home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / software / 2316 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-12-22  |  36.7 KB
  1. Path: sparky!uunet!zaphod.mps.ohio-state.edu!magnus.acs.ohio-state.edu!usenet.ins.cwru.edu!agate!biosci!ICBR.IFAS.UFL.EDU!SJJ
  2. From: SJJ@ICBR.IFAS.UFL.EDU ("JONG, SONG-MUH J")
  3. Newsgroups: bionet.software
  4. Subject: Re. Mol. Biol. Software Request
  5. Message-ID: <9212222038.AA09749@net.bio.net>
  6. Date: 22 Dec 92 20:35:00 GMT
  7. Sender: daemon@net.bio.net
  8. Distribution: bionet
  9. Lines: 1123
  10.  
  11.  
  12.  MS DOS Molecular Biology Software on EMBL File Server
  13.  -----------------------------------------------------
  14.  
  15.  Molecular biological software for IBM PC and  clones is  available  from  the
  16.  EMBL File Server. Though all programs are tested we can make  no warranty  on
  17.  the functionality of these programs  nor  shall  be  liable  for  any  damage
  18.  resulting from their usage.
  19.  
  20.  Most programs on the File Server are freeware,  but that does not imply  that
  21.  there are no rights reserved by the authors. Some programs are shareware. You
  22.  may freely copy and distribute these programs, but if you like  to  use  them
  23.  after a trial period you are asked to send the author a small fee. Please see
  24.  the accompanying documentation files or  manuals  for  details  of  copyright
  25.  status.
  26.  
  27.  To get any file from the EMBL File Server  use  normal  E-mail  addressed  to
  28.  NETSERV@EMBL-Heidelberg.DE. The body of the mail message should contain   one
  29.  server command per line.
  30.  
  31.  Getting started
  32.  ---------------
  33.  
  34.  MS DOS software on the EMBL File Server is distributed  in  a  form  that  is
  35.  first compressed and then converted  from  binary  to  printable  ASCII  code
  36.  ("uuencoded"). The standard extension  for  uuencoded  files  is  ".uue".  We
  37.  recommend the use of Dumas' UUD program for decoding ".uue" files.
  38.  
  39.  How to get this program?
  40.  
  41.  a) You have access to a C compiler:
  42.     Then download the source code for UUD by sending the command line:
  43.                            GET DOS_SOFTWARE:UUD.C
  44.     Transfer it to your PC (e. g. using Kermit) and compile it.
  45.  
  46.  b) You have access to a Pascal compiler or to GWBASIC:
  47.     Get the source code for a bootstrap uudecoder using 
  48.                            GET DOS_SOFTWARE:UUD19.BAS or
  49.                            GET DOS_SOFTWARE:UUDECODE.PAS (resp.)
  50.     Transfer it to your PC and compile  it.
  51.  
  52.     These decoders can now in turn be used to get a copy  of  the  recommended
  53.     decoder UUD.EXE  from  the  EMBL  File  Server.  First  request  the  file
  54.     UUEMBL.UUE:    
  55.                            GET DOS_SOFTWARE:UUEMBL.UUE
  56.  
  57.     Again, transfer  this  file  to  your  PC  and  use  either  UUD19.COM  or
  58.     UUDECODE.EXE to decode it:
  59.                            > UUD19 UUEMBL.UUE or
  60.                            > UUDECODE UUEMBL.UUE (resp.)
  61.  
  62.     You will get a file called UUEMBL.EXE. Run it, and it will  extract itself
  63.     to yield the UUD.EXE decoder and additionally the program UUE.EXE that  is
  64.     used to create the .UUE files at the EMBL. Use  UUD.EXE  for  all  further
  65.     ASCII-binary conversions.
  66.  
  67.  
  68.  We tested UUD.C with Turbo C and UUDECODE.PAS with Turbo Pascal. If you  have
  69.  problems compiling these sources with other compilers, please contact us.
  70.  
  71.  Note for users in the UK:
  72.  
  73.  While  passing  through  the  JANET/EARN  gateway  mail  messages  are  often
  74.  corrupted by character conversions. The caret  character  is  replaced  by  a
  75.  tilde. These conversions  are  not  detected  by  UUD19.  UUD19  will  decode
  76.  UUEMBL.UUE without an error message, but  the  resulting  UUEMBL.EXE  program
  77.  will  cause  a  system  crash.  Therefore  check  the  UUEMBL.UUE  file   for
  78.  occurrences of the tilde character  and  replace  them  by  caret  characters 
  79.  before decoding it.
