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/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / software / 2128 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-11-18  |  1.4 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!agate!stanford.edu!hsdndev!nmr-z!OPAL.MGH.HARVARD.EDU!CHERRY
  2. From: cherry@OPAL.MGH.HARVARD.EDU
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re: New RNAfold for VAX?
  5. Message-ID: <1992Nov18.141234.21474@nmr-z.mgh.harvard.edu>
  6. Date: 18 Nov 92 14:12:34 GMT
  7. References: <zxmkr08.722024950@studserv>
  8. Sender: usenet@nmr-z.mgh.harvard.edu (User for USENET news postings)
  9. Reply-To: cherry@OPAL.MGH.HARVARD.EDU
  10. Organization: Molecular Biology - Mass Gen Hospital
  11. Lines: 23
  12. Nntp-Posting-Host: opal.mgh.harvard.edu
  13.  
  14. >In article <zxmkr08.722024950@studserv>, zxmkr08@studserv.zdv.uni-tuebingen.de (Cornelius Krasel) writes:
  15. >>I am looking for an executable or Fortran source for Zuker's new RNAfold
  16. >>which is able to do suboptimal folding, for a VAXstation 4000/60.
  17. >>I AM aware that there is a version for Macs out there, but it is
  18. >>limited to 200 (?) bases (and, in addition, our VAX has more
  19. >>computing power :-).
  20.  
  21. The Zuker program, called MFOLD, LRNA or version 2, which does
  22. suboptimal folding and includes Doug Turner's dangle energies can be
  23. retrieved via anonymous ftp from these two sites:
  24.  
  25. Amber.MGH.Harvard.EDU in the VAX directory. The MFOLD.BCK is a VMS
  26. BACKUP saveset.
  27.  
  28. FTP.Bio.Indiana.EDU in the molbio/rnafold directory. The MFOLD.BCK is
  29. a VMS BACKUP saveset.
  30.  
  31.  
  32. This version of Zuker's folding program has also just been included in
  33. GCG version 7.2, at least the VMS version of GCG. This means it now
  34. has a better interface and documentation.
  35.  
  36. Mike
  37.