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Text File | 1991-06-11 | 28.0 KB | 652 lines

Ein Blick in ein anderes Universum: --------------- M O L E C 3 D --------------- Ein interaktives 3D-Darstellungs-Programm für Moleküle. Läuft auf allen AMIGA's mit 1 MByte Memory. Geschrieben von Dr.S.Abrecht, Baumgartenweg 14 CH-4142 Münchenstein Schweiz Getestet von Beat Steiger Basel, Schweiz 1. EINLEITUNG Molec3D ist ein Programm zur grafischen, dreidimensionalen Darstellung von Molekülen, basierend auf Daten aus Geometrie- optimierungsprogrammen, Röntgenstrukturdaten oder jeder anderen Quelle. Das Programm kann Molekle mit bis zu 500 Atomen verarbeiten, ist 100% in Assembler geschrieben und ist auf allen AMIGA-Modellen mit mindestens 1 MByte Memory lauffähig. Es passt sich autmatisch amerikanischen (NTSC) oder europäischen (PAL) Modellen an. Das Programm besitzt zwei Betriebsarten: Im Drahtgitter-Modus (wire frame) wird das Molekül in Echtzeit im dreidimensionalen Raum positioniert. Der Farbbild-Modus (color picture) generiert daraus dreidimensionale Farbbilder in zahlreichen Varianten. Der Aufbau solcher "ray-tracing" ähnlicher Bilder geschieht rasch: 10-15 Sekunden sind typisch für ein Molekül mit ca. 100 Atomen inkl. Schattenwurf (dies auf einem 8 MHz-AMIGA ohne Turboboard und ohne Mathematik-Coprozessor). 1.1. Das Menu-System Um Beschreibungen wie "wählen Sie das das PROTOCOL-subitem aus dem SAVE-item aus dem PROJECT-Menu" zu vermeiden, wird dies im folgen- den immer als z.B. PROJECT->SAVE->PROTOCOL beschrieben. Für die meisten Menupunkte existieren Tastatur-Abkürzungen, welche die Arbeit mit dem Programm wesentlich erleichtern. Menu-Attribute (settings) werden durch aufeinenanderfolgendes An- wählen ein- und ausgeschaltet. Bei der Darstellung von mehr als etwa 150 Atomen reagiert das Programm erst nach einer gewissen Zeit auf Menu-Selektionen. In solchen Fällen wird empfohlen, die rechte Maustaste gedrückt zu halten, bis das Menu erscheint. Tastatur-Abkürzungen sollten in diesem Spezialfall vermieden werden. 1.2. AMIGA's mit 512 KBytes Speicher Es wird davon abgeraten, das Programm mit 512 KBytes Speicher un- ter Kickstart 1.3. laufen zu lassen. Obwohl der Drahtgitter-Modus funktioniert, wird das System wahrscheinlich beim Versuch, ein Farbbild zu generien, abstürzen (speziell wenn ein zweites Dis- kettenlaufwerk angeschlossen ist). 2. DRAHTGITTER MODUS Der Drahtgitter-Modus ermöglicht die interaktive Positionierung eines Moleküls im dreidimensionalen Raum, die Bestimmung und Protokollierung von Distanzen und Winkeln zwischen Atomen, die Definition von Settings, sowie die Sprachausgabe von Koordinaten- Files. Moleküle werden als Koordinaten-Files (s. Kapitel 4) mit PROJECT-> LOAD geladen. Dabei erscheint ein File-Requester (s. Kapitel 5) mit folgendem Inhalt: DIR DEMOS DIR fileconversion DIR MANUAL DIR tables Molec3D Das DEMOS-directory enthält Beispiele von Koordinatenfiles. Klick- en Sie dieses an, und die darin enthaltenen Files werden ausge- geben. Klicken Sie eines davon an, darauf wird das entsprechende Molekül geladen. Rotation und Translation eines Moleküls werden durch die Tasten des numerischen Tastenfeldes kontrolliert. Die ENTER-Taste schal- tet deren Funktion zwischen