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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2342 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-12-30  |  6.2 KB  |  181 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!darwin.sura.net!welchgate.welch.jhu.edu!danj
  3. From: danj@welchgate.welch.jhu.edu (Dan Jacobson)
  4. Subject: Re: software for silent mutagenesis
  5. Message-ID: <1992Dec30.215116.24937@welchgate.welch.jhu.edu>
  6. Organization: Johns Hopkins Univ. Welch Medical Library
  7. References: <1992Dec30.185104.9506@alw.nih.gov>
  8. Date: Wed, 30 Dec 1992 21:51:16 GMT
  9. Lines: 170
  10.  
  11. In article <1992Dec30.185104.9506@alw.nih.gov> usdin@helix.nih.gov (Ted Usdin) writes:
  12. >Weiner and Scheraga (CABIOS, vol 5 pp191-198, 1989) described a Macintosh
  13. >program (Gene.Design.?) to assist in introducing restriction sites into DNA without changing the amino
  14. >acid sequence.  Does anyone know where I can get a copy of this, or a similar
  15. >program that runs on a Macintosh?
  16. >
  17. >Thanks for any help.
  18. >
  19.  
  20. There is a similar program which runs on a PC called OligoMutantMaker.
  21. It is available by anonymous ftp from:
  22.  
  23. Host fly.bio.indiana.edu
  24.  
  25.     Location: /molbio/ibmpc
  26.            FILE -rw-r--r--       8540  May 14 1991  oligo.doc
  27.            FILE -rw-r--r--     231882  May 14 1991  oligo.uue
  28.  
  29.  
  30. I am including some information about the program below.
  31.  
  32.  
  33. Happy New Year,
  34.  
  35.  
  36. Dan Jacobson
  37.  
  38. danj@welchgate.welch.jhu.edu
  39.  
  40.  
  41. ==============================================================================
  42.  
  43.  
  44. OligoMutantMaker  (version 1.0)
  45. Copyright 1987  Kevin Beadles, David Canter, Arnold Berk
  46. ("readme.doc" added 8/26/88, 2/24/89 by Spencer Yeh)
  47.  
  48.  
  49. INTRODUCTION
  50.  
  51.    OligoMutantMaker simplifies the designing and screening of
  52. oligonucleotide-directed single amino acid substitution experiments by
  53. searching for nucleotide sequences which introduce a restriction
  54. endonuclease recognition sequence into the codon substitution site of the
  55. mutant.
  56.    The program utilizes the redundancy of the genetic code to generate all
  57. possible nucleotide sequences for a given amino acid substitution
  58. (including nucleotide sequences in which silent mutations are introduced
  59. into the 5' and/or 3' codons immediately adjacent to the substitution site)
  60. and determines whether any restriction endonuclease recognition
  61. sequences are present.  Any nucleotide sequence containing a restriction
  62. site is displayed/printed along with relevant information about the site
  63. such as its restriction enzyme(s), the random frequency of the enzyme's
  64. recognition sequence(s), the prototype of the enzyme, isoschizomers of the
  65. enzyme, and the unit cost of the enzyme from various biochemical
  66. suppliers.
  67.  
  68.  
  69. CONTACT ADDRESS
  70.  
  71. For questions about the program or suggestions for future improvements
  72. please contact:
  73.  
  74.      Kevin Beadles
  75.      1044 1/2 Shrader St.
  76.      San Francisco, CA  94117
  77.      
  78.      tel.: (415) 759-0148   
  79.      (Kevin will call you back collect if he must return your call.)
  80.  
  81.  
  82.  
  83. SYSTEMS SUPPORTED
  84.  
  85. An IBM compatible computer running MS-DOS is needed.
  86.  
  87.  
  88.    
  89.  
  90.  
  91.  
  92. PROGRAM FILES before de-ARCing  
  93.  
  94. README.DOC      This documentation file.  
  95. OLIGO.UUE    Archived and uuencoded file for both monochrome
  96.                 and color executable versions, and associated data
  97.         files.  (234 Kb).
