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/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / xtallogr / 135 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-24  |  2.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!decwrl!access.usask.ca!sask.usask.ca!matte
  2. From: matte@sask.usask.ca
  3. Newsgroups: bionet.xtallography
  4. Subject: questions regarding program MLPHARE
  5. Date: 23 Jan 93 22:56:20 -600
  6. Organization: University of Saskatchewan
  7. Lines: 38
  8. Message-ID: <1993Jan23.225620.1@sask.usask.ca>
  9. NNTP-Posting-Host: sask.usask.ca
  10.  
  11. I have been doing MIR calculations using the program MLPHARE from the CCP4 
  12. program suite (V 2.1.3), and would appreciate answers to any of the following 
  13. questions:
  14.  
  15. During these calculations, I do refinement and calculate phases on all cycles 
  16. (say 10). I notice that some statistics relevant to the refinement are output 
  17. at the end of cycle 9, (what the program calls the last refinement cycle), and 
  18. again for the last phasing cycle (cycle 10).  My (simplistic) understanding of 
  19. phase refinement is that the heavy-atom parameters are adjusted while minimiz-
  20. ing the difference betwen FPH(obs) and FPH(calc), and then phases are 
  21. calculated based on these new parameters.  If this is so, why are statistics 
  22. given for the final refinement and phasing cycles seperately, and which of 
  23. these are the ones that should be quoted for purposes of publication, etc  ? I 
  24. have noticed that the statistics (ie. the Cullis R-factor and phasing power) 
  25. from the last refinement cycle (given as cycle #9) are always quite a bit 
  26. better than on the last phasing cycle (#10). The other thing is that the 
  27. occupancy and/or temperature factor shifts for a given heavy-atom are quite a 
  28. bit larger on the final phasing cycle than on the final refinement cycle. 
  29. Looking at all of the previous cycles (except #10) it would seem that 
  30. everything has converged properly. My final question is as to why it is not 
  31. possible to output "most probable" phase values to the mtz reflection file, 
  32. although there is a PHIPR LABOUT card in the program ?  The message I get back 
  33. when I ask for PHIPR is that it is an invalid program label, or something 
  34. related to that.  
  35.  
  36. Any information will be very much appreciated !
  37.  
  38.                         Thanks,
  39.  
  40.                         Allan Matte
  41. `                        Department of Biochemistry
  42.                         University of Saskatchewan
  43.                         matte@sask.usask.ca        
  44.                         
  45.  
  46.  
  47.  
  48.  
  49.