home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ C/C++ Users Group Library 1996 July / C-C++ Users Group Library July 1996.iso / vol_400 / 418_02 / doc / changelg.1 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-03-02  |  18.3 KB  |  432 lines
  1. [08/10/93]    molecule.c
  2.         Solved problem with protein hydrogen bonding, in PDB files
  3.         containing both protein and nucleic acid sequences.
  4.  
  5. [07/10/93]    outfile.c
  6.         Corrected problem with compressed postscript output using
  7.         "colour" instead of "color" resulting in monochrome output.
  8.  
  9. [06/10/93]    abstree.c rasmol.c render.c
  10.         Moved #include <stdlib.h> inside the #ifdef IBMPC to avoid
  11.         compilation errors on SUN 386is without stdlib.h!
  12.  
  13. [05/10/93]    command.c abstree.c
  14.         Added support for negative residue numbers when specifing
  15.         single residue numbers and ranges of residues, and allow the
  16.         use of negative numbers in RasMol conditional expressions.
  17.  
  18. [05/10/93]    rasmol.c molecule.h
  19.         Altered the main loop of RasMol and the way char arrays are
  20.         initialised in molecule.h to avoid compilation warnings with
  21.         SGI's cc compiler. Thanks to Lachlan Bell (lhb@seqnet.dl..).
  22.  
  23. [04/10/93]    Makefile Imakefile
  24.         Added a comment to the Makefile to the effect that the Xinput
  25.         library is linked using -lXi instead of -lXinput on SGIs.
  26.  
  27. [01/10/93]    molecule.c render.c
  28.         Modified bug in molecule.c that only created new groups or 
  29.         chains at changes in PDB residue serial numbers. This caused
  30.                 ribbon problems on some GAP3.pdb. Thanks to Andrew Coulson.
  31.  
  32. [29/09/93]    molecule.c
  33.         Changed method for determining hydrogen bond offests for the
  34.         RasMol "colour hbond type" command to not use the residue
  35.         serial numbers found in the PDB file.
  36.  
  37. [29/09/93]    molecule.c molecule.h render.c
  38.         Recorded breaks in protein backbone caused by large alpha
  39.         carbon separation to avoid drawing ribbon over chain breaks.
  40.  
  41. [27/09/93]    x11win.c
  42.         Improved the scroll bars to allow the `button' to be dragged
  43.                 by moving the mouse whilst a button is depressed.
  44.  
  45. [27/09/93]      molecule.c
  46.                 Added a flag to indicate the source of the current secondary
  47.                 structure assignment used by the program, i.e PDB vs DSSP.
  48.  
  49. [27/09/93]    rasmol.c raswin.c raswin.rc raswin.idm command.c transfor.c
  50.                 Replaced "Ball & Wire" with "Ribbons" on the display menu
  51.                 and improved the way representations are enabled and disabled.
  52.  
  53. [24/09/93]    molecule.c tokens.h command.c
  54.         Modified LoadPDBMolecule to read the secondary structure
  55.         assignment records (HELIX and SHEET) and use these as default
  56.         secondary structure assignments when they are present. Added 
  57.         the command "structure" to force the use of DSSP definitions.
  58.  
  59. [24/09/93]    molecule.c
  60.         Optimised Implementation of Kabsch and Sander's algorithm to
  61.         determine beta sheet secondary structures, reducing time to
  62.         analyse GLS2 from over two hours to 7mins on a sun4.
  63.  
  64. [23/09/93]    abstree.c
  65.         Modified EvaluateProperty to test amino acid properties by
  66.         using an array containing a bitvector of properties for each
  67.         amino acid. This is both faster and easier to maintain.
  68.  
  69. [23/09/93]    molecule.c command.c tokens.h abstree.c abstree.h
  70.         Completed prototype beta sheet secondary structure 
  71.                 determination based upon the Kabsch and Sander's algorithm.
  72.         Added the predicate "sheet" for amino acids in ladders.
  73.  
  74. [23/09/93]    molecule.c molecule.h transfor.c abstree.c
  75.         Added pyrrolidine carboxylic acid and hydroxyproline (and
  76.         ASX and GLX) to the list of recognised amino acids for 
  77.         determining hydrogen bonding and structure determination.
  78.  
  79. [22/09/93]    molecule.c molecule.h tokens.h command.c render.c abstreeA
  80.         Corrected bug with RasMol that caused proteins with actyl
  81.         N-terminii not to be recognised as amino acid sequences.
  82.         Added the predicate "protein" which is the set "amino" and
  83.         the n-terminal acetic acid. Thanks to Andrew Coulson.
