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Text File  |  1989-08-25  |  4.5 KB  |  169 lines
  1. 3-D Medical Imaging
  2.  
  3. The original programs for 3-D Medical Imaging by Vannier and Geist
  4. were modified to improve the user interface and documentation by
  5. Ake Wallin during his visit to St. Louis in Dr. Vannier's laboratory
  6. during April 1988. 
  7.  
  8. These extensions to the original source programs supplement the
  9. original programs, and both sets of c-language sources may be
  10. used together.  Several utilities have been added to accomodate
  11. display devices, such as the AT&T Targa-24 frame buffer.
  12.  
  13. The modified source programs are distributed in the public
  14. domain from:
  15.  
  16.     Michael W. Vannier
  17.     Mallinckrodt Institute of Radiology
  18.     Washington University School of Medicine
  19.     510 South Kingshighway Blvd.
  20.     St. Louis, Mo. 63110  USA
  21.   
  22. The programs are available in Europe from Ake Wallin at
  23.    
  24. (Institute for Biomechanics, University of Bern, Murtenstrasse 35, 
  25. CH-3012 Bern, Switzerland)
  26.  
  27.  
  28. In order to use the paint program (AT&T Targa-TIPS) to modify CT-images two
  29. programs were written:
  30.  
  31. CTTGA.C
  32. -------
  33.  
  34. /*
  35.  * Converts a 256*256 ct file into a 256*256 TARGA-TIPS B/W file.
  36.  *
  37.  * Usage: cttga infile outfile [-l] [-u] [-h] [-s]
  38.  *        -l    : lower threshold (default =  0)
  39.  *        -u    : upper threshold (default =  255)
  40.  *        -h    : number of header blocks (512 bytes) (default = 1)
  41.  *        -s    : output statistics
  42.  */
  43.  
  44. TGACT.C
  45. -------
  46.  
  47. /*
  48.  * Converts a TARGA-TIPS RGB file into a 256*256 ct file
  49.  * only the upper left part of the RGB file is used
  50.  * the RGB file should be saved from TIPS using the window option
  51.  *
  52.  * Usage: tgact infile outfile headerfile [-l] [-u] [-h]
  53.  *        -l    : lower output density (default = 0)
  54.  *        -u    : upper output density (default = 255)
  55.  *        -h    : number of header blocks (512 bytes) (default = 1)
  56.  */
  57.  
  58.  
  59. The programs by Danny Geist and Mike Vannier to produce 3-D images from CT slices
  60. using an IBM-PC were modified and extended.
  61.  
  62. GRAD1.C
  63. ------
  64.  
  65.    -Command line input
  66.    -Threshold of gradient for differencing
  67.    -Views to choose: BO (bottom), TO (top), RL (right lateral),
  68.     LL (left lateral), RE (rear), FR (front), NO (none, just leave distance)
  69.    -Clipping planes: RL (right lateral), LL (lateral left), RE (rear),
  70.     FR (front)
  71.    -Scan of data in "correct" order, assuming:
  72.     object:
  73.     low z - feet, high z - head
  74.     low x - right, high x - left
  75.     low y - back, high y - front
  76.     image:
  77.     low x - left, high x - right
  78.     low y - down, high y - up
  79.             front
  80.     view BO : right      left
  81.             back
  82.             front
  83.     view TO : left       right
  84.             back
  85.             head
  86.     view RL : back      front
  87.             feet
  88.             head
  89.     view LL : front     back
  90.             feet
  91.             head
  92.     view RE : left      right
  93.             feet
  94.             head
  95.     view FR : right     left
  96.             feet
  97.  
  98. Usage: grad1 [filename] [-f] [-l] [-z] [-t] [-d] [-n(dig)] [-g]
  99.               [-h] [-v(bo|to|rl|ll|re|fr)] [-c(rl|ll|re|fr)]
  100.               [-i(x(r|l)|y(u|d))] [-o(x(r|l)|y(f|b)|z(h|f))]
  101.  
  102.  
  103. ANG1.C
  104. -----
  105.  
  106.  -Command line input
  107.  -Threshold on gradient shading, background not used for gradient.
  108.  -Combination of gradient and distance is possible.
  109.  -Distance or gradient image turned off
  110.  -Straight views (0, 90, 180 etc) possible. (0 = ydis2.dat, 90 = xdis1.dat
  111.   180 = ydis1.dat, 270 = xdis2.dat)
  112.  -Incremental views possible
  113.  -Views always head up
  114.  
  115. Usage: ang1 [-a] [-r] [-g] [-n(dig)] [-h] [-d]
  116.    -a  : angle (no default)
  117.    -r  : number of output images (default: 1)
  118.    -g  : threshold for gradient (default: 3.0)
  119.    -n  : not making distance (d) or gradient (g) image
  120.    -h  : filling holes
  121.    -d  : weight for distance combined with the gradient
  122.  
  123.  
  124. A utility programm to convert the images output from GRAD and ANG
  125. to TARGA TIPS format was created:
  126.  
  127. PICTGA.C
  128. --------
  129.  
  130. /*
  131.  * Converts a 256*n B/W picture file into a 256*256 TARGA-TIPS B/W or RGB file.
  132.  *
  133.  * Usage: pictga infile outfile [-c]
  134.  *        -c   : color image RGB (blue background)
  135.  */
  136.  
  137.  
  138. A utility program to inspect a binary file was created:
  139.  
  140. DUMP1.C
  141. ------
  142.  
  143. /*
  144.  * Dumps a number of bytes from a specified offset from a file.
  145.  * The bytes are output in hex and ascii.
  146.  *
  147.  * Usage: dump1 file [-o] [-n] [-d | -h] [-w | -b]
  148.  *        -o    : offset (default 0)
  149.  *        -n    : number (default 256)
  150.  *        -d -h : decimal/hexadecimal (default h)
  151.  *        -w -b : word/byte (default b)
  152.  *
  153.  */
  154.  
  155.  
  156.  
  157. Three test programs were produced for demonstration purposes.
  158. Please refer to the source listings for more information...
  159.  
  160. T1.C
  161. T2.C
  162. T3.C
  163.  
  164.  
  165.  
  166.  
  167.   
  168.   
  169.