  80.  
  81.  How to access files
  82.  -------------------
  83.  
  84.  All software for MS DOS on the EMBL File Server is in server directory called
  85.  DOS_SOFTWARE, and a directory listing can be acquired with  the  file  server
  86.  command:
  87.                            DIR DOS_SOFTWARE
  88.  
  89.  To get any specific file use the command:
  90.                            GET DOS_SOFTWARE:filename.ext
  91.  
  92.  Transfer this file to your PC (e. g. using kermit). For decoding a  uuencoded
  93.  file run UUD and specify the source file name:
  94.                            > UUD filename.UUE
  95.  
  96.  Files larger than 100K are split into parts. The  first  part  is  designated
  97.  "filename.UAA", the second part "filename.UAB" and  so  forth.  If you send a
  98.  request for "filename.UAA", you will automatically receive  all  parts  of  a
  99.  package. The Subject line will tell you the part number of each part and  how
  100.  many parts were sent in total. Only UUD  will automatically join the  related
  101.  files in correct  order.  The  code  generated from UUDECODE.PAS or UUD19.BAS
  102.  does *NOT*  support  file  splitting.  To  decode  split  files  follow  this
  103.  procedure:
  104.  
  105.  Extract all files from your mail reader to your disk. Call part 1 of a package
  106.  "filename.UAA", part 2 "filename.UAB", and so on. Transfer them  to  your  PC.
  107.  Make sure that all belonging parts are in one directory and type:
  108.                            > UUD filename.UAA
  109.  
  110.  The name of the resulting file after UUDecoding is stored within the ".uaa" or
  111.  ".uue" file; it  will  be  placed in your current directory.
  112.  
  113.  The outcome of this procedure is a so-called "self-extracting  archive"  with
  114.  a filename "filename.EXE". Just run it and it will create the  final  program
  115.  and documentation files:
  116.                            > filename
  117.  
  118.  Attention: the filename of the archive may in some cases  be  different  from
  119.  the filename of the UUE or UAA files and may contain an additional "$" dollar
  120.  character. Check that by doing a DIR *.EXE after the uudecoding.
  121.  
  122.  Record of requests
  123.  ------------------
  124.  
  125.  To facilitate communication between users of provided  software and  to  give
  126.  software authors some  information  on  who  has  obtained  copies  of  their
  127.  programs, the File Server keeps a log of requests for each program by storing
  128.  the sender's E-mail address in a file named "filename.LOG". For  example,  to
  129.  get the log for the MSDOS program OLIGO use the command:
  130.                            GET DOS_SOFTWARE:OLIGO.LOG
  131.  
  132.  Problems
  133.  --------
  134.  
  135.  If you have any problems or questions contact:
  136.  
  137.                            EMBL Data Library
  138.                            Meyerhofstr. 1
  139.                            D-6900 Heidelberg, FRG
  140.  
  141.                            tel.: +49-6221-387258
  142.                            E-mail: SOFTWARE@EMBL-Heidelberg.DE
  143.  
  144.  
  145.  
  146. Directory of MS DOS Molecular Biology Software on EMBL File Server
  147. ------------------------------------------------------------------
  148.  
  149. To receive files from this directory use the command:
  150.                      GET DOS_SOFTWARE:filename.ext
  151.  
  152. (a) Molecular Biology Software
  153.  
  154. filename             ALX3.UAA
  155. update               17-Nov-1989
  156. version              1.0
  157. size                 140 k
  158. compressed           PAK
  159. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  160. author               Gotoh O.
  161. description          Alignment of three protein or DNA sequences
  162. literature           J. Theor. Biol. 121 (1986), 327-337
  163. source code          -
  164. sw requirements      -
  165. hw requirements      -
  166.  
  167. filename             AUTHORIN.UAA
  168. update               18-Jan-1992
  169. version              Release 1.2, v0.1
  170. size                 510 k
  171. compressed           LHARC (self-extracting)
  172. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  173. author               IntelliGenetics
  174. description          Tool for preparing sequence data submissions
  175. literature           -
  176. source code          -
  177. sw requirements      -
  178. hw requirements      -
  179.  
  180. filename             BIGMOUTH.UAA
  181. update               13-Feb-1990
  182. version              -
  183. size                 235 k
  184. compressed           PAK
  185. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  186. author               Jenson H. B.