  84.  
  85. [21/09/93]    transfor.c transfor.h
  86.         Solved remaining problems with huge proteins in RasWin.
  87.  
  88. [21/09/93]    molecule.c
  89.         Improved the performance of (helix) secondary structure
  90.         determination, by ordering the h-bonds to reduce searching.
  91.  
  92. [21/09/93]    molecule.c render.c render.h transfor.c command.c
  93.         Modified altered the "Boxing" algorithm used to determine
  94.         bonding to use the Shadow tracing hash table. This both
  95.         reduces memory and dramatically increases performance
  96.                 (halving the time to read 2GLS from 43s to 21s on a sun4).
  97.  
  98. [17/09/93]    molecule.c molecule.h command.c raswin.c
  99.         Solved (some) problems caused by reading in huge proteins 
  100.         with more than 32767 atoms and bonds, and larger in diameter
  101.         than can be represented by 16 bit integers.
  102.  
  103. [17/09/93]    render.c
  104.         Corrected more problems caused by integer overflow and the
  105.         division by zero errors when zooming Ribbon models in RasWin.
  106.  
  107. [15/09/93]    command.c
  108.         Extended expression syntax to include numbers as primitive
  109.         expressions to specify a given residue sequence number. Hence 
  110.         the "select 5,6" is equiavalent to "select resno=5,resno=6"
  111.         and "select 10-20" means "select (resno>=10) and (resno<=20)".
  112.  
  113. [14/09/93]    render.c
  114.         Corrected problems caused by integer overflow and integral
  115.         type conversion warnings with Spline code when zooming.
  116.  
  117. [13/09/93]    x11win.c rasmol.h
  118.         Added check to the X Window System MIT shared memory extension
  119.         to test if server is on the same host (bug in XShm?) and hence
  120.         made MITSHM enabled as the default option.
  121.  
  122. [13/09/93]    render.c pixutils.c pixutils.h
  123.         Completed implementation of ribbons using a MolScript-like
  124.                 Hermite spline through Carson's control points. Optimized
  125.         fixed point implementation and improved ribbon clipping.
  126.  
  127. [12/09/93]    render.c transfor.c transfor.h command.c molecule.h
  128.         Added an optional width parameter to the "ribbons" command
  129.         to allow the user to define ribbon width at each residue
  130.         independently, allowing for example wider ribbons in helix.
  131.  
  132. [12/09/93]    pixutils.c pixutils.h command.c tokens.h
  133.         Added the command "set strands <number>" to allow the user to
  134.         globally modify the number strands in ribbon representations.
  135.  
  136. [29/08/93]    pixutils.c render.c command.c tokens.h transfor.c transfor.h
  137.         Added prototype support for the RasMol ribbon representation
  138.         based on a fixed number of straight strands through Carson's
  139.         control points (peptide plane miday between alpha carbons).
  140.  
  141. [26/08/93]    raswin.c rasmol.c command.c
  142.         Changed the default colour scheme to CPK.
  143.  
  144. [26/08/93]    molecule.c
  145.                 Added support for saving the currently selected atoms and 
  146.                 their connectivity information in an alchemy format file.
  147.  
  148. [26/08/93]    x11win.c
  149.         Increased the minimum width of the screen to avoid bug in
  150.         the X Scroll bar range checking and limit XRange to word
  151.         boundaries to solve shared memory bug on some machines.
  152.  
  153. [25/08/93]    transfor.c
  154.         Changed type of OrigCX, OrigCY and OrigCZ to type Long to
  155.         prevent RasWin crashing when loading PDB files centered a 
  156.         long way from the co-ordinate origin.
  157.  
  158. [25/08/93]    x11win.c
  159.         Improved code for using MIT's shared memory extension. The
  160.         code now uses the XShmCreateImage call and destroys the shmid
  161.                 to ensure that the shared memory is reclaimed when RasMol is
  162.                 terminated. Thanks to Andre Beck.
  163.  
  164. [24/08/93]    abstree.c
  165.         Extended the syntax of primitive atom expressions to allow
  166.         the user to select residues (groups) whose names contain non
  167.         alphabetic characters, such as digits. Hence the new syntax
  168.         allows expressions of the form [SO4]20 and [+U]*P
  169.  
