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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bit / listserv / infogcg / 317 < prev    next >
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Text File  |  1992-12-21  |  2.4 KB  |  59 lines
  1. Comments: Gated by NETNEWS@AUVM.AMERICAN.EDU
  2. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!darwin.sura.net!paladin.american.edu!auvm!MEDINFO.ROCHESTER.EDU!CHARLES
  3. X-Delivery-Notice:  SMTP MAIL FROM does not correspond to sender.
  4. X-Delivery-Notice:  SMTP MAIL FROM does not correspond to sender.
  5. Message-ID: <921221.132511.1225@medinfo.rochester.edu>
  6. Newsgroups: bit.listserv.info-gcg
  7. Date:         Mon, 21 Dec 1992 13:25:11 -0500
  8. Reply-To:     "Charles A. Alexander" <charles@MEDINFO.ROCHESTER.EDU>
  9. Sender:       "INFO-GCG: GCG Genetics Software Discussion"
  10.               <INFO-GCG@UTORONTO.BITNET>
  11. From:         "Charles A. Alexander" <charles@MEDINFO.ROCHESTER.EDU>
  12. Subject:      Plotstructure
  13. Comments: To: INFO-GCG@utoronto.bitnet
  14. Lines: 43
  15.  
  16. Hello
  17.  
  18. There is some sort of quirk (or bug?) in PLOTSTRUCTURE that shows up in certain
  19. cases.  I felt that the people on this list should be informed.
  20.  
  21. PLOTSTRUCTURE seems to calculate Kyte-Doolittle hydrophobicity values for
  22. thresholds set below a certain value in PEPTIDESTRUCTURE.  A GCG user here set
  23. the default value for one of his proteins hydrophobic character as 1.6 (as in
  24. the referenced paper and not as in the program's default value) in
  25. PEPTIDESTRUCTURE.  However, values < 1.6 were calculated as hydrophobic as well
  26. in the 2-D plot.
  27.  
  28. To their credit, GCG have begun looking into the  problem and a fix (or an
  29. answer) should be coming soon. Here's Michael Hogan's (GCG Support Personnel)
  30. evaluation of the problem:
  31.  
  32. ^Here's the story.  The plotting routine that produces the 2-D plot contains a
  33. ^statement that subtracts a constant value from the hydrophicity values in the
  34. ^p2s file.  This subtraction accounts for the anomalies your user noticed (i.e.
  35. ^setting the hydrophil threshhold at 1.6 but getting residues with lower values
  36. ^marked on the figure).  The problem I am having is finding out exactly why the
  37. ^constant factor is being subtracted in the first place.  I am hesistant to make
  38. ^any changes to the program until I understand why this is being done this way.
  39. ^I'll be meeting with the author today to discuss the problem and should be able
  40. ^to send you a fix this afternoon.
  41. ^Regards,
  42. ^Michael Hogan
  43.  
  44. That's what your subscription and license fees pay for..... ;)
  45.  
  46. Charles Alexander
  47.  
  48.  
  49.  
  50.  
  51.  Div.of Medical Informatics
  52.  University of Rochester, Rochester, New York
  53.  Internet: Charles@Medinfo.Rochester.Edu
  54.  
  55. GCGC@Db1.cc.Rochester.Edu
  56.  Bitnet:   GCGC@UORDBV
  57.  FAXnet:                (716) 275-6007
  58.  AT&Tnet:       (716) 275-0643
  59.