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Text File  |  1996-07-05  |  1.3 KB  |  49 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. // DAsmSequence.h 
  2. // by d.g.gilbert, Oct 1990 -- 1994
  3.  
  4.  
  5. #ifndef __DASMSEQUENCE__
  6. #define __DASMSEQUENCE__
  7.  
  8.  
  9. #include <DSequence.h>
  10.             
  11. class    DAsmSequence : public DSequence {
  12. public:
  13.     enum asmseqType {
  14.         kAutoseq    = kOtherSeq+1,
  15.         };
  16.     enum traceNum {
  17.         kA,kC,kG,kT,maxTrace  // for fTrace 
  18.         };
  19.         
  20. protected:        
  21.     short         * fTrace[maxTrace];       // autoseq traces for A,C,G,T 
  22.     short           fTraceNum[maxTrace];       // #points/trace 
  23.     long                fNTrace;            // # points/trace -- same as fTraceNum?
  24.     short            *    fTrCenter;        // base positions in traces (fLength == #bases)
  25.     long                fTrlength;        // should! be same as fLength
  26. public:
  27.     
  28.     DAsmSequence();
  29.     virtual ~DAsmSequence();
  30.  
  31.     virtual DObject* Clone(); // override 
  32.     virtual void CopyContents( DAsmSequence* fromSeq);
  33.     
  34.     virtual short* Trace(traceNum atbase) const { return fTrace[atbase]; }
  35.     virtual short* TrCenter() const { return fTrCenter; }
  36.     virtual long NumPoints() { return fNTrace; }
  37.     
  38.     virtual void SetTrace(traceNum t, short*& theTrace, long trlength,
  39.                             Boolean duplicate = false);
  40.     virtual void SetTrCenter( short*& theTrCenter, long trlength, 
  41.                             Boolean duplicate = false);
  42.     
  43.     virtual void DoWrite( DFile* aFile, short format);  // revise for ostream
  44.     virtual void DoWriteSelection( DFile* aFile, short format); // revise for ostream
  45. };
  46.  
  47.  
  48. #endif
  49.