  170. [24/08/93]    molecule.c molecule.h render.c transfor.c abstree.c
  171.                 Added code to determine hydrogen bonding between nucleic
  172.         acid residues in distrinct chains. Modified "set hbond
  173.         backbone" code, to only draw a single bond between sugar
  174.         phosphate backbones for each pair of nucleotides.
  175.  
  176. [23/08/93]    transfor.c
  177.         Modified the way in which ScaleColourAttrib tries to allocate
  178.         the colour map. Now if there are no free shades, it attempts
  179.         to allocate as many close matches as possible.
  180.  
  181. [23/08/93]    x11win.c
  182.         Improved the XInput extensions dials box handling code, to
  183.         explicitly check the number of Dials and LEDs present. This
  184.         avoids problems on some SGI dials boxes. Thanks to Nick Blom.
  185.  
  186. [20/08/93]    molecule.c molecule.h
  187.         Added a backbone representation for nucleic acid structures
  188.         by connecting sugar phosphate P atoms of consecutive residues.
  189.  
  190. [20/08/93]    command.c
  191.         Fixed bug caused by "UpdateScrollBars" being called by the
  192.         `rotate' command, even when not running interactively.
  193.  
  194. [20/08/93]    molecule.c molecule.h tokens.h command.c abstree.c abstree.h
  195.         Added complete code for Kabsch and Sander secondary structure
  196.         determination of alpha helices. Added predefined set "HELIX"
  197.         that contains all atoms contained in a alpha helix structure.
  198.  
  199. [19/08/93]    command.c
  200.         Fixed bug in LoadScriptFile that assumed that it was being
  201.         called after parsing a command line, causing RasMol to crash
  202.         SGI machines that had ".rasmolrc" initialisation files. Thanks 
  203.         to Peter Murray-Rust and special thanks to Tom Smith!
  204.  
  205. [19/08/93]    transfor.c command.c
  206.         The restrict command (and hydrogen/hetero menu options) now
  207.         removes bonds connected to any removed atom ignoring the
  208.                 bondmode setting. Isabelle Phan (phan@bioch.ox.ac.uk)
  209.  
  210. [19/08/93]      raswin.c
  211.         Added Alchemy file type to the RasWin FileOpen dialog box.
  212.  
  213. [19/08/93]    molecule.c
  214.         Imposed maximum backbone bond length of 7.00 Angstroms.
  215.  
  216. [18/08/93]    rasmol.c raswin.c
  217.         Modified the actions performed by ReDrawFlag when no 
  218.         molecule is loaded. This allows the background colour
  219.         to be changed before loading a molecule.
  220.  
  221. [18/08/93]    x11win.c
  222.         Corrected a memory deallocation problem, caused by the
  223.         XDestroyImage freeing the current frame buffer. This has
  224.                 caused numerous untracable errors in previous versions. 
  225.  
  226. [18/08/93]    abstree.c molecule.c
  227.         Added support for IUPAC hydrogen names "1H", "2H" etc...
  228.  
  229. [10/08/93]    command.c transfor.c transfor.h molecule.c molecule.h
  230.                 Added the "colour hbond type" command to enable hydrogen
  231.                 bonds to be drawn in colours associated with their offsets.
  232.  
  233. [09/08/93]    abstree.c abstree.h command.c tokens.h
  234.         Completely reorganised the classification of amino acids into
  235.         predefined sets. Added sets for "surface" and "buried", for
  236.                 "small", "medium" and "large" and synonyms "positive" and
  237.                 "negative" for "acidic" and "basic", the "charged" sets.
  238.  
  239. [05/08/93]    molecule.c molecule.h command.c tokens.h
  240.         Added support for reading in Alchemy format data files, as
  241.         used by the popular PC and Mac program. Thanks to Steve Ludtke.
  242.  
  243. [05/08/93]    rasmol.c raswin.c x11win.c mswin31.c command.c
  244.         Changed default value of ReDrawFlag to initially be zero
  245.         until the molecule is loaded. This corrects bug when the
  246.         dispatcher doesn't check stdin when no molecule loaded.
  247.  
  248. [03/08/93]    raswin.c mswin31.c
  249.         Added Print option to the RasWin file menu to allow the
  250.         current image to be printed out using the MS Windows
  251.         printer drivers. Tested for Mono & Colour PostScript.
  252.  
  253. [03/08/93]    abstree.c
  254.         Changed definition of the sets "hydrophobic" and "polar".
  255.         Glycine (GLY) is now considered a polar amino acid residue.
  256.  
