Během výstavby, a zejména po roce 1990, docházelo v projektech k řadě úprav. Jejich smyslem bylo na základě důkladných analýz projektu zvýšit spolehlivost a bezpečnost elektrárny na úroveň standardu v západoevropských zemích. Tyto úpravy a změny ovšem zároveň znamenaly oddálení data spuštění elektrárny. Odběr technologické vody bude zajištěn z vodního díla Hněvkovice na řece Vltavě, jehož vybudování bylo také součástí výstavby elektrárny. Požadovanou kvalitu surové vody zajistila výstavba čističek odpadních vod v papírnách ve Větřní, v Českém Krumlově a v Českých Budějovicích.
Jaderná elektrárna Temelín je určena pro provoz v základním energetickém režimu. Po uvedení obou výrobních bloků do provozu bude dodávat každý rok do sítě více než 20 % elektrické energie vyrobené v rámci České republiky. Spolu s Jadernou elektrárnou Dukovany se tak podíl jaderných zdrojů na výrobě elektřiny zvýší v naší republice přibližně na 40 %. Díky tomu bude možné odstavit hnědouhelné elektrárenské bloky v severních Čechách, které jsou již příliš zastaralé pro modernizaci.