Rotation und Translation um. Die NULL- Taste schaltet den Schritt-Modus ein/aus; wenn dieser eingeschal- tet ist, wird nur ein einziger Bewegungsschritt pro Tastendruck ausgeführt. Versuchen Sie nun, das eben geladene Molekül zu be- wegen! Um eine maximale Animationsgeschwindigkeit und Genauigkeit zu er- reichen, wird eine Methode angewandt, bei welcher die Original- koordinaten zusammen mit dem Molekül rotieren. Dies kann das Ueberlappen zweier Achsen oder andere Unannehmlichkeiten bewirken. Benützen Sie daher für genaue Positionierungen die sehr leistungs- fähige JUSTIFY-Funktion (s. unten). 2.1. Zentrieren und Zurücksetzen von Molekülen FUNCTIONS->CENTER bewegt den Schwerpunkt des Moleküls in die Mitte des Bildschirms. FUNCTIONS->RESET setzt das Molekül in die Ausgangslage nach dem Laden zurck. Dies ist hilfreich, wenn ein ein Molekül versehent- lich aus dem Blickfeld verschwindet. 2.2. Die Justify-Funktion Ein Atom, eine Linie oder eine Ebene können parallel zur Blick- richtung justiert werden. Dazu werden 1-3 Atome markiert und an- schliessend FUNCTIONS->JUSTIFY angewählt. Ein Atom wird markiert, indem der Mauszeiger auf ein Atom bewegt und anschliessend die LEERTASTE (nicht die Maustaste!) gedrückt wird. Ein "#" wird dadurch ans Atom gehängt. Markierungen werden durch FUNCTIONS->MARKS_OFF entfernt. Eine Markierung definiert die Linie zwischen dem Schwerpunkt des Moleküls und dem betreffenden Atom. Zwei Markierungen definieren die Linie zwischen sich selbst. Drei Markierungen definieren eine Ebene. FUNCTIONS->JUSTIFY bewegt die markierten Atome in die gewünschte Position im Raum. Dies geschieht entweder animiert oder in einem Sprung, je nach dem Setting in SETTINGS->SET_JUSTIFY->ANIMATED. Normalerweise werden die markierten Atome in die Mitte des Bild- schirmes bewegt. Falls dies nicht gewünscht wird, kann dieses Attribut mit SETTINGS->SET_JUSTIFY->CENTERED ein/ausgeschaltet werden. 2.3. Labels, Distanzen/Winkel und Protokolle Atome können durch einfaches Anklicken mit dem Mauszeiger mit Labels (Beschriftungen) versehen werden. Diese Labels entsprechen den Atombezeichnungen in den Atomkoordinatenfiles (s. Kapitel 4), also z.B."C21". Alle aktuellen Labels werden mit FUNCTIONS->LABELS OFF wieder entfernt. Distanzen und Winkel im Molekül können durch Anklicken (nicht Mar- kieren!) von zwei (Distanz) oder drei Atomen (Winkel) mit nachfol- gendem FUNCTIONS->DISTANCE resp. FUNCTIONS->ANGLE bestimmt werden. Der betreffende Wert wird in einem Requester angezeigt und gleich- zeitig in einem Ringspeicher abgelegt, welcher die letzten 20 Ab- fragen von Distanzen und/oder Winkeln enthält (Protokoll). Dieses Protokoll kann mit PROJECT->SAVE->PROTOCOL als ASCII-File abgespeichert werden. 2.4. Sprachausgabe, IFF, Interlace und Multitasking MOLEC3D bietet die Gelegenheit, sich die Koordinatenfiles zur Fehlerkorrektur mit PROJECT->SPEAK vom Computer vorlesen zu las- sen. Der Vorteil gegenüber dem DOS-Befehl "say" liegt darin, dass die Sprachausgabe nach jeder Zeile gestoppt/wiederaufgenommen wer- den kann. Ausserdem wird die gerade gelesene Zeile auf dem Bild- schirm dargestellt. Der Inhalt des aktuellen Bildschirms kann mit PROJECT->SAVE_SCREEN als IFF-File abgespeichert werden und ist damit fr alle