  187. description          Digitized sounds and utilities for TypeSeq and DigiSeq
  188. literature           -
  189. source code          -
  190. sw requirements      DigiSeq or TypeSeq
  191. hw requirements      BigMouth sound digitizer
  192.  
  193. filename             CIP.UUE
  194. update               16-Jan-1990
  195. version              -
  196. size                 65 k
  197. compressed           PAK
  198. ASCII conversion     UUE
  199. author               Jenson H. B.
  200. description          Calculation of reaction conditions for dephosphorylation
  201. literature           -
  202. source code          -
  203. sw requirements      -
  204. hw requirements      -
  205.  
  206. filename             CLONES.UAA
  207. update               7-Mar-1990
  208. version              -
  209. size                 190 k
  210. compressed           PAK
  211. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  212. author               Jenson H. B.
  213. description          Management of clones, strains, libraries etc. databases
  214. literature           BioTechniques 7 (1989), 590-592
  215. source code          -
  216. sw requirements      -
  217. hw requirements      -
  218.  
  219. filename             CLUSTALV.UAA
  220. update               6-Sep-1991
  221. version              5
  222. size                 280 k
  223. compressed           ZOO
  224. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 4 parts: .UAA to .UAD)
  225. author               Higgins D., Fuchs R. and Bleasby A.J.
  226. description          Multiple sequence alignments
  227. literature           CABIOS 8 (1992), 189-191
  228. source code          C
  229. sw requirements      -
  230. hw requirements      -
  231.  
  232. filename             CM.UAA
  233. update               17-Dec-1991
  234. version              1.0
  235. size                 800 k
  236. compressed           PAK
  237. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 8 parts: .UAA to .UAH)
  238. author               Hofmann K.
  239. description          Graphically oriented restriction map construction from
  240.                      multiple digestion data
  241. literature           -
  242. source code          Pascal
  243. sw requirements      (Turbo Pascal for recompiling)
  244. hw requirements      Mouse
  245.  
  246. filename             CMOLECUL.UUE
  247. update               6-Oct-1989
  248. version              May 87
  249. size                 70 k
  250. compressed           PAK
  251. ASCII conversion     UUE
  252. author               Thompson J. R. (Cedergren R.)
  253. description          graphics output of PCFOLD result files
  254. literature           Nucleic Acids Res. 10 (1982), 8351-8356
  255. source code          available as MOLECSRC.UUE
  256. sw requirements      -
  257. hw requirements      CGA card
  258.  
  259. filename             CODONS.UUE
  260. update               28-Jul-1992
  261. version              1.4
  262. size                 95 k
  263. compressed           PAK
  264. ASCII conversion     UUE
  265. author               Lloyd A.T. and Sharp P.M.
  266. description          Codon usage analysis
  267. literature           J. Hered. 83 (1992), 239-240
  268. source code          -
  269. sw requirements      -
  270. hw requirements      -
  271.  
  272. filename             COSY.UAA
  273. update               6-Feb-1991
  274. version              4.0
  275. size                 1100 k
  276. compressed           PAK
  277. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 25 parts: .UAA to .UAY)
  278. author               Eberhard M.
  279. description          Enzyme kinetics package
  280. literature           CABIOS 6 (1990), 213-221
  281. source code          Pascal
  282. sw requirements      -
  283. hw requirements      -
  284.  
  285. filename             CREGEX.C
  286. update               7-Oct-1992
  287. version              1.2
  288. size                 10 k
  289. compressed           -
  290. ASCII conversion     -
  291. author               Leunissen J.
  292. description          Reformating of Prosite for use with Kolakowski's PROSEARCH
  293. literature           -
  294. source code          C
  295. sw requirements      (used by PROSEARCH [PROSEA12.UAA])
  296. hw requirements      -
  297.  
  298. filename             CUTCOST.UAA
  299. update               5-Jun-1991
  300. version              2.31
  301. size                 105 k
  302. compressed           PAK
  303. ASCII conversion     UUE
  304. author               Meinhof C. G.
  305. description          Identification of cheapest source for restriction enzymes
  306. literature           -
  307. source code          -
  308. sw requirements      -
  309. hw requirements      -
  310.  
  311. filename             DIGISEQ.UUE
  312. update               13-Feb-1990
  313. version              -
  314. size                 80 k
  315. compressed           PAK
  316. ASCII conversion     UUE
  317. author               Jenson H. B.
