home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1993 #3 / NN_1993_3.iso / spool / bionet / general / 2155 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-28  |  1.8 KB
  1. Path: sparky!uunet!biosci!news.cs.indiana.edu!usenet.ucs.indiana.edu!sol.ctr.columbia.edu!spool.mu.edu!uwm.edu!linac!att!princeton!phoenix.Princeton.EDU!lpcasson
  2. From: lpcasson@phoenix.Princeton.EDU (Lawrence P. Casson)
  3. Newsgroups: bionet.general
  4. Subject: Nucleotide analogs and PCR mutagenesis
  5. Message-ID: <1993Jan26.203727.24346@Princeton.EDU>
  6. Date: 26 Jan 93 20:37:27 GMT
  7. Sender: news@Princeton.EDU (USENET News System)
  8. Organization: Princeton University
  9. Lines: 27
  10. Originator: news@nimaster
  11. Nntp-Posting-Host: phoenix.princeton.edu
  12.  
  13. I am investigating various mutagenesis methods with the goal of
  14. randomly introducing multiple changes into a cloned gene.
  15. In particular, I am interested in the PCR (am I allowed to say PCR?)
  16. based technique described by Leung, D.W., et al. (Technique 1:11-15)
  17. and Cadwell, R.W., and Joyce, G.F. (PCR Methods and Applications 2:28-33).
  18.  
  19. I am interested in the use of nucleotide analogs in combination with
  20. this technique.  For example, DNA sequencing is often done with dITP
  21. or 7-deaza-dGTP because the weaker base pairing interactions eliminate
  22. certain gel artifacts.  Since the PCR mutagenesis technique reduces
  23. the fidelity of the Taq polymerase,  these nucleotides might be
  24. incorporated at a high rate.  Perhaps this could be extended to other
  25. nucleotide analogs.  The major benefit would be a larger number of
  26. mutations in fewer PCR cycles.
  27.  
  28. The ideal "universal" nucleotide analog will pair with any other
  29. nucleotide and be randomly incorporated and not cause a large number
  30. of frame shift mutations.  However, I am willing to settle for
  31. second best.
  32.  
  33. Does anyone know of any work regarding nucleotide analogs and base
  34. pairing?  Has anyone used analogs to investigate kinetics of various
  35. DNA or RNA polymerases?
  36.  
  37.  
  38. Larry Casson
  39. lpcasson@phoenix.princeton.edu
  40.