Standard- Malprogramme verfügbar. Die Bildschirmauflösung im Drahtgitter-Modus kann durch SETTINGS-> WIRE_FRAME->INTERLACE vertikal verdoppelt werden. Der Nachteil dieser Auflösung liegt im leichten Flackern des Bildschirms und im erhöhten Speicherverbrauch. Das Multitasking wird voll unterstützt. Im Drahtgitter-Modus ist allerdings aus technischen Grnden (double buffering) der übliche, direkte Zugriff auf die Workbench (linke-AMIGA-N Tastenkombina- tion) nicht möglich. Aus diesem Grund wurde die Funktion PROJECT-> CLI/WB implementiert, welche dies ermöglicht. Auf der Workbench kann nun das gewünschte Fenster angeklickt und darin weitergear- beitet werden. Die Tastenkombination linke-AMIGA-M schaltet wieder zu MOLEC3D zurück. Danach muss irgendwo in den MOLEC3D-Bildschirm geklickt werden, um das Programm zu reaktivieren! 3. FARBBILD-MODUS Der Farbbild-Modus erzeugt plastische 3D-Farbbilder eines Moleküls in einer Vielzahl von Variationen. Diese Bilder können im IFF- Standard abgespeichert werden. Der Farbbild-Modus stellt Moleküle in 16 Farben und in der höchst- möglichen Auflösung dar (hires/interlace; d.h. 640x512 pixels PAL). Obwohl sich der Bildschirm im Interlace-Modus befindet, ist wegen der gewählten Farben und Formen der Objekte praktisch kein Flimmern zu erkennen, ausser bei der schwarzweiss-Darstellung. Die Möglichkeit, Bilder als IFF-Files abzuspeichern, ist ein di- rekter Kommunikationspfad zu anderen Programmen. So gibt es her- vorragende Programme zum Druck, zur grafischen Nachbearbeitung oder zur Animation ("page flipping") solcher Bilder. Der Farbbild-Modus kann auf zwei Arten aktiviert werden: entweder ber FUNCTIONS->COLORPIC, oder einfacher, über die "."-Taste des numerischen Tastenfeldes. Alle Settings für den Farbbild-Modus werden im SETTINGS-menu des Drahtgitter-Modus definiert, da Menus nur in diesem Modus verfüg- bar sind. Das Drücken einer Maustaste im Farbbild-Modus produziert einen Requesters mit folgenden Optionen: Save Pic (abspeichern des Bil- des als komprimiertes IFF-File), Cancel (Requester rckgängig ma- chen) und Quit Pic (zurück zum Drahtgitter-Modus). Letzteres kann auch durch Drücken von "." im numerischen Tastenfeld erreicht werden. Zur Farbdarstellung stehen insgesamt 7 indidviduelle Atomfarben zur Verfügung, wobei jede aus zwei Schattierungen plus Weiss be- steht. Die Farben werden den einzelnen Atomen mithilfe des Farb- zuordnungs-Requesters zugewiesen, welcher nach SETTINGS->COLOR_ TABLE->ASSIGN erscheint. Zum Beispiel kann Blau allen C-Atomen, Rot allen O-Atomen und Grün allen Cl-,Br- und J-Atomen zugeordnet werden. Alle Atome, welchen keine Farbe zugeordnet wurde, er- scheinen grau. Zur Eingabe wird ein Feld des Farbzuordnungs-Requesters angeklickt und das gewünschte Atomsymbol eingetippt (maximal 2 Buchstaben, Gross- oder Kleinschrift oder gemischt). Individuelle Farbzu- ordnungs-Tabellen können mit SETTINGS->COLOR_TABLE->SAVE ge- speichert und mit SETTINGS->COLOR_TABLE->LOAD eingelesen werden. Das File Tables/OrigCols kann eingelesen werden, um die beim Programmstart vorhandenen Farbzuordnungen wiederherzustellen. MOLEC3D bietet zahlreiche Optionen zur Farbdarstellung von Mole- külen. Fast alle dieser Optionen können gleichzeitig aktiv sein