home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / sci / nanotech / 780 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-23  |  4.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!cs.utexas.edu!qt.cs.utexas.edu!yale.edu!newsserver.jvnc.net!rutgers!igor.rutgers.edu!planchet.rutgers.edu!nanotech
  2. From: gwilliam@mrc-crc.ac.uk (Gary Williams x3294)
  3. Newsgroups: sci.nanotech
  4. Subject: Public Domain molecular modelling packages
  5. Message-ID: <Jan.22.22.36.31.1993.11573@planchet.rutgers.edu>
  6. Date: 23 Jan 93 03:36:31 GMT
  7. Sender: nanotech@planchet.rutgers.edu
  8. Organization: MRC Human Genome Resource Centre
  9. Lines: 84
  10. Approved: nanotech@aramis.rutgers.edu
  11.  
  12.  
  13. The following list of programs may interest those of you who expressed
  14. an interest in public domain molecular modelling/molecular dynamics
  15. packages. 
  16.  
  17. I haven't followed up any of these programs, so I look forward to
  18. hearing on sci.nanotech from anyone who gets them up and running. 
  19.  
  20. This list is about 6 months old, so some of the information may be no
  21. longer valid. 
  22.  
  23. You should note that you get what you pay for :-) 
  24. As has already been remarked in this news-group, there are many
  25. excellent packages for a few hundred pounds/dollars/marks/yen/ecu. 
  26.  
  27. There was also a question about formats for storing molecular structures
  28. in files.  There are many conventions, but nearly all good packages
  29. should understand the Brookhaven format (also called the PDB format). 
  30.  
  31. ----------------------------------------------------------------------
  32.  
  33. [ Based on a list from cristy@dupont.com < Cristy > , which asked for
  34.  systems for displaying Molecular Dynamics, MD for short ]
  35.  
  36. a. Flex is a public domain package written by Michael Pique, at The Scripps
  37.    Research Institute, La Jolla, CA. Flex is stored as a compressed,
  38.    tar'ed archive (about 3.4MB) at perutz.scripps.edu [137.131.152.27], in
  39.    pub/flex. It displays molecular models and MD trajectories.
  40.  
  41. b. MacMolecule (for Macintosh). I searched with Archie, and the most
  42.    promising place is sumex-aim.stanford.edu (info-mac/app, and
  43.    info-mac/art/qt for a demo)
  44.  
  45. c. If you are running on an SGI, try MD-DISPLAY, from Terry
  46.    Lybrand (lybrand@milton.u.washington.edu).
  47.  
  48. d. Duncan McRee <dem@scripps.edu> has something called XtalView.  It is a
  49.    crystallography package that does visualize molecules and much more.
  50.    It uses the XView toolkit.
  51.  
  52. e. landman@hal.physics.wayne.edu:
  53.  
  54.    I am writing my own visualization code right now.  I look at MD output
  55.    (a specific format, easy to alter for the subroutine) on PC's.  My
  56.    program has hooks into GKS.  If your friend has access to Phigs for X
  57.    (PEX) and fortran bindings, I would be happy to share my evolving code
  58.    (free of charge).  Right now it can display supercells of up to 65
  59.    atoms (easy to change), and up to 100 time steps, drawing nearest
  60.    neighbor bonds between 2 defining nn radii.  It works acceptably fast
  61.    on a 10Mhz 286.
  62.  
  63. f. icsg0001@caesar.cs.montana.edu:
  64.  
  65.    I did a project on Molecular Visualization for my Master's Thesis, using
  66.    UNIX/X11/Motif which generates a simple point and space-filling model.
  67.  
  68. g. KGNGRAF by IBM.
  69.  
  70. h. ditolla@itnsg1.cineca.it:
  71.  
  72.    I'm working on molecular dynamic too.  A friend of mine and I have
  73.    developed a program to display an MD run dynamically on Silicon
  74.    Graphics.  We are working to improve it, but it doesn't work under X,
  75.    we are using the graphi. lib. of the Silicon Gr. because they are much
  76.    faster then X.  When we'll end it we'll post on the news info about
  77.    where to get it with ftp. (Will be free software).
  78.  
  79. i. XBall V2.0: written by David Nedde. Call daven@maxine.wpi.edu.
  80.  
  81. j. XMol:  an X Window System program that uses OSF/Motif  for  the
  82.    display and  analysis  of  molecular  model data.  Data from several
  83.    common file formats can be read and written; current formats include:
  84.    Alchemy, CHEMLAB-II, Gaussian, MOLSIM, MOPAC, PDB, and MSCI's XYZ
  85.    format (which has been designed  for  simplicity  in  translating to
  86.    and from other formats). XMol also allows for conversion between
  87.    several of these formats.
  88.    Xmol is available as ftp.msc.edu:pub/xmol/xmol.tar
  89.  
  90.  
  91. -- 
  92. GARY WILLIAMS,  Computing Services Section,  Janet:       G.Williams@UK.AC.CRC
  93. MRC-CRC & Human Genome Mapping Centre,       Internet:    G.Williams@CRC.AC.UK
  94. Watford Rd, HARROW, Middx, HA1 3UJ, UK
  95. Tel 081-869 3294   Fax 081-423 1275   
  96.