home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / infothe / 984 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-11-17  |  2.0 KB
  1. Path: sparky!uunet!europa.asd.contel.com!darwin.sura.net!spool.mu.edu!caen!kuhub.cc.ukans.edu!husc-news.harvard.edu!husc10!robison1
  2. Newsgroups: bionet.info-theory
  3. Subject: Re: dna replication
  4. Message-ID: <robison1.722010553@husc10>
  5. From: robison1@husc10.harvard.edu (Keith Robison)
  6. Date: 17 Nov 92 14:29:13 GMT
  7. References: <1992Nov16.232000.6699@news.columbia.edu>
  8. Distribution: bionet.info-theory
  9. Nntp-Posting-Host: husc10.harvard.edu
  10. Lines: 42
  11.  
  12. pw@cubmol.bio.columbia.edu (Paul Wakenight) writes:
  13.  
  14.  
  15.  
  16. >So my question is this.  Considering that DNA polymerase cannot distinguish
  17. >between dTTP and dUTP, how is it that dUTP is incorporated at such low rates?
  18. >I have read the literature and it seems that there is no satifactory explana-
  19. >tion.
  20. >Viruses often encode their own set of enzymes for nucleotide synthesis, which
  21. >in some cases is specialized to incorporate modified bases.  But in most other
  22. >cases, they encode thy. synthetase, etc. for the production of dTTP.  This 
  23. >looks like a clue to me.                 
  24.  
  25. >I would greatly appreciate your thoughts and
  26. >esp. any material you could point me toward so I could get a mathematical
  27. >perspective on nucleotide synth. and dna replication.
  28.  
  29. >thanks.
  30.  
  31. >Paul Wakenight
  32. >.
  33.  
  34.     Uridine incorporation into DNA is not regulated at the level
  35. of the polymerase, but by two other routes.  First, UTP levels are
  36. kept low by a deoxyuridyltriphosphatase (dut), and if uridine is
  37. incorporated into DNA it is excised by uracil-DNA glycosylase (ung) 
  38. and the gap repaired by the DNA gap repair system.  If both of 
  39. these systems are non-functional (such as in dut-ung strains of
  40. E.coli), then DNA containing significant amounts of U will result.
  41. This is critical part of the most commonly used site-directed 
  42. mutagenesis scheme -- that of Kunkel (a name you might feed into
  43. MedLine to find more information on this stuff).
  44.  
  45.  
  46. Keith Robison
  47. Harvard University
  48. Department of Cellular & Developmental Biology
  49. Department of Genetics / HHMI
  50.  
  51. robison@biosun.harvard.edu 
  52.  
  53.  
  54.