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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / sci / nanotech / 771 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-22  |  3.4 KB
  1. Path: sparky!uunet!cs.utexas.edu!qt.cs.utexas.edu!yale.edu!newsserver.jvnc.net!rutgers!igor.rutgers.edu!planchet.rutgers.edu!nanotech
  2. From: ian@inf.ethz.ch (Ian)
  3. Newsgroups: sci.nanotech
  4. Subject: Re: Theoretical limits
  5. Message-ID: <Jan.21.22.53.19.1993.5208@planchet.rutgers.edu>
  6. Date: 22 Jan 93 03:53:20 GMT
  7. Sender: nanotech@planchet.rutgers.edu
  8. Organization: Dept Biochemistry, University of Bristol, UK
  9. Lines: 59
  10. Approved: nanotech@aramis.rutgers.edu
  11.  
  12. < call for feasability study deleted>
  13.  
  14. >
  15. >[Although I do not share Mr. Dunphy's pessimism, I second his proposal
  16. > empahtically... Before we can do this in more than a handwaving
  17. > way, however, we need molecular simulation software.  Does anyone know of
  18. > any usable PD codes,
  19.  
  20. I believe that the Gromos software of Prof van Gundsteren is free (you might
  21. have to pay for the tape) if not actually PD.  Failing that it's getting
  22. quite difficult to acquire free MD software because companies are now
  23. realizing that a great potential market exists.  Some people are even suddenly
  24. finding that they are no longer permitted access sources that they wrote :-(
  25.  
  26. (btw MD = Molecular Dynamics, I hope nobody is going to seriously suggest a 
  27. Quantum approach ?)
  28.  
  29. > or is there any interest in a sci.nanotech-based collaboration to produce
  30. > such a beast?
  31.  
  32. Count me in.  I'm not sure that it's strictly necessary, however.  If we could
  33. agree on an exchange format it would be easy to knock up a set of conversion
  34. programs to generate whatever format your software required.
  35.  
  36. > --JoSH]
  37.  
  38. w.r.t the proposed feasability study, to what tests do we whish to subject
  39. any proposed designs.  As i see it, there are * things to consider:
  40.  
  41. 1) Chemical Legitimacy:  Is the structure actually possible within the laws of
  42.    chemistry.  (Is there an existing expert system that would assess this ?
  43.    Some of the more user friendly MD packages will 'parse ' a potential
  44.    structure and report open valencies etc. but I wouldn't take their word
  45.    as gospell) failing this shgould we appoint a commitee of our more
  46.    'chemical' contributors ?
  47.  
  48. 2) Conformational Stability:  Does the structure dekay into another, more-
  49.    stable conformation when subjected to Energy Minimization and/or MD ?  
  50.    Which force-field do we consider most accurate for this determination ?
  51.    What temperature do we require the structure for withstand, for how long ?
  52.  
  53. 3) Can the proposed structure be readily synthesized ?  This is less 
  54.    important because given a functional but un-makeable device, we could
  55.    probably rework the design until it was plausible.  (As above, is their an
  56.    expert system that can do this.  I know that several of the 'great'
  57.    pharmaceuticals houses have such programs but that they do not admit to
  58.    using them because their is some doubt about the patent/copyright on
  59.    things designed by a machine (in some countries at least).)
  60.  
  61. 4) Does it perform the task claimed, will it do so under simulation?  How
  62.    robust is its behaviour ?
  63.  
  64. With regard to 2 and 4 is it possible for someone to set up a Dynamics-Server
  65. (not sure whether I could all out machines are heavily used (but we're getting
  66. more>) that would recieve a design in a standard format and subject it to
  67. a standard regiem of Energy Minimisation and Dynamics ?
  68.  
  69. One other small niggle.  Whenever people have suggested this before, nothing
  70. has happened!  What is it, are you all lazy ?  (Or is it really impossible ?)
  71.