Poznámka : Současné počítače umožňují nastavením paměti CMOS předřadit startu z diskety start z pevného disku. Toto nastavení představuje účinnou prevenci proti bootvirům, a proto je doporučujeme.
Tímto krokem končí vlastní start počítače a zaváděný operační systém provede tyto kroky:
Jak jste si jistě všimli, při startu počítače se spouští dva programy – první je uložený v Partition tabulce a druhý v Boot sektoru. Pokud virus dokáže napadnout tyto oblasti a původní program–kód zde nahradí svým vlastním kódem, neznamená to nic jiného, než že se spolu s počítačem spustí i virus samotný.
Dalším nebezpečím je pokus o natažení operačního systému z diskety, která je v okamžiku spuštění počítače založena v mechanice A:. Jak jsme si řekli, předpokládá se, že tato disketa je systémová – spustí se tedy program, uložený v Boot sektoru této diskety.
Pokud je taková disketa napadena virem, který je umístěn v Boot sektoru, dojde kromě startu operačního systému k aktivaci viru z této diskety. Virus pak většinou reaguje okamžitým krokem – napadne kód v Partition tabulce nebo v Boot sektoru na pevném disku – je poté aktivován při každém spuštění počítače (tento princip je základem šíření celé skupiny virů označovaných jako bootviry).