home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2334 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-12-30  |  935 b   |  27 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!paladin.american.edu!darwin.sura.net!jvnc.net!news
  3. From: mrl775@tigger.jvnc.net
  4. Subject: Program to compare all members of a group of sequences
  5. Message-ID: <1992Dec30.051200.21456@tigger.jvnc.net>
  6. Followup-To: bionet.software
  7. Sender: news@tigger.jvnc.net (Zee News Genie)
  8. Nntp-Posting-Host: mrl775.jvnc.net
  9. Reply-To: mrl775@tigger.jvnc.net
  10. Organization: TheNews 
  11. Date: Wed, 30 Dec 1992 05:12:00 GMT
  12. Lines: 13
  13.  
  14.  Hello
  15.  
  16. Does anyone know of a program that will take a set of sequences, and find
  17. common local alignments (sort of like what blast and blast3 do, but with each
  18. member of the set).  I am looking to define cofactor binding sites, and have a
  19. list of sequences that all bind the cofactor, but have no good method of
  20. comparing them all together (a multiple alignment doesnt work).  Any hints,
  21. pointers, source, executables would be appreciated.
  22.  
  23. Thanks
  24.  
  25. Keith
  26. mrl775@tigger.jvnc.net
  27.