home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Executor 2.0 / executorv2.0.iso / pc / dos / extra / docs / maillist / text / archive.95 / text3516.txt < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1996-03-31  |  4.3 KB
  1. Received: from [129.132.49.126] by kontiki.ethz.ch id NAA10715;
  2.           Tue, 25 Jul 1995 13:11:39 +0200
  3. X-Sender: auerbach@kontiki.ethz.ch
  4. Message-Id: <v01510101ac3a9f44ac9a@[129.132.49.126]>
  5. Mime-Version: 1.0
  6. Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"
  7. To: executor@nacm.com
  8. From: auerbach@cell.biol.ethz.ch (Daniel Auerbach)
  9. Subject: Re: E/D software
  10. Sender: owner-paper@nacm.com
  11. Precedence: bulk
  12.  
  13. >-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----
  14. >
  15. >On Fri, 21 Jul 1995, Daniel Auerbach wrote:
  16. >
  17. >> Date: Fri, 21 Jul 1995 13:42:22 +0200
  18. >> From: Daniel Auerbach <auerbach@cell.biol.ethz.ch>
  19. >> To: executor@nacm.com
  20. >> Subject: E/D software
  21. >>
  22. >> I found that all the DNA Star programs run without any troubles under
  23. >> E/D. That's probably not worth much to anyone else since these programs
  24. >> are commercial (and awfully expensive on top !!) but for me this is more
  25. >> than wonderful...
  26. >>
  27. >that's great!
  28. >
  29. >i was thinking of trying to put those on my machine but i decided it
  30. >wasn't worth the trouble as i doubted they would work.
  31.  
  32.  
  33.  
  34. Sorry about the delay in answering, but I've been working the whole weekend
  35. putting sequences together :(
  36.  
  37. First, I apologize for my "all programs work fine" statement. They do work fine,
  38. but there still are some annoying bugs. If ARDI could look into those - I
  39. belive
  40. announcing that executor 2.0 runs DNA Star flawlessly could get you al lot
  41. of licences !
  42. To my knowledge there's no DNA Star version for IBM (BTW, has anyone tried
  43. Current
  44. Contents with executor ? I think this might sell some executor licences, too).
  45.  
  46. Anyway, my problems are mostly with Edit Sequence (Mapdraw and Align seem to
  47. work well). If you open a sequence file, sometimes it appears ok, that is,
  48. the text is
  49. not bold and you can edit the sequence alright. But sometimes, the whole
  50. sequence text
  51. is printed in bold, it doesn't use the whole window when you resize it
  52. (making it bigger)
  53. and above all, the cursor jumps something between one and two bases when
  54. you use the
  55. arrows to move through the sequence. Also, it partly deletes letters while
  56. moving, and if
  57. you use the mouse to position the cursor and then the keyboard to shift it,
  58. you'll have a
  59. "permanent" cursor where you first positioned it. This happens with about
  60. half of all the files
  61. you open. It looks to me as though executor overrides Edit Sequence to
  62. print the sequence on the screen. Maybe a font problem ?
  63.  
  64.  
  65. Sorry for all this blabla but since (I  think) DNA Star is much better than
  66. DNA Strider, you should also take a look at this one (especially since
  67. there don't seem to be many bugs...).
  68.  
  69. Some other things I noticed:
  70.  
  71. If you move a file from one folder to another and both folders are set to
  72. have the files appear as listings, after moving, the new file always
  73. appears as an icon somewhere below the listings of the rest of the files
  74. (which are still as text, though).
  75.  
  76. If you have your files as listings and then make the folder windows real
  77. big, executor shows two
  78. rows of files, even if there are only two files in the folder. However, you
  79. can never choose the one in the second row - you always end up with this
  80. one just simply disappearing!
  81.  
  82. Finally, when I try E/D with -size 800x600 with my Mach32 VLB card, the
  83. refresh rate is
  84. abnormally low - if I try it with a dead cheap OAK VGA card with 512K, it
  85. works fine however.
  86. Am I missing some switch  to put up the refresh rate or am I just being
  87. stupid or something ?
  88.  
  89. I have a 486 DX2/66 with 16 megs RAM and (normally...) a ATI Mach32 card
  90. with 2 megs
  91. VRAM.
  92.  
  93.  
  94. Thanks for reading all that stuff and *please* think about testing DNA
  95. Star. I'd be really
  96. happy to see it running 100%...
  97.  
  98.  
  99.                         - Dan
  100.  
  101. P.S.  Ooops, sorry - yes, it runs not exactly fast, but its enough to work
  102. with it. Actually, I opened 15 sequence files (in Edit Sequence) and still
  103. it didn't slow down. Computing
  104. restriction maps in Map Draw takes a while, though. Try it, it's really
  105. cool (much better
  106. than Strider) !
  107.  
  108.  
  109. ------------------------------------------------------------------
  110. *  Daniel Auerbach, Institute for Cell Biology
  111. *  phone: ++41 1 633 33 93, FAX: ++41 1 633 10 69
  112. *  HPM F 46, CH-8093 Zurich, Switzerland
  113. *  auerbach@cell.biol.ethz.ch
  114. ------------------------------------------------------------------
  115.  
  116.  
  117.  
  118.