home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2319 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-12-23  |  2.1 KB
  1. Path: sparky!uunet!pipex!warwick!uknet!daresbury!news
  2. From: PARSONS_A@snd01.pcr.co.uk
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Quick Jiffy's for GCG or Ig
  5. Message-ID: <1992Dec23.101254.9137@gserv1.dl.ac.uk>
  6. Date: 23 Dec 92 10:13:53 GMT
  7. Sender: list-admin@daresbury.ac.uk
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 36
  10. Original-To: BIO-SOFT <BIO-SOFT@UK.AC.DARESBURY>
  11.  
  12. Greetings BIONAUTS, Internetters, NetFolk, GCG/Ig Consultants,
  13.  
  14. I have just downloaded the AIDS database produced by Gerald D. Myers and Kersti
  15. McInnes from the NCBI data repository.  After unpacking I have now ended up
  16. with a directory structure as below.  I want to convert these sequences to a
  17. GCG and Ig data library.  Both these packages have the tools to handle the
  18. GenBank and PIR formatted entries but I was wondering if anyone had written a
  19. quick jiffy just to pick out the sequences and ignore the alignments and
  20. supporting info (I dont want to reinvent the wheel).  Also could anyone tell me
  21. the difference between a file with no extensiona and a .NF extension file diffs
  22. would suggest only changes in the annotation and not the sequence. 
  23.  
  24. Many  ADVthanksANCE - and a Merry Chritmas and a Peaceful New Year!
  25.  
  26. Tony Parsons  - Pfizer Central Research (UK) <<parsons_@snd01.pcr.co.uk>>
  27.  
  28.  
  29. =========================  AIDS DB subdirectory structure  ===================
  30. [.DATABASE]---+
  31.               |
  32.               |--[.NUC_A]------+--[.AGM]
  33.               |                |--[.HIV_1]---------[.HFL]
  34.               |                |                |
  35.               |                |                +--[.NUC_CONS]
  36.               |                |--[.HIV_2]
  37.               |                |--[.MND]
  38.               |                |--[.RELATED]
  39.               |                +--[.SIV]
  40.               +--[.PRO_A]------+--[.AGM]
  41.                                |--[.HIV_1]---------[.HFL]
  42.                                |                |
  43.                                |                +--[.PRO_CONS]
  44.                                |--[.HIV_2]
  45.                                |--[.MND]
  46.                                |--[.RELATED]
  47.                                +--[.SIV]
  48.