home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / software / 2554 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-28  |  2.6 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!daresbury!buzz.bmc.uu.se!corax.udac.uu.se!sunic!aun.uninett.no!nuug!nntp.uio.no!news
  2. From: RODRIGOL@BIOMED.UIO.NO (Rodrigo Lopez)
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: BLOCKS searches on VAX/VMS and Alpha/OpenVMS
  5. Message-ID: <1993Jan28.131943.28239@ulrik.uio.no>
  6. Date: 28 Jan 93 13:19:43 GMT
  7. References: <Fuchs-270193150431@rainer-mac.embl-heidelberg.de>
  8. Sender: news@ulrik.uio.no (Mr News)
  9. Organization: NORWEGIAN EMBNET NODE
  10. Lines: 44
  11. In-Reply-To: Fuchs@EMBL-Heidelberg.DE's message of 27 Jan 93 15:08:05 +0100
  12. Nntp-Posting-Host: biomed.uio.no
  13. X-News-Reader: VMS NEWS 1.24
  14.  
  15. In <Fuchs-270193150431@rainer-mac.embl-heidelberg.de> Fuchs@EMBL-Heidelberg.DE writes:
  16.  
  17. > A new program, BlockSearch, is available for the analysis of new protein
  18. > sequences using site-specific scoring matrices derived from Steven and
  19. > Jorja Henikoff's BLOCKS database. The program was developed primarily for
  20. > VMS/OpenVMS systems, but is written in ANSI C and should work on other
  21. > platforms as well. It reads sequences in a variety of formats, including
  22. > SWISS-PROT and GCG. A comparison of a typical-length protein sequence
  23. > against BLOCKS release 6 takes about 15-20 CPU secs.
  24. > 
  25. > A copy can be obtained from ftp.embl-heidelberg.de
  26. > (/pub/software/vax/blksrch.uue) or by email from netserv@embl-heidelberg.de
  27. > (get vax_software:blksrch.uue).
  28. > 
  29. > 
  30. > Rainer Fuchs
  31. > EMBL Data Library
  32. > Fuchs@EMBL-Heidelberg.DE
  33.  
  34. I had a small problem with the frequency tables provided with the program 
  35. source: Blocksearch complains about their format. Just edit the files
  36. and remove the  blank line between the comments (lines beggining with '#')
  37. and the table itself.
  38.  
  39. I wrote a small DCL script that perhaps helps using the program. It can be
  40. fetched by anonymous ftp from biomed.uio.no (129.240.2.38). Look in the
  41. root directory for a DCL file called RUN_BLOCKS.COM. Edit the file to
  42. customize it to your local setup. There is the command 'Fetch' which should
  43. be removed for sites that don't have GCG.
  44.  
  45. R:)
  46.  
  47.  
  48.                              Rodrigo Lopez
  49.           ****************************************************
  50.           * Work:       The Norwegian EMBnet node            *
  51.           *             The Biotechnology Centre of Oslo     *
  52.           * Address:    Gaustadalleen 21, N-0371 Oslo Norway *
  53.           * Telephone:  +47-2-958756                         *
  54.           * Fax:        +47-2-694130                         *
  55.           * Electronic mail addresses (Internet)             *
  56.           * rodrigol@ulrik.uio.no      UNIX                  *
  57.           * rodrigol@biomed.uio.no     VMS                   *
  58.           ****************************************************
  59.