  257. [03/08/93]    rasmol.c x11win.c
  258.         Improved dispatch of pending X11 events [RasMol now processes
  259.         all X Events until quiescent]. Holding down scroll bar arrow
  260.                 spins until mouse button released. Fixed server colour search
  261.         bug when not running interactively. Thanks to Doug Phillips.
  262.  
  263. [03/08/93]    molecule.c
  264.         Modified the order in which molecules are internally stored
  265.         so saving PDB files preserves the correct atom ordering. Also
  266.         solved output chirality problems when INVERT is defined.
  267.  
  268. [03/08/93]    outfile.c
  269.         Fixed bugs and improved performance of writing output files
  270.         under MS Windows caused by rounding when INVERT is defined.
  271.  
  272. [29/07/93]    outfile.c
  273.         Fixed bug when generating 24bit Run Length Encoded sun 
  274.         rasterfile format images, thanks to Doug Phillips. Fixed
  275.                 Monochrome RLE PostScript bug, thanks to Andrew Coulson. Also
  276.         changed "64 idiv" to "-6 bitshift" to speed up PostScript.
  277.  
  278. [28/07/93]    outfile.c outfile.h command.c rasmol.c raswin.c
  279.         Modified the PostScript output routines to include a run
  280.         length encoding (RLE) compression option (as default). This
  281.         has significantly reduced the size of output files from
  282.         several megabytes to a few hundred kilobytes per image.
  283.  
  284. [27/07/93]    tokens.h command.c molecule.c molecule.h
  285.         Added functions to write out currently selected atoms to a
  286.         PDB file as viewed from the current rotation matrix. This
  287.         command doesn't output CONNECT, SSBOND or MASTER records 
  288.                 yet. May also add HELIX, TURN and SHEET records in future.
  289.  
  290. [27/07/93]    mswin31.c
  291.         Corrected bug that resulted in the PixMap image of a molecule
  292.         persisting (being redrawn after expose events) after the 
  293.         molecule has been `closed' or `zapped!'.
  294.  
  295. [26/07/93]    !Defined macro "Long" in rasmol.h to be the 32bit integer
  296.         type on the current architecture. This should be defined as
  297.         long on all architectures except the 64bit DEC Alpha.
  298.  
  299. [23/07/93]      Imakefile
  300.         Created Imakefile to allow easy compilation on local machines
  301.         using the `xmkmf' command to generate Makefiles with the
  302.         appropriate parameters.
  303.  
  304. [21/07/93]    bitmaps.h graphics.h transfor.c
  305.         Corrected compilation warnings generated by the Solaris v2.0
  306.         C Compiler due to default signed chars and ANSI C division.
  307.  
  308. [08/07/93]    command.c tokens.h
  309.         Changed the way keywords are identified from searching a table
  310.         of binary search trees ordered by frequency, to binary search
  311.         of an initialised array by token length. This should reduce
  312.         both memory and processing time.
  313.  
  314. [08/07/93]    abstree.h
  315.         Altered the syntax of primitive atom expressions to provide
  316.         better support for numeric chain identifiers using optional
  317.         colon before chain. CYS11:1 can be distinguished from CYS111!
  318.  
  319. [03/07/93]    rasmol.h raswin.c rasmol.c render.c molecule.c
  320.         Added support for Dynamic Data Exchange (DDE) of RasMol
  321.         parameters and valuation data under MS Windows 3.1.
  322.  
  323. [02/07/93]    molecule.c
  324.         Corrected a typographical error resulting in molecules being
  325.         drawn back to front. This produced images of molecules with
  326.         the wrong chirality. Thanks to Pedro Coutinho and Tom Smith.
  327.  
  328. [01/07/93]    command.c molecule.c
  329.         Solved problems when reading in PDB files that contain no
  330.         atoms such as the documentation files cpk.pdb and shapely.pdb.
  331.         This allows colour masks to be stored in a separate PDB file
  332.         and preloaded before the main molecule. Thanks to Bob Strunz.
  333.  
  334. [01/07/93]    graphics.h x11win.c
  335.         Added much better support for 24bit and 32bit XVisual display
  336.         types. This now permits the 8bit RasMol to run find an 
  337.         appropriate visual on 24bit and 32bit screens. This solves
  338.         problems with obscure default visuals. Special thanks to
  339.         Jenny Barna.
  340.  
  341. [30/06/93]    command.c abstree.c abstree.c
  342.         Implemented the "WITHIN" function in atom expressions. This
  343.         selects all atoms within a specified radius of a given set
  344.         of atoms (defined by an atom expression). This even permits
  345.         the WITHIN command to be used recursively.
