home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Peanuts NeXT Software Archives / Peanuts-2.iso / Science / mathematics / R-0.12.README < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1996-10-08  |  6.9 KB  |  183 lines
  1. -----------------------------------------------------------------------
  2. README - R ALPHA PRE-RELEASE for NEXTSTEP version 3.3 (M68k and Intel)
  3.                  3 October, 1996
  4. -----------------------------------------------------------------------
  5. This is a NEXTSTEP port of the R language for statistical programming.
  6. NEXTSTEP support for the statistical programs SAS and S-PLUS was
  7. dropped when NeXT stopped making hardware, leaving statisticians
  8. running NEXTSTEP in an awkward position. R is an extremely
  9. powerful alternative to these commercial packages. Read the README
  10. file with this distribution to find out more about R. Note that users
  11. of S and S-PLUS will find R very easy to use. If you don't know S,
  12. check out "The New S Language"  (Becker R, Chambers J, Wilks A;
  13. Wadsworth, 1988) to help you get started.
  14.  
  15. To install R, copy the all of the directories into
  16. a new "RHOME" directory (e.g. ~/usr/local/R). Place the
  17. bin/R start-up script somewhere on your path (e.g. /usr/local/bin, ~/bin)
  18. and modify to set the "RHOME" variable to point to the installation
  19. directory chosen above. (I have decided not to include the source code
  20. at the request of the developers because R is in a very preliminary stage of
  21. development.)
  22.  
  23. You'll need X11 drivers to view graphics. I have used R with both
  24. CubXWindows and co-Xist X11 emulation under NEXTSTEP. R will run
  25. from any shell (e.g. Terminal or Stuart), but graphics will have
  26. to be written out using the Postscript driver. R also accepts
  27. commands from std. input and writes to std. output. All of the available
  28. functions are listed in the help directory. The help files are viewed
  29. by typing "help(function_name)" at the R prompt. New functions
  30. are defined exactly as in S. Quit R by typing q(). If requested, an
  31. image of the current session will be saved in the file .RData in the
  32. current directory. This will automatically be read in the next time
  33. R is invoked in this directory.
  34.  
  35. Disclaimer:
  36.  
  37. This is a pre-alpha version. I am releasing it because of the total lack
  38. of statistical software for NEXTSTEP. I have only tested the binary under
  39. NS 3.3 on m68K and Intel architecture. I have not tested it extensively 
  40. -- so far, it seems to be working properly. However, there will be bugs,
  41. so use at your own risk! If you want to build R for another architecture,
  42. you are on your own. (I have included some instructions below.)
  43.  
  44.  
  45. #########################################################################
  46. Stephen Shiboski                          email: steve@biostat.ucsf.edu
  47. Division of Biostatistics                 voice: 415-476-0533
  48. University of California San Francisco    fax:   415-476-6014
  49. 500 Parnassus Avenue, MU 420-W;  San Francisco, CA 94143-0560
  50. #########################################################################
  51.  
  52. ---------------------------------------------------
  53.                    ADDENDUM
  54. Modifications necessary to compile R under NS 3.3:
  55. ---------------------------------------------------
  56.  
  57. I have chosen not to include the source code with this distribution because
  58. R is in a very preliminary stage of development and changes regularly.
  59. The source can be obtained from StatLib <http://temper.stat.cmu.edu/R/> .
  60. Note that these instructions assume that gcc 2.7.2 or later is being used
  61. and that the X11R6 libraries and headers are available (I used CubXWindow from
  62. Intuitive Systems <http://www.intuisys.com/>). A lot of these 
  63. changes are just crude hacks to make R compile. More elegant fixes are 
  64. certainly possible. Note that I couldn't get things to compile using
  65. the NeXT C compiler -- there are things in the code which seem to require
  66. at least version 2.7.0 of gcc.
  67.  
  68.  
  69.  
  70. (1) Get the latest source code from StatLib .
  71.   
  72.  
  73. (2) Make new system files NEXTSTEP and NEXTSTEP.h (in src/System) .
  74.     (I've included examples below.)
  75.  
  76. (3) Modify src/include/Mathlib.h and src/include/Defn.h as follows:
  77.  
  78.   old: #include <math.h>
  79.  
