home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / software / 2521 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-01-25  |  5.1 KB  |  131 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!haven.umd.edu!darwin.sura.net!welchgate.welch.jhu.edu!danj
  3. From: danj@welchgate.welch.jhu.edu (Dan Jacobson)
  4. Subject: Re: Wanted: Mac Program visualizing PDB structures
  5. Message-ID: <1993Jan25.152807.22349@welchgate.welch.jhu.edu>
  6. Organization: Johns Hopkins Univ. Welch Medical Library
  7. References: <ralf.727955432@frege>
  8. Date: Mon, 25 Jan 1993 15:28:07 GMT
  9. Lines: 120
  10.  
  11. In article <ralf.727955432@frege> ralf@frege.gmd.de (Ralf Zimmer) writes:
  12. >I am looking for an Apple Macintosh program which displays
  13. >3D Molecular structures. 
  14. >I know of MacMolecule from the University of Arizona 
  15. >(Myers/Blanco/Hallick/Jahnke).
  16. >I am especially interested in a PDB interface, and I would be happy
  17. >if the program allows for scaling, translation and rotation of
  18. >3D structures (It would be GREAT if the program includes some
  19. >PDB specific editing features ...).
  20. >
  21.  
  22. A quick gopher search tells me that you might be interested in Macmimic - 
  23. Demo versions are available from (among other places)
  24.  
  25. Host fly.bio.indiana.edu
  26.  
  27.     Location: /chemistry/mac
  28.            FILE -rw-r--r--     238145  Nov 17 1991  macmimic-demo.hqx
  29.            FILE -rw-r--r--       3672  Dec 17 1991  macmimic-demo.readme
  30.  
  31.  
  32. Host ra.nrl.navy.mil
  33.  
  34.     Location: /MacSciTech/chem
  35.            FILE -rw-r--r--     220055  May 28 1992  macmimic2.0.cpt.hqx
  36.            FILE -rw-r--r--        713  May 28 1992  macmimic2.0.readme
  37.  
  38. A brief description clipped from the Readme file is appended to the end
  39. of this post.
  40.  
  41. Best of luck,
  42.  
  43.  
  44. Dan Jacobson
  45.  
  46. danj@welchgate.welch.jhu.edu
  47.  
  48. Johns Hopkins University
  49.  
  50.  
  51. =========================================================================
  52.  
  53.  
  54. This is a demo of MacMimic version 2.0 as a BinHexed self-extracting archive.
  55. MacMimic is a molecular modeling application for displaying, building and
  56. comparing molecular structures. An authentic implementation of the state
  57. of the art molecular mechanics program MM2(91) is included.
  58. MacMimic runs on Macintosh II and Macintosh Quadra computers and is de
  59. signed
  60. for a 256 color monitor. An FPU and 32-bit Quickdraw is required.
  61. MacMimic is System 7 friendly and has extensive Balloon Help. Balloon Help
  62. is only available with System Software version 7.
  63.  
  64. The MacMimic demo is the same as the full version with the following
  65. exceptions:
  66. The demo does not include MM2(91) and it can only Save, Copy and Print
  67. structures with a total of ten atoms.
  68.  
  69. You may find the demo useful for exploring molecular surfaces as dot surfaces,
  70. or for visualizing PDB files (Brookhaven Protein Database).
  71.  
  72. The author of MacMimic is Anders Sundin.
  73. sundinKC@dna.lth.se
  74. ok2aps@gemini.ldc.lu.se
  75.  
  76. - - - version 1 readme - - -
  77.  
  78. Molecular modeling with MacMimic.
  79. MacMimic is an application for the display, construction and
  80. comparison of molecular models in full 3-D. It runs on the Macintosh
  81. II family of computers with a 256 colour monitor and 2 MBytes of
  82. memory.
  83.  
  84. The Macintosh interface.
  85. The Macintosh interface is fully implemented. Undo works on every
  86. command that changes the structure of a model. Copy and paste can be
  87. used to move models between display windows or to the Scrapbook.
  88. Printing in b&w or in colour can be done directly from MacMimic, or a
  89. picture of a model can be copied from a display window to be included
  90. in a word processing document.
  91.  
  92. The display of models.
  93. MacMimic can display and handle structures with up to 32000 atoms. A
  94. large number of models can be displayed simultaneously in each of the
  95. windows of MacMimic. Models are displayed as stick or ball-and-stick
  96. models, each with toggable attr.
  97. ibutes such as atom labels, atom index
  98. and stereo. Colour is used to indicate atom type, but individual atoms
  99. or whole structures can be painted in other colours. The 3-D
  100. impression of models is improved by a configurable depth cueing.
  101.  
  102. The input of structures.
  103. In addition to documents created by MacMimic, structures can be input
  104. from the MolLib library of structures, or obtained from a database as
  105. a PDB file (Brookhaven Protein Database file) or as an XR file
  106. (Cambridge Crystallographic Database file).
  107.  
  108. The construction of models.
  109. MacMimic has a powerful structure editor which can modify existing
  110. models or create new ones. Atom type, charge and hybridization can be
  111. set for any atom. The bond lengths and the number of ligands are
  112. automatically adjusted. A set of substituents is available from a
  113. palette to make instant substitutions of any monovalent atom. The new
  114. dihedral angles and bonds are adjusted to make a (locally) low energy
  115. conformer. Any two models can be joined (substituted) or fused to
  116. create spiro compounds or complex ring systems.
  117.  
  118. The comparison of models.
  119. Pseudo-atoms can be placed in the geometrical center of a number of
  120. atoms, or in the extension of a bond. Models can be compared by
  121. superimposition. Up to eight models can be superimposed (RMS fitted)
  122. simultaneously.
  123.  
  124. The energy minimization of models.
  125. The MacMimic package includes the molecular mechanics program MM2(87).
  126. All computational options (for instance dihedral drivers, restricted
  127. motion, etc.) of MM2(87) can be accessed through an interactive input
  128. interface. MM2(87) can be run as a background task.
  129.  
  130.  
  131.