Disketa však obsahuje ostatní oblasti stejně jako pevný disk – Boot sektor, FAT tabulku a kořenový adresář.
Boot sektor diskety představuje z pohledu antivirové ochrany velmi rizikové místo. Všechny viry, které patří do skupiny tzv. Bootvirů, napadají právě Boot sektor disket. Více informací je uvedeno v kapitole Start počítače.