oder einzeln ein/ausgeschaltet werden. Dies geschieht über SET- TINGS->BONDMODE... -> SPHERES: Schaltet die Darstellung von Kugeln ein/aus. Alle Atomarten werden mit demselben relativen Kugelradius dargestellt, d.h. van der Waals Radii werden nicht bercksichtigt. -> CONNECT: Die beiden Hälften eines Bindungsstabs erhalten die Farbe des jeweiligen Atoms, mit dem sie verbunden sind. Falls diese Option ausgeschaltet ist, wird die ganze Bindung in grau dargestellt. -> SHADED_STICK: Schaltet die simulierten Schatten auf den Bin- dungsstäben ein/aus. Daneben gibt es zwei Funktionen, um das Molekül mit zunehmender Distanz zum Beobachter in den Hintergrund übergehen zu lassen: -> GRADPAT: Ueberlagert die entferntere Hälfte des Moleküls mit einem Raster der Hintergrundfarbe. Im SHADOWS Modus scheinen die hinteren Teile im Dunst zu verschwinden; der Schattenwurf wird temporär ausgeschaltet. -> GRADCOL: Diese Funktion verdunkelt das Molekül graduell von vorne nach hinten in fünf Farbabstufungen. In diesem Modus stehen nur fünf Atomfarben zur Verfügung (näm- lich die ersten fünf effektiv benützten Farben des Farbzuordnungs-Requesters), SPHERES und SHADED sind nicht aktiv, auch werden SHADOWS, BLACK&WHITE und PATFADE automatisch ausgeschaltet. Falls CONNECT aus- geschaltet ist, wird die erste effektiv benützte Farbe des Farbzuordnungs-Requesters als Bindungsfarbe ver- wendet. Schliesslich gibt es zwei Funktionen zur generellen Beeinflussung der Darstellung: -> SHADOWS: Diese Funktion erzeugt einen Schattenwurf hinter dem Molekül. Dies erhöht den 3D-Effekt des Bildes dras- tisch. Die Intensität des Schattens kann mit SETTINGS ->SET_SHADOWS->... eingestellt werden: STRONG (stark), NORMAL, WEAK (schwach) und NONE (gar kein Schatten mehr, der graue Hintergrund bleibt jedoch erhalten; ist u.a. im Zusammenhang mit GRADPAT nützlich). GRAD- COL wird automatisch ausgeschaltet. Falls graue Atome verwendet werden, sollte mindestens eine Farbe des Farbzuordnungs-Requesters unzugeordnet bleiben, da sonst Fehler bei der Schattengenerierung auftreten. -> BLACK&WHITE: Erzeugt aus dem Farbbild ein Schwarzweiss-Bild. Dies ist sehr nützlich für schwarzweiss-Publikationen, ergibt aber auch an sich einen sehr speziellen Effekt. GRADCOL wird in diesem Modus automatisch ausgeschal- tet. Der Bildschirm flackert u.U. in diesem Modus relativ stark, speziell wenn Schatten verwendet wer- den. 4. KOORDINATENFILES: Ein Koordinatenfile enthält Atomkoordinaten (x,y,z), deren Verbin- dungen, sowie eine Bindungslängen-Definition. Solche Files können auf jedem Text-Editor als ASCII-Files geschrieben werden. Alle Eingaben werden durch einen oder mehrer Leerschläge oder Tabs se- pariert, jedoch nicht durch Kommas. Beispiele dafr sind im DEMOS- directory der Programm-Diskette zu finden. MOLEC3D gibt bei einem fehlerhaften File-Format detaillierte Fehlermeldungen aus (s.Kap.7). Der erste Teil des Files enthält Atom-Labels und Koordinaten. Labels sind Atombezeichnungen, z.B."C21" oder "Si14", dürfen höchstens vier Zeichen umfassen und müssen mit einem Atomsymbol beginnen, nicht aber mit einer Zahl (also Si27 und nicht 27Si). Unter Atomkoordinaten werden kartesische x,y,z-Koordinaten ver- standen, deren Wert sich im Bereich von +-(99'999 und 