JE Temelín neprodukuje při svém provozu znečišťující látky do ovzduší jako tepelné elektrárny (SO2, NOx, tuhé látky) ani skleníkové plyny (CO2). Naproti tomu však produkuje radioaktivní odpad. Jeho množství unikající do ovzduší a vody je v normálním provozním režimu zanedbatelné. V případě jaderné nehody je úniku radioaktivních látek bráněno jednoduchým kontejnmentem. Vyhořelé palivo bude skladováno dočasně standardním způsobem (v bazénu reaktoru a poté v meziskladu vyhořelého paliva na území JE Temelín). Trvalé skladování bude zajištěno později, společně s uskladněním vyhořelého paliva JE Dukovany.