home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2338 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-12-30  |  4.3 KB  |  107 lines
  1. Newsgroups: bionet.software
  2. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!uwm.edu!ux1.cso.uiuc.edu!usenet.ucs.indiana.edu!chipmunk.bio.indiana.edu!gilbertd
  3. From: gilbertd@chipmunk.bio.indiana.edu (Don Gilbert)
  4. Subject: Readseq, multi-format sequence reader/writer, is updated
  5. Message-ID: <C03Aq1.H7C@usenet.ucs.indiana.edu>
  6. Sender: news@usenet.ucs.indiana.edu (USENET News System)
  7. Nntp-Posting-Host: chipmunk.bio.indiana.edu
  8. Organization: Biology, Indiana University - Bloomington
  9. Date: Wed, 30 Dec 1992 20:39:37 GMT
  10. Lines: 95
  11.  
  12.  
  13.  * ReadSeq  -- 30 Dec 92
  14.  * Reads and writes nucleic/protein sequences in various formats. 
  15.  
  16. Readseq has been updated.   There have been a number of enhancements
  17. and a few bug corrections since the previous general release in Nov 91
  18. (see below).  If you are using earlier versions, I recommend you update to
  19. this release.
  20.  
  21. Readseq is particularly useful as it automatically detects many
  22. sequence formats, and interconverts among them.
  23. Formats added to this release include
  24.   + MSF multi sequence format used by GCG software
  25.   + PAUP's multiple sequence (NEXUS) format
  26.   + PIR/CODATA format used by PIR
  27.   + ASN.1 format used by NCBI
  28.   + Pretty print with various options for nice looking output.
  29.  
  30. As well, Phylip format can now be used as input.  Options to
  31. reverse-compliment and to degap sequences have been added.  A menu
  32. addition for users of the GDE sequence editor is included.
  33.  
  34. This program is available thru Internet gopher, as
  35.  
  36.   gopher ftp.bio.indiana.edu
  37.   browse into the IUBio-Software+Data/molbio/readseq/ folder
  38.   select the readseq.shar document
  39.  
  40. Or thru anonymous FTP in this manner:
  41.   my_computer> ftp  ftp.bio.indiana.edu  (or IP address 129.79.224.25)
  42.     username:  anonymous
  43.     password:  my_username@my_computer
  44.   ftp> cd molbio/readseq
  45.   ftp> get readseq.shar
  46.   ftp> bye
  47.  
  48. readseq.shar is a Unix shell archive of the readseq files.
  49. This file can be edited by any text editor to reconstitute the
  50. original files, for those who do not have a Unix system or an
  51. Unshar program.  Read the top of this .shar file for further
  52. instructions.
  53.  
  54. The brief usage of readseq is as follows.
  55.  
  56. readSeq (27Dec92), multi-format molbio sequence reader.
  57. usage: readseq [-options] in.seq > out.seq
  58.  options
  59.     -a[ll]         select All sequences
  60.     -c[aselower]   change to lower case
  61.     -C[ASEUPPER]   change to UPPER CASE
  62.     -degap[=-]     remove gap symbols
  63.     -i[tem=2,3,4]  select Item number(s) from several
  64.     -l[ist]        List sequences only
  65.     -o[utput=]out.seq  redirect Output
  66.     -p[ipe]        Pipe (command line, <stdin, >stdout)
  67.     -r[everse]     change to Reverse-complement
  68.     -v[erbose]     Verbose progress
  69.     -f[ormat=]#    Format number for output,  or
  70.     -f[ormat=]Name Format name for output:
  71.          1. IG/Stanford           10. Olsen (in-only)
  72.          2. GenBank/GB            11. Phylip3.2
  73.          3. NBRF                  12. Phylip
  74.          4. EMBL                  13. Plain/Raw
  75.          5. GCG                   14. PIR/CODATA
  76.          6. DNAStrider            15. MSF
  77.          7. Fitch                 16. ASN.1
  78.          8. Pearson/Fasta         17. PAUP
  79.          9. Zuker                 18. Pretty (out-only)
  80.  
  81.    Pretty format options:
  82.     -wid[th]=#            sequence line width
  83.     -tab=#                left indent
  84.     -col[space]=#         column space within sequence line on output
  85.     -gap[count]           count gap chars in sequence numbers
  86.     -nameleft, -nameright[=#]   name on left/right side [=max width]
  87.     -nametop              name at top/bottom
  88.     -numleft, -numright   seq index on left/right side
  89.     -numtop, -numbot      index on top/bottom
  90.     -match[=.]            use match base for 2..n species
  91.     -inter[line=#]        blank line(s) between sequence blocks
  92.  
  93.  * Copyright 1990 by d.g.gilbert
  94.  * biology dept., indiana university, bloomington, in 47405
  95.  * e-mail: gilbertd@bio.indiana.edu
  96.  *
  97.  * This program may be freely copied and used by anyone.
  98.  * Developers are encourged to incorporate parts in their
  99.  * programs, rather than devise their own private sequence
  100.  * format.
  101.  *
  102.  * This should compile and run with any ANSI C compiler.
  103.  * Please advise me of any bugs, additions or corrections.
  104. -- 
  105. Don Gilbert                                     gilbert@bio.indiana.edu
  106. biocomputing office, biology dept., indiana univ., bloomington, in 47405
  107.