  98.  
  99.  
  100.  
  101. PROGRAM FILES after de-ARCing (Approx. 350 Kb total)
  102.  
  103. README.DOC       This documentation file
  104. BWMUTANT.COM     Executable file for monochrome monitors
  105. CMUTANT.COM      Executable file for color monitors
  106. CUTTERS.DAT      Binary database of enzyme cleavage and availability data
  107. CODONID.DAT      Standard genetic code
  108. [ENZYME.TXT]     This file is created everytime the program is run.
  109.                      It contains a copy of the results of the last analysis.
  110.  
  111.  
  112. DOCUMENTATION
  113.  
  114.  
  115. The program is internally documented with help messages.
  116.  
  117.  
  118. (....)
  119.  
  120. ADDITIONAL INFORMATION ABOUT THE PROGRAM
  121.  
  122. Restriction Site Location:
  123.    OligoMutantMaker searches for restriction sequences which have at
  124. least one nucleotide in codon #0 (i.e. the codon to be substituted).  Since
  125. the longest recognition sequence (GGCCNNNNNGGCC--Sfl I) spans thirteen
  126. nucleotides, it is necessary to enter 27 nucleotides (twelve nucleotides on
  127. either side of the three nucleotides which comprise codon #0) into the
  128. program in order for it to function.
  129.  
  130. "Silent" Mutations:
  131.    The program utilizes the redundancy of the genetic code to generate
  132. all possible nucleotide sequences for the given amino acid substitution in
  133. codon #0 (i.e. the codon to be substituted).  In addition to searching for
  134. restriction sites which match these nucleotides sequences, the program
  135. also examines those nucleotide sequences in which "silent" mutations have
  136. been introduced into codon #-1 and codon #+1 (i.e. the codons immediately
  137. upstream--or 5'--and downstream--or 3'--from codon #0, respectively)
  138. and determines whether any additional restriction sites are created.  Only
  139. those "silent" mutations which can be created by a single substitution in
  140. the nucleotide closest to codon #0 (i.e. the third--or "wobble"--nucleotide
  141. of codon #-1 and the first nucleotide of codon #+1) are examined.
  142. Therefore, only five nucleotides (centered upon the middle nucleotide of
  143. codon #0) are subject to substitution.
  144.  
  145.  
  146. Abbreviations used in OligoMutantMaker:
  147.    standard three letter amino acid abbreviations
  148.       STP:  stop codon (UAA, UAG, or UGA)
  149.    standard one letter nucleotide abbreviations
  150.       N:  any nucleotide
  151.       m:  methylated nucleotide
  152.       /:  cleavage site
  153.    standard restriction endonuclease abbreviations
  154.    BMB:  Boehringer Mannheim Biochemicals
  155.    BRL:  Bethesda Research Laboratories
  156.    NEB:  New England Biolabs
  157.    USBC:  United States Biochemical Corperation
  158.    u:  unit(s)
  159.    c/u:  cents/unit
  160.  
  161.  
  162. Miscellaneous Notes:
  163.    OligoMutantMaker recognizes 164 different restriction sites which are
  164.       are cleaved by 126 different restriction enzymes.
  165.    Price comparisons are based upon the smallest low concentration order
  166.       available from each supplier.
  167.    OligoMutantMaker does not search for cleavage specificities generated
  168.       by methylating DNA with a selected restriction endonuclease (see NEB
  169.       1986/87 Catalog p32 & p123 for further details).
  170.    OligoMutantMaker does not note enzyme specificities resulting from
  171.       star activity (NEB 1986/87 Catalog p86 & p121).
  172.  
  173.  
  174.  
  175. Bibliography:
  176. Boehringer Mannheim Biochemicals, 1987/88 (Catalog)
  177. Bethesda Research Laboratories, Catalog & Reference Guide (1985)
  178. New England Biolabs, Catalog 1986/87
  179. United States Biochemical Corporation, Enzymes & Reagents for
  180.    Molecular Biology 1987
  181.