0.0001) befinden befinden muss. C1 123.4 432.5 -15.8 Si11 233.6 -231.7 122.8 Der zweite Teil des Files enthält eine Bindungslängen-Definition. Darin wird die Bindungsart einer einzelnen Bindung des Moleküls definiert: Einfachbindung(=s), Doppelbindung(=d), Dreifachbindung (=t) oder aromatische Bindung(=a). Das Programm berechnet damit die tatsächliche Grösse des Molekls (scaling). Die Bindungs- längen-Definition beginnt mit einem Stern ("*"), gefolgt von der Bindungs-Abkürzung und zwei Labels, welche die Bindung definieren. Alle Teile werden mit einem "-" verbunden. Nur eine einzige Bin- dung des Moleküls braucht auf diese Weise definiert zu werden. *d-C3-C7 Der dritte und letzte Teil des Files enthält die Verbindungen zwischen den einzelnen Atomen. Dazu werden die entsprechenden Labels mit einem "-" verbunden. Die Labelbezeichnungen müssen genau mit denjenigen des Koordinaten-Teils des Files überein- stimmen, sonst wird eine Fehlermeldung ausgegeben. Es kann eine beliebige Anzahl solcher Zeilen verwendet werden: C1-C2-C5-C7 O27-C16-S12-O15-C12 5. FILE-REQUESTER Wenn Sie schon mit File-Requestern auf dem AMIGA vertraut sind, können Sie dieses Kapitel getrost überspringen. Bei Funktionen wie LOAD, SAVE, SPEAK o.ä. erscheint ein File Re- quester, in welchem die Files und Directories der aktuellen Dis- kette angezeigt werden. Falls MOLEC3D vom CLI gestartet wird, wird der Inhalt von "df0:" angegeben, beim Start von der Workbench der- jenige der Programmdiskette. Das Pathname-Feld beschreibt, wo ein File gefunden werden kann (Diskdrive/Diskname, Directory, Subdirectory), ohne den Filenamen selbst zu spezifizieren. Beispiel: "df1:demos". Der Inhalt des Pathname-Feldes wird automatisch vom File-Fenster (siehe unten) aktualisiert, kann aber auch manuell editiert werden, z.B. um den aktuellen Diskdrive zu ändern. Das Filename-Feld enthält den Namen des Files, welches im aktuel- len Pfad ausgewählt werden soll. Der Inhalt des Feldes wird vom File-Fenster erneuert, kann jedoch auch manuell editiert werden. Das File-Fenster enthält in alphabetischer Reihenfolge acht Di- rectories und/oder Files eines definierten Pfades. Directories werden mit "DIR" bezeichnet und zuoberst im Fenster angezeigt. Beim Anklicken eines Directory's wird dessen Name ins Pathname- Feld kopiert, sowie dessen Inhalt neu im Fenster ausgegeben. Ein angeklickter Filename wird ins Filename-Feld kopiert. Falls mehr als acht Einträge in einem Directory vorhanden sind, kann der sichtbare Ausschnitt davon mit dem Balken rechts vom File-Fenster verschoben werden. Dies wird graphisch durch Grösse und Position des Balkens innerhalb des Reglers dargestellt. Falls acht oder weniger Einträge in einem Directory vorhanden sind, füllt der Balken den ganzen Regler und kann nicht bewegt werden. Je mehr Einträge vorhanden sind, desto kleiner wird der Balken. Update aktualisiert den Inhalt des gegenwärtigen Pfades. Cancel macht den File-Requester rückgängig. Beim Anklicken der OK-Box verschwindet der File Requester, und der zuletzt ausgewählte Filename wird vom Programm benützt. Derselbe Effekt wird durch Drücken von RETURN im Filename-Feld erreicht. 