home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / DBio / DSeqAsmDoc.h < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1996-07-05  |  2.3 KB  |  83 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. // DSeqAsmDoc.h
  2. // d.g.gilbert
  3.  
  4. #ifndef _DSEQASMDOC_
  5. #define _DSEQASMDOC_
  6.  
  7. #include "DSeqDoc.h"
  8.  
  9. class DAsmSequence;
  10.  
  11. class DSeqAsmDoc : public    DSeqDoc 
  12. {
  13. public:
  14.     enum  { 
  15.         kSeqAsmdoc = 610,
  16.         };
  17.          
  18.     static Boolean fgTestAutoseqFile;
  19.  
  20.      //DSeqList    *    fSeqList;
  21.     //DAsmView    *    fAsmView;
  22.     //DAlnView    *    fAlnView;
  23.     //DAlnIndex     * fAlnIndex;
  24.     DAsmSequence * fAsmSeq;
  25.     short        fAutoseqFilesRead;   // track if all parts of fAsmSeq are read in
  26.     long        fNtrace;
  27.     Boolean    fHaveAsmseq;
  28.         
  29.     DSeqAsmDoc( long id, DSeqList* itsSeqList, char* name = NULL);
  30.     virtual ~DSeqAsmDoc();
  31.  
  32.     static Boolean IsAutoseqFile(DFile* aFile);
  33.     static void SetUpMenu(short menuId, DMenu*& aMenu); // !! can't do virtual statics !!
  34.     static void NewSeqAsmDoc();
  35.     static void GetSeqAsmGlobals();
  36.     static void SaveSeqAsmGlobals();
  37.     
  38.     virtual void WriteTo (DFile* aFile = NULL);            // revise for iostreams
  39.     virtual Boolean ReadFrom(DFile* aFile = NULL, Boolean append = true);    // revise for iostreams
  40.     virtual void ReadTrace(DFile* aFile, short tracenum);     
  41.     virtual void ReadTraceStats(DFile* aFile, Boolean rewrite = false, 
  42.                                 DFile* toFile = NULL);     
  43.  
  44.     virtual void Open();
  45.     virtual void Open(DFile* aFile);
  46.     virtual void Close();
  47.     virtual void Revert();
  48.     virtual void Activate();
  49.     virtual void Deactivate();
  50.     virtual void ProcessTask(DTask* theTask);
  51.     virtual Boolean IsMyTask(DTask* theTask);
  52.     virtual Boolean DoMenuTask(long tasknum, DTask* theTask);
  53.     virtual Boolean IsMyAction(DTaskMaster* action);
  54.     virtual void FreeData();
  55.  
  56.     virtual void MakeGlobalsCurrent();
  57.     virtual void SortView( DSeqList::Sorts sortorder);
  58.     
  59.     virtual void AddSeqToList(DSequence* item);
  60.     virtual void AddNewSeqToList();
  61.     virtual void OpenSeqedWindow(DSequence* aSeq);
  62.                          
  63.     virtual short SelectionToFile(Boolean AllatNoSelection, 
  64.                                                     char* aFileName, short seqFormat); //return # written 
  65.     virtual void GetSelection( long selectFlags, 
  66.                                                         DSeqList*& aSeqList, long& start, long& nbases);
  67.     virtual void MakeSeqPrint(Boolean doREMap);
  68.     virtual void Print(); 
  69.  
  70.  
  71. protected:
  72.     virtual void AddViews(); 
  73.     virtual void AddTopViews(DView* super);
  74.     virtual void AddModePopup(DView* super);
  75.     virtual void AddAlnIndex(DView* super, short width, short height);
  76.     virtual void AddAlnView(DView* super, short width, short height);
  77.  
  78. };
  79.  
  80.  
  81.  
  82. #endif 
  83.