu (Will Nelson)
  4. Subject: problem with blast
  5. Message-ID: <1993Jan21.231458.19512@medmail.stanford.edu>
  6. Keywords: blastn
  7. Sender: news@medmail.stanford.edu
  8. Organization: Stanford University, California, USA
  9. Date: Thu, 21 Jan 1993 23:14:58 GMT
  10. Lines: 59
  11.  
  12. I have been having a problem with blastn.
  13. The problem is that on successive invocations of blastn,
  14. I get different results, using the same input sequence.
  15.  
  16. My input file is this:
  17.  
  18.  
  19. >DROSATA - LOCUS       DROSATA       254 bp ds-DNA             INV       15-MAR-1989
  20. canatttgcaaatttaatgaaccccccttcaaaaaatgcgaaaattaacgcaaaaattgatttccctaaa
  21. tccttcaaaaagtaaataacaactttttggcaaaatctgattccctaatttcggtcattaaataatcagt
  22. ttttttgccacaactttaaaaataattgtctgaatatggaatgtcatacctcgcnnagctngtaattaaa
  23. tttccaatgaaactgtgttcaacaatgaaaattacatttttcgg
  24.  
  25. Here is the beginning of the output of diff of the blast results:
  26.  
  27.  
  28. 1,4c1,2
  29. < Script started on Thu Jan 21 14:57:54 1993
  30. < cmgm.stanford.edu%<1>which script
  31. < /usr/ucb/script
  32. < cmgm.stanford.edu%<2>bl  which blast
  33. ---
  34. > Script started on Thu Jan 21 15:00:08 1993
  35. > cmgm.stanford.edu%<1>which blast
  36. 6c4
  37. < cmgm.stanford.edu%<3>blast
  38. ---
  39. > cmgm.stanford.edu%<2>blast
  40. 60,69c58,67
  41. < DROSATA   drosophila 1.688 g/ml satellite repeating unit.     1252  4.0e-97   1
  42. < DRO16883C D.melanogaster untranscribed DNA 1688-3C             459  1.6e-39   2
  43. < DROREP1   Repetitive DNA from Drosophila satellite fracti...   567  1.7e-38   1
  44. < DROSATB   drosophila 1.688 g/ml satellite repeating unit.      567  1.7e-38   1
  45. < DRO1688ED D.melanogaster untranscribed DNA 1688-10Ed           490  7.0e-32   1
  46. < DRO1688EP D.melanogaster untranscribed DNA 1688-10Ep           466  7.8e-30   1
  47. < DROSAT353 D.melanogaster 1.688 g/ml satellite DNA sequence.    438  1.9e-27   1
  48. < DROARS413 d. melanogaster autonomous replication sequence...   355  2.0e-20   1
  49. < DROARS410 d. melanogaster autonomous replication sequence...   350  5.3e-20   1
  50. < DRODMRA   D.melanogaster dispersed middle repetitive DNA ...   255  6.5e-20   2
  51. ---
  52. > DROSATA   drosophila 1.688 g/ml satellite repeating unit.     1234  1.3e-95   1
  53. > DRO16883C D.melanogaster untranscribed DNA 1688-3C             450  5.4e-38   2
  54. > DROREP1   Repetitive DNA from Drosophila satellite fracti...   558  1.0e-37   1
  55. > DROSATB   drosophila 1.688 g/ml satellite repeating unit.      558  1.0e-37   1
  56. > DRO1688ED D.melanogaster untranscribed DNA 1688-10Ed           481  4.1e-31   1
  57. > DRO1688EP D.melanogaster untranscribed DNA 1688-10Ep           457  4.5e-29   1
  58. > DROSAT353 D.melanogaster 1.688 g/ml satellite DNA sequence.    429  1.1e-26   1
  59. > DRODMRA   D.melanogaster dispersed middle repetitive DNA ...   246  6.5e-20   2
  60. > DROARS413 d. melanogaster autonomous replication sequence...   346  1.2e-19   1
  61. > DROARS410 d. melanogaster autonomous replication sequence...   341  3.1e-19   1
  62. 71c69
  63. < DRODMRC   D.melanogaster dispersed middle repetitive DNA ...   213  6.8e-17   2
  64.  
  65. Has anyone else seen anything like this?
  66. --
  67. Will Nelson
  68. Computer Resource Administrator
  69. The Beckman Center at Stanford
  70. will@cmgm.stanford.edu
  71.