  80.   new: #include <math2.h>
  81.       (math2.h is a modified header which simply comments out the
  82.        log, lgamma and fmod functions. I placed this in /usr/include/ansi.)
  83.  
  84. (4) Modify the functions asform and negarg in src/math/lgamma.c by commenting
  85.     out the declarations indicated below:
  86.  
  87. static double asform(arg)
  88. double arg;
  89. {
  90. /*      double log(); */
  91.         double n, argsq;
  92.         int i;
  93.  
  94.         argsq = 1. / (arg * arg);
  95.         for (n = 0, i = M - 1; i >= 0; i--) {
  96.                 n = n * argsq + p1[i];
  97.         }
  98.         return ((arg - .5) * log(arg) - arg + hl2pi + n / arg);
  99. }
  100.  
  101. static double negarg(arg)
  102. double arg;
  103. {
  104.         double temp;
  105. /*        double log(), sin(), posarg(); */
  106.           double  sin(), posarg();
  107.  
  108.         arg = -arg;
  109.         temp = sin(xpi * arg);
  110.         if (temp == 0.0) {
  111.                 errno = EDOM;
  112.                 return DBL_MAX;
  113.         }
  114.  
  115.  
  116. (5)  Comment out the "atof()" call on the last line of src/unix/dataentry.c;
  117.      modify src/unix/datentry.h to call the right X11 include files.
  118.  
  119. (6)  Modify src/main/arithmetic.c to include <float.h> rather than <floatingpoint.h>.
  120.      Also, comment out the following line in this file:
  121.           fpresetsticky(~0);
  122.  
  123. (7) NS doesn't support dynamic loading. It is possible to include new functions
  124.     in the src/stat source for R. And recompile them in. This involves changes in
  125.     src/stat/ROUTINES and running the src/stat/makeheaders script. The files
  126.     src/include/ForeignTab.h and src/include/ForeignDecl.h also have to list the
  127.     new symbols for loading. I have added new routines successfully.
  128.  
  129.  (8) Below are copies of the src/System files (NEXTSTEP, NEXTSTEP.h)
  130.      needed to configure for NEXTSTEP:
  131.  
  132. ############### NEXTSTEP ###################
  133. # X11 include and library directories
  134. X11INC= /usr/X11R6/include
  135. X11LIB= /usr/X11R6/lib
  136.  
  137. # C Compiler and Options (-g and/or -O)
  138. CC= gcc
  139. CFLAGS= -g -I../include
  140.  
  141. # Fortran Compiler and Options (-g and/or -O)
  142. ##### You'll need to use f2c to add FORTRAN code.          #####
  143. ##### (The f77 script here is just a front-end to f2c.)    ####
  144. ##### This won't be used unless you add FORTRAN routines.  #######
  145. F77= f77
  146. FFLAGS= -g -w
  147.  
  148. # Yacc (Note: Bison does not work, get byacc).
  149. YACC=yacc
  150.  
  151. # Command to Create Libraries from Object Files
  152. MKLIB= ../tools/library.bsd
  153.  
  154. # Create an Executable from Objects and Libraries
  155. LD= gcc -g
  156.  
  157. # Libraries to Load Against
  158. # -lsocket needed for Solaris;  dl for dlopen, etc.
  159. # For non GNU readline support use the following
  160. # Remove the "-lf2c" if you aren't planning on adding
  161. # any FORTRAN code and/or don't have libf2c.a installed.
  162. LIBS= -L$(X11LIB) -lX11 -lf2c  -lm
  163. ############################################################
  164.  
  165. ################# NEXTSTEP.h ###############################
  166.  
  167.         /*NEXTSTEP (v 3.3)  M68k  or Intel */
  168.  
  169. #ifndef _PLATFORM_H_
  170. #define _PLATFORM_H_
  171.  
  172. #define NEXTSTEP
  173. #define Unix
  174. /* #define Readline            /* uncomment for readline support */
  175. #define IEEEArith
  176. /* #define DLSupport */
  177. #define Proctime
  178. #define F77_SYMBOL(x)    x ## _
  179. #define F77_QSYMBOL(x)    #x ## "_"
  180.  
  181. #endif
  182. ############################################################
  183.