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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2335 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-12-30  |  2.7 KB
  1. Xref: sparky bionet.software:2335 comp.unix.aix:12928
  2. Path: sparky!uunet!elroy.jpl.nasa.gov!usc!news.bbn.com!mips2!bull.bull.fr!julienas!crihan!lm
  3. From: lm@crihan.fr (Laurent Mouchard)
  4. Newsgroups: bionet.software,comp.unix.aix
  5. Subject: problem with BLAST on RS6K
  6. Message-ID: <1992Dec30.104046.7166@felix-e.crihan.fr>
  7. Date: 30 Dec 92 10:40:46 GMT
  8. Sender: lm@felix-e (Laurent Mouchard)
  9. Reply-To: Laurent.Mouchard@crihan.fr
  10. Organization: CRIHAN, France
  11. Lines: 73
  12.  
  13.  
  14. I am trying to install BLAST on a IBM RS/6000.
  15.  
  16. I already have succeed in installing ncbitools (using the 370 confi
  17. guration), gish and dfa.
  18.  
  19. So, I am trying to build blast but make all generates a strange
  20. message:
  21.  
  22. # make all
  23. ln -s ../NCBI .
  24. ln -s ../GISH .
  25. ln -s ../DFA .
  26. cd lib; make  CC="cc" CCOPT="-g" OPTIONS="  -DREFINED_STATS "
  27. cc -g -I../include -I../NCBI/include -I../GISH/include -I../DFA
  28.       -DREFINED_STATS  -c banner.c
  29. "../include/blast.h", line 169.0: 1506-236 (W) Macro name NCHUNKS has 
  30. been redefined.
  31. "../include/shmutil.h", line 14.15: 1506-046 (S) Syntax error.
  32. "../include/blast.h", line 349.11: 1506-046 (S) Syntax error.
  33. "../include/blast.h", line 349.23: 1506-030 (S) Identifier mfile cannot
  34. be redeclared.
  35. "../include/blast.h", line 472.9: 1506-132 (S) Function fatal cannot be
  36. redeclared.
  37. "../include/blast.h", line 480.9: 1506-132 (S) Function TickNext cannot
  38. be redeclared.
  39. make: 1254-004 The error code from the last command is 1.
  40.  
  41. Make Quitting.
  42. make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
  43.  
  44. Make Quitting.
  45.  
  46. # cat include/shmutil.h
  47. 1  #ifndef __SHMUTIL_H__
  48. 2  #define __SHMUTIL_H__
  49. 3
  50. 4  #ifdef USE_SHM
  51. 5  typedef struct shm_dat {
  52. 6                  char    *filename;
  53. 7                  key_t   key;
  54. 8                  long    filesize;
  55. 9                  FILE    *fp;
  56. 10                 int             shmid, semid, msqid;
  57. 11                 void    *shmaddr;
  58. 12         } shm_dat;
  59. 13 #else
  60. 14 typedef char *shm_dat;      <--  What's wrong?
  61. 15 #endif                           =============
  62. 16
  63. 17
  64. 18 extern int shmexists();
  65. 19 extern shm_dat *shm_attfile PROTO((char *filename, char *mode, int 
  66.    verbose));
  67. 20 extern void *shm_addr PROTO((shm_dat *));
  68. 21 extern shm_dat  *shm_loadfile PROTO((char *filename, int mmode, int 
  69.    smode, int qmode, int lockfile, int verbose));
  70. 23 extern int shm_sendto PROTO((char *filename, int sig));
  71. 24 extern int shm_sendtokey PROTO((key_t key, int sig));
  72. 25
  73. 26  #endif /* !__SHMUTIL_H__ */
  74.  
  75. I don't understand what happens.
  76.  
  77. Please mail-me if you have an idea or if you already have installed
  78. BLAST on a RS6K.
  79.  
  80. Thanx.
  81. -- 
  82.  
  83. ---------------------------------------------------------------------
  84. Laurent Mouchard         (lm)     | C R I H A N
  85.                  | Centre de Ressources Informatiques
  86.