JE Temelín neprodukuje při svém provozu znečišťující látky do ovzduší jako tepelné elektrárny (SO₂, NOx, tuhé látky) ani skleníkové plyny (CO₂). Naproti tomu však produkuje radioaktivní odpad. Jeho množství unikající do ovzduší a vody je v normálním provozním režimu zanedbatelné. V případě jaderné nehody je úniku radioaktivních látek bráněno jednoduchým kontejnmentem. Vyhořelé palivo bude skladováno dočasně standardním způsobem (v bazénu reaktoru a poté v meziskladu vyhořelého paliva na území JE Temelín). Trvalé skladování bude zajištěno později, společně s uskladněním vyhořelého paliva JE Dukovany.