6. KONVERSION VON ALCHEMY-FILES ZU MOLEC3D-FILES Alchemy-Files können ins MOLEC3D-Format konvertiert werden, was die Darstellung eigener Molekular-Konstruktionen mittels MOLEC3D erlaubt. Alle für diese Umwandlung benötigten Programme befinden sich im fileconv-Directory der Programmdiskette. Als erstes muss das File vom IBM-Format ins AMIGA-Format über- tragen werden. Das mitgelieferte PD-Programm "PcPatch" (Be- schreibung: s.entsprechendes Doc-File auf Programm-Disk), oder jedes andere IBM-> AMIGA Konvertierungsprogramm wird das für Sie erledigen. Das nun im AMIGA-Format vorliegende Alchemy-File wird durch das Programm ConvertAlchem ins MOLEC3D-Format übertragen. Dieses Pro- gramm muss vom CLI aus innerhalb des fileconv-Directory ("cd Mo- lec3D:fileconv") ausgeführt werden. ConvertAlchem <sourcefile> <destfile> Wobei <sourcefile> das Alchemy-File inkl. Pfad ist, <destfile> das entsprechende MOLEC3D-File inkl. Pfad. Beispiel: ConvertAlchem df1:testos.txt ram:testosterone. Falls ein Label mehr als vier Zeichen umfasst, z.B. CU234, wird zur Anpassung ans MOLEC3D-Format die zweite Ziffer weggelassen. Auf diese Weise wird 234 CU zu CU24. Es ist zu beachten, dass die Bindungslängen-Definition (z.B. *s-c1-c3) des MOLEC3D-Files aus der ersten Atom-Atom Verbindung des Alchemy-Files stammt. Dies braucht jedoch keine C-C-Bindung zu sein. In einem solchen Fall muss die Bindungslängen-Definition manuell durch eine tatsächliche C-C-Bindung ersetzt werden. 7. FEHLERMELDUNGEN Fehler im Koordinatenfile: Line-format: more than 3 coords. Eine Koordinatenzeile des Files enthält mehr als 3 Koordinaten. Häufige Meldung, wenn versucht wird, ein nicht-Koordinatenfile zu laden. Number >99999 detected in file. Eine grössere Zahl als +- 99999 wurde im Koordinatenteil gefunden (kleinere Zahlen als +-0.0001 werden als Null angesehen). Bondlength label not found. Die Bindungslängen-Definition enthält ein undefiniertes Atom- Label. Just ONE bonddescriptor allowed. Es wurde mehr als eine Bindungslängen-Definition im File verwen- det, obwohl nur eine einzige erlaubt und nötig ist. Too many labels in bonddescriptor. Fr die Bindungslängen-Definition werden lediglich 2 Labels be- nötigt. Invalid bonddescriptor format. Die Bindungslängen-Definition entspricht nicht dem Format "*x-label1-label2" (x=s,d,t,a). Undefined connect item: xxxx Das angezeigte Verbindungs-Label (xxxx) stimmt mit keinem Label aus dem Atomkoordinatenteil des Files überein. Auswahl-Fehler: More than one point selected. Mehr als ein Atom war im Bereich des Mauszeigers, als versucht wurde, eine Markierung oder ein Label zu setzen. Exactly 2 centers required. Fr die Distanzbestimmung werden nicht mehr oder weniger als zwei Atome benötigt. Exactly 3 centers required Fr die Winkelbestimmung werden nicht mehr oder weniger als drei Atome benötigt. No justify point(s) selected. Versuch, ein Atom ohne Markierungen im Raum zu justieren. More than 3 justify points selected. Die maximale Anzahl der Markierungen beträgt 3 (Ebene). Diese Zahl wurde ü-berschritten. Speicher-Fehler: Out of memory - program will abort. Nicht genügend Speicher vorhanden, um Files einzulesen. Hoffnungs- lose Situation. Entfernen Sie alle gleichzeitig laufenden Program- me vom System und versuchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1 MByte Memory. Out of memory for color