home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / software / 2556 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-28  |  2.7 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!agate!stanford.edu!hsdndev!newsfeed.rice.edu!bcm!brent
  2. From: brent@kite.imgen.bcm.tmc.edu (Brent Wiese)
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: PIMA on SGI
  5. Keywords: protein sequence alignment
  6. Message-ID: <1k942lINN6ir@gazette.bcm.tmc.edu>
  7. Date: 28 Jan 93 17:10:45 GMT
  8. References: <1993Jan27.081224.21491@kakwa.ucs.ualberta.ca>
  9. Organization: Baylor College of Medicine, Houston, Tx
  10. Lines: 51
  11. NNTP-Posting-Host: kite.imgen.bcm.tmc.edu
  12. Originator: brent@kite.imgen.bcm.tmc.edu
  13.  
  14.  
  15. In article <1993Jan27.081224.21491@kakwa.ucs.ualberta.ca>, rndy@wimsey.mmid.ualberta.ca (Randy Read) writes:
  16. > I've downloaded Smith & Smith's PIMA (Pattern Induced Multiple Alignment)  
  17. > package (MBCRR-Package/pima-1.22.tar.Z on mbcrr.harvard.edu) by ftp as  
  18. > suggested in their paper.  Attempts to install the package on either an SGI or  
  19. > a NeXT lead to a number of compile-time warnings and fatal errors.  I still  
  20. > only speak pidgin C, so I'm hoping that someone with a greater facility with  
  21. > the language has sorted this out.
  22. > 
  23. > Has anyone out there succeeded in implementing this package on SGI hardware?   
  24. > If so, is the revised version available, or is it just a matter of the right  
  25. > compiler flags?  I would greatly appreciate any information, either by e-mail  
  26. > or posted to this newsgroup.
  27. > 
  28. > Randy J. Read
  29. > rndy@wimsey.mmid.ualberta.ca
  30.  
  31.      Yes, your errors can be resolved by a compiler setting.  Since the
  32. code is not ansi but rather K&R C you should tell the compiler this.
  33. The easiest way to do this would be to run ...
  34.  
  35.     setenv SGI_CC -cckr
  36.  
  37. ... and then run the install.sh file.  Additionally you will want to make
  38. as slight modification to the file make-cluster.sh .  Line number 258 of
  39. make-cluster.sh should read ...
  40.  
  41. ----------------------------------------------------------------
  42. awk '{print NR,$0}' tmp-cluster.$$ | extract-cluster-loci | awk '{print $2}' |
  43. ----------------------------------------------------------------
  44.  
  45. ... instead of ...
  46.  
  47. ----------------------------------------------------------------
  48. cat -n tmp-cluster.$$ | extract-cluster-loci | awk '{print $2}' |
  49. ----------------------------------------------------------------
  50.  
  51.      I don't have access to a NeXT system right now so I don't know how
  52. you can tell the C compiler on your NeXT system to expect K&R C, or if
  53. that is even possible.  If you don't have anybody around there that knows
  54. how to tell the NeXT C compiler this, let me know and I will see what I can
  55. do.  Please contact brent@bcm.tmc.edu or rsmith@bcm.tmc.edu if you are
  56. having any further difficulties.
  57.  
  58. Thanks,
  59.   Brent
  60. -- 
  61. Brent Wiese                Phone:       713-798-6034
  62. Institute for Molecular Genetics    Fax:       713-798-5386
  63. Baylor College of Medicine        Internet:  brent@bcm.tmc.edu
  64. Houston, TX 77030  USA
  65.