  346.  
  347. [29/06/93]    x11win.c
  348.         Improved the local colour map support for 8bit displays. The
  349.         program no detects if the entire global colour map is already
  350.         allocated and forces the use of a local colour map. This gets
  351.         around the problems of black on black menu bottons and scroll
  352.         bars.
  353.  
  354. [27/06/93]      command.c transfor.c transfor.h
  355.         Implemented the "colour [atom] amino" command that colours
  356.         amino acid residues by their properties. These colours are
  357.         more intuitive (conventional) than shapely colours and better
  358.         for a range of displays. Thanks to Andrew Coulson.
  359.  
  360. [27/06/93]    molecule.c transfor.c abstree.h abstree.c
  361.         Added much better support for a wide variety of element
  362.         types by introducing element handles. Van der Waals radii
  363.         and CPK colours are now maintained for a much larger number
  364.         of atom types.
  365.  
  366. [27/06/93]    command.c render.c render.h transfor.c transfor.h
  367.         Implemented the "ssbond <value>" and "hbond <value>" commands
  368.         to represent hydrogen bonds and disulphide bridges as thick
  369.         cylinders as well as dashed vectors. Significantly altered
  370.         the dynamics of RasMol by making backbone, hbond and ssbond
  371.         selection lazy. All these modes always clip vectors and
  372.         cylinders. This'll speed up transformation and selection.
  373.  
  374. [27/06/93]    rasmol.c raswin.c abstree.c abstree.h
  375.         Added predicates for "aliphatic" and "aromatic" predefined 
  376.         sets. Separated expression handling from molecule.c
  377.  
  378. [27/06/93]    command.c graphics.h x11win.c mswin31.c
  379.         Added the "hourglass" variable to rasmol, that enables and
  380.         disables the use of the hou glass cursor whilst RasMol is
  381.         busy drawing and image. This was infuriating during DDE.
  382.  
  383. [27/06/93]    render.c pixutils.c
  384.         Implemented the section slabmode to draw only a two a cross
  385.         section on the current clipping plane. Modified the atom
  386.         picking to accept this mode, and fixed a minor bug in the
  387.         "half" and "solid" slabmodes for drawing and picking. Removed
  388.         clipping code from the shadowing scanline routine.
  389.  
  390. [24/06/93]    outfile.c
  391.         Corrected problem when outputing postscript files. A rounding
  392.         error when shrinking a picture to fit a page resulted in an
  393.         axis being scaled by zero. Thanks to Ian Morrison.
  394.  
  395. [23/06/93]    !RasMol and RasWin added to the EMBL file server and anonymous
  396.         FTP server in Heidelberg, in the directories /pub/software/dos
  397.         and /pub/software/unix of ftp.embl-heidelberg.de
  398.  
  399. [22/06/93]    x11win.c
  400.         Fixed problem in selecting the required visual class that
  401.         caused RasMol to crash when running the OpenWin3 server.
  402.  
  403. [22/06/93]    rasmol.h
  404.         Added warning messages to the RasMol banner to describe
  405.         current visual depth and if not displaying interactively.
  406.  
  407. [21/06/93]    molecule.h molecule.c
  408.         Added short radius and irad fields to HBond structure
  409.         to allow for `thick' hydrogen and disulphide bonds.
  410.  
  411. [21/06/93]    pixutils.c command.c render.c outfile.c
  412.         Ensured all function prototypes were surrounded by #if
  413.         defined(__STDC__) || defined(IBMPC) to avoid errors with 
  414.         non ANSI C compilers and MS DOS compilers.
  415.  
  416. [20/06/93]    Makefile
  417.         Added the "-systype bsd43" and "-signed" options to the mips
  418.         entry for sysv and bsd43 domains E&S ESV workstations thanks
  419.                 to Andy Sheppard (mbasd@seqnet.dl.ac.uk)
  420.  
  421. [18/06/93]    !RasMol version 2.1 added to the Frequently Asked Questions
  422.         (FAQ) list of comp.graphics in the section on molecular
  423.         visualization stuff. A RasMol entry ias also added to the
  424.         molecular graphics menu of the John Hopkins University 
  425.         Medical Library Gopher system.
  426.  
  427. [18/06/93]    !Announced first public release of RasMol and RasWin version
  428.         2.1, available by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  429.         [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The announcement
  430.         was made in both bionet.software and comp.graphics newsgroups.
  431.  
  432.