display. Nicht genügend Speicher zur Farbdarstellung vorhanden. Entfernen Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom System und versuchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1 MByte Memory. Out of RAM for file requester. Nicht genügend Speicher zur Farbbild-Requester Darstellung vor- handen. Entfernen Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom System und versuchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1 MByte Memory. Not enough memory for shadows. Nicht genügend Speicher zur Schattengenerierung vorhanden. Entfer- nen Sie alle gleichzeitig laufenden Programme vom System und ver- suchen Sie's nochmals. Das Programm läuft auf JEDEM Amiga mit 1 MByte Memory. DOS-Fehler: File not found. File existiert nicht. Error while reading disk. Disketten-Lesefehler. Disk is full. Diskette voll. Unable to open file. File kann nicht geö-ffnet werden. andere Fehler: This is no ASCII-file. Sie versuchten, sich ein nicht-ASCII File vorlesen zu lassen. Sorry, der AMIGA spricht nicht Chinesisch. Nothing protocolled so far. Es wurde bisher gar nichts protokolliert. Out of colors for correct shadows. Bedingt durch interne Routinen benötigt das Programm immer eine unzugeordnete Atomfarbe, um damit einen korrekten Schattenwurf zu erzeugen. Ordnen Sie Ihre Einträge im Farbzuordnungs-Requester dementsprechend um. 8. LITERATUR-REFERENZEN ZU DEN DEMOS In einigen Demos sind die Wasserstoffatome weggelassen, Lösungs- mittel-Moleküle entfernt, und/oder die Koordinaten skaliert worden. atrovenetin: ATROVENETIN ORANGE TRIMETHYL ETHER FERRICHLORIDE I.C.Paul, G.A.Sim, J.Chem.Soc., p.1097 (1965). avenaciolide: (-)-AVENACIOLIDE D.L.Hughes, Acta Crystallogr., Sect.B, 34, p.3674 (1978). bis-porphyrine: {N3Mn(IV)(TPP)}2O B.C.Schardt, F.J.Hollander, C.L.Hill, J.Chem. Soc.Chem.Commun, p.765 (1981). bromo-edunol: BROMO-EDUNOL J.G.Leipoldt, G.J.H Rall, D.G.Roux, J.C.Breyten- bach, J.Chem.Soc.,Chem.Commun. p.349 (1977). calix(8)arene: (CALIX(8)ARENE METHYL ETHER)-HEXAKIS(TRIMETHYL- ALUMINIUM) BIS(TOLUENE) A.W.Coleman, S.G.Bott, J.L.Atwood, J.Inclusion Phenomena 5, p.581 (1987). coenzymeB12: 5'-DEOXYADENOSYLCOBALAMIN (VITAMIN B12 COENZYME) P.G.Lehnhert, Proc.R.Soc.London, Ser.A, 303, p.45 (1968). cucurbituril: CUCURBITURIL CALCIUM BISULFATE SULFURIC ACID TRIDECAHYDRATE W.A.Freeman, W.L.Mock, N.Y.Shih, J.Am.Chem.Soc. 103, p.7367 (1981). cyclodextrine: ALPHA-CYCLODEXTRIN HYDRATE CLATHRATE K.K.Chacko, W.Saenger, J.Am.Chem.Soc.103, p.1708 (1981). cyclosporinA: CYCLOSPORIN A H.-R.Loosli, H.Kessler, H.Oschkinat, H.-P.Weber, T.J.Petcher, A.Widmer, Helv.Chim.Acta 68, p.682, (1985). deoxyoligonuc: DEOXY(CYTIDINE PHOSPHATE GUANOSINE PHOSPHATE THYMIDINE PHOSPHATE) R.G.Brennan, E.Westhof, M.Sundaralingam, J.Biomol.Struct.Dyn.3, p.649 (1986). furan: 3-METHYL-7-METHOXY-5-(PROP-1-ENYL)-2-(3,4-ME THYLENE-DIOXYPHENYL)-2,3-DIHYDROBENZO(B)FURAN M.N.Ponnuswamy, S.Parthasarathy, Cryst.Struct.Commun. 10, p.1203 (1981). hexakisbenzene: HEXAKIS(2-PHENYLETHYLTHIOMETHYL)-BENZENE 1,4-DIOXANE CLATHRATE K.Burns, C.J.Gilmore, P.R.Mallison, D.D. Macnicol, S.Swanson, J.Chem.Res.30, p.501 (1981). tetrakisCu: A.S.Batsanov, Yu.T.Struchkov, A.S.Grigor'Eva, E.E.Kriss, N.F.Konakhovich, Yu.A.Fialkov, Koord.Khim.7, p.784 (1981).