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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2355 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1993-01-02  |  3.5 KB
  1. Path: sparky!uunet!pipex!bnr.co.uk!uknet!comlab.ox.ac.uk!oxuniv!oxpath!jasper
  2. From: jasper@vax.path.ox.ac.uk
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Protein Structure Prediction mailserver
  5. Message-ID: <1993Jan2.173434.1@vax.path.ox.ac.uk>
  6. Date: 2 Jan 93 16:34:34 GMT
  7. Organization: Oxford University Molecular Biology Data Centre
  8. Lines: 63
  9. Nntp-Posting-Host: heatly
  10. Nntp-Posting-User: jasper
  11.  
  12. Hi,
  13.  
  14.     I haven't *seen* this posted anywhere yet (apologies if it has been, 
  15. I have that sneaking suspicion we are losing some articles through the feed) 
  16. but the information is tucked away in Nature, so I think it needs advertising!
  17.  
  18. ****  PHD - a new mail server for protein secondary structure prediction  ***
  19.  
  20.     First the picture:  for those of us who just run sequence through the
  21. database and are then faced with one of Russ Doolittle's less attractive
  22. options (Like "your protein does not match anything else yet seen in the
  23. Universe" :) this is going to help you. But if you find that your protein is a
  24. member of a family, and there is no homolgous 3D structure to work to, you are
  25. kind of stuck with secondary structure predicitions that you *know* are only
  26. going to be a little over half right, and you don't which half it's going to
  27. be..... The better the prediction is going to be, the more useful it could be
  28. to you. And if you have a measure for which parts are more likely to be
  29. correct then that is going to help enormously. 
  30.  
  31.     So: and this is the end of a string of letters and papers that make
  32. interesting reading in themselves; look at Nature, vol 360, page 540 (10th Dec
  33. 1992 issue) at the letter from Burkhard Rost and Chris Sander from EMBL
  34. describing a new network server (PHD, Profile Neural Network Prediction) for
  35. the prediction of secondary structures using information from multiple
  36. sequence alignments. 
  37.  
  38.     To get started send HELP as the body of text to the server at 
  39. PredictProtein@EMBL-Heidelberg.DE, and go from there. 
  40.  
  41.     You will be instructed on the correct format to send your sequence,
  42. which will then be matched against the database, multiply aligned, the
  43. prediction of secondary structure calculated and the whole thing sent back.
  44. The return times are reasonably fast, but maybe that's because I'm testing it
  45. in the vacation? Overall round trip time for a 200 amino acid domain is about
  46. 30 minutes. Of course this could get a lot slower if everyone tries it at 
  47. once!
  48.  
  49.     One final point; the whole process will not work if your sequence has 
  50. less than 30% idenitity to another member of the database. You may be in the 
  51. position where your own favorite sequence is a member of a family, but at less 
  52. than 30%. In which case, you should be able to learn something using one of 
  53. the other family members; the results will not include 'your' protein, but if 
  54. you already have alignments that are satisfactory this may be useful.
  55.  
  56.     I, for one, would be interested to know what sort of results people 
  57. get from the system, and how well the outupt compares with a range of known or 
  58. new 3D structures. Maybe as people get data they could feed this back to the 
  59. group? Unless there is preference from EMBL as to where to send feedback?
  60.  
  61.     I hope I'm not stealing anyone's thunder by posting this, but it looks
  62. too good to go unnoticed. 
  63.  
  64.     Well, many thanks to Burkhard and Chris, and New Years greetings to
  65. everyone else! 
  66.  
  67. regards,    jasper
  68.  
  69. Jasper Rees
  70. Oxford University Molecular Biology Data Centre (nights and weekends)
  71. Sir William Dunn School of Pathology  (always)
  72. Oxford University 
  73.  
  74. jasper@vax.path.ox.ac.uk
  75.