Veškerá administrace eDock Serveru se provádí pomocí webového rozhraní. Z toho vyplývá, že ji lze provádět nejen v rámci lokální sítě, ale i přes internet. Administraci lze přitom delegovat na více uživatelů, a to buď kompletně nebo jen na úrovni správy uživatelů a skupin.

Jednotlivým uživatelům lze založit domovskou složku a nastavit maximální diskovou kvótu. Každému uživateli lze také kromě přihlašovacího jména nadefinovat e-mailovou adresu, která je následně zobrazována u souborů a složek vložených tímto uživatelem. Uživatele lze zakládat manuálně nebo hromadně naimportovat ze souboru.

Pro zvýšení přehlednosti lze zakládat skupiny uživatelů, kterým lze také přidělovat oprávnění ke složkám a souborům.

Systém uživatelů, skupin a práv definovaný v eDock Serveru je zcela nezávislý na nastavení síťového operačního systému, a tak lze snadno opět získat kontrolu nad přístupovými právy k dokumentům.

Každému uživateli či skupině lze nastavit oprávnění ke složkám i jednotlivým souborům, a to pro čtení, zápis, mazání, přidělování oprávnění a přebírání vlastnictví. U složek lze navíc povolit vytváření souborů nebo složek. Oprávnění lze měnit nejen pro zvolenou složku, ale i dědičně (popř. rekurzivně) pro další složky a soubory v ní.

Jednou z předností eDock Serveru je vysoká bezpečnost dat. Kromě toho, že každý uživatel přistupuje do dokumentovému serveru prostřednictvím svého jména a hesla, je k dispozici ještě celá řada bezpečnostních prvků. Mezi tyto prvky patří zejména implicitně šifrovaná síťová komunikace mezi klientem a serverem; při komunikaci přes web lze využít šifrování pomocí SSL.

Všechny uložené dokumenty spravuje 602SQL Server, který podporuje několik metod šifrování obsahu databáze (až po 128 bitový DES) a také automatické zálohování včetně vedení journalu změn.

Doplňkovou funkcí je fulltextové indexování web serveru, na kterém je provozován eDock Server, a které umožňuje administrátorovi zaindexovat jeho obsah a zpřístupnit tak návštěvníkům fulltextové vyhledávání na jeho webu.