  318. description          Sequence input using digitizer
  319. literature           CABIOS 4 (1988), 218
  320. source code          -
  321. sw requirements      -
  322. hw requirements      Graf/Bar 7 digitizing device
  323.  
  324. filename             DNACLONE.UAA
  325. update               16-Mar-1990
  326. version              1.1
  327. size                 190 k
  328. compressed           PAK
  329. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  330. author               Roy T. K.
  331. description          Management of clones, strains, libraries etc. databases
  332. literature           CABIOS 5 (1989), 321-322
  333. source code          -
  334. sw requirements      -
  335. hw requirements      -
  336.  
  337. filename             DNAFRAG.UUE
  338. update               31-Jan-1992
  339. version              3.03
  340. size                 30 k
  341. compressed           PAK
  342. ASCII conversion     UUE
  343. author               Nash J.
  344. description          Measures molecule size of gel bands from standards
  345. literature           -
  346. source code          -
  347. sw requirements      -
  348. hw requirements      -
  349.  
  350. filename             DOTPLOT.UUE
  351. update               17-Sep-1992
  352. version              2.0
  353. size                 85 k
  354. compressed           PAK
  355. ASCII conversion     UUE
  356. author               Nakisa R.
  357. description          Dot plot analysis
  358. literature           -
  359. source code          -
  360. sw requirements      -
  361. hw requirements      EGA or VGA card
  362.  
  363. filename             EASYCLON.UAA
  364. update               11-Jul-1991
  365. version              1.0
  366. size                 145 k
  367. compressed           PAK
  368. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  369. author               Shillitoe E. J.
  370. description          Simulation of DNA cloning incl. plasmid map drawing
  371. literature           Biotechniques 10 (1991), 768-770
  372. source code          -
  373. sw requirements      -
  374. hw requirements      -
  375.  
  376. filename             EASISTAT.UAA
  377. update               15-Feb-1991
  378. version              1.2
  379. size                 350 k
  380. compressed           PAK
  381. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 5 parts: .UAA to .UAE)
  382. author               Curtis D.
  383. description          Package for statistical analyses
  384. literature           -
  385. source code          -
  386. sw requirements      -
  387. hw requirements      -
  388.  
  389. filename             ELBAMAP.UUE
  390. update               5-Jan-1990
  391. version              2.2
  392. size                 55 k
  393. compressed           PAK
  394. ASCII conversion     UUE
  395. author               King G. J.
  396. description          Management of electrophoresis banding patterns
  397. literature           CABIOS 5 (1989), 313-317
  398. source code          -
  399. sw requirements      -
  400. hw requirements      EGA card
  401.  
  402. filename             EMOLECUL.UUE
  403. update               6-Oct-1989
  404. version              May 87
  405. size                 70 k
  406. compressed           PAK
  407. ASCII conversion     UUE
  408. author               Thompson J. R. (Cedergren R.)
  409. description          graphics output of PCFOLD result files
  410. literature           Nucleic Acids Res. 10 (1982), 8351-8356
  411. source code          available as MOLECSRC.UUE
  412. sw requirements      -
  413. hw requirements      EGA card
  414.  
  415. filename             ENZKIN.UAA
  416. update               16-Aug-1990
  417. version              1.0
  418. size                 120 k
  419. compressed           PAK
  420. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  421. author               Maloy S. R.
  422. description          Enzyme kinetics calculation
  423. literature           CABIOS 6 (1990), 63-65
  424. source code          Fortran
  425. sw requirements      -
  426. hw requirements      Math co-processor
  427.  
  428. filename             EPIPLOT.UAA
  429. update               12-Jul-1990
  430. version              1.0
  431. size                 128 k
  432. compressed           PAK
  433. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  434. author               Menendez-Arias L.
  435. description          Prediction of B and T cell epitopes from protein sequences
  436. literature           CABIOS 6 (1990), 101-105
  437. source code          -
  438. sw requirements      -
  439. hw requirements      -
  440.  
  441. filename             ESEE.UAA
  442. update               1-Jul-1992
  443. version              1.09e
  444. size                 210 k
  445. compressed           PAK
  446. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  447. author               Cabot E.L.
  448. description          Multiple sequence editor
  449. literature           CABIOS 5 (1989), 233-234
  450. source code          -
  451. sw requirements      -
  452. hw requirements      -
  453.  
  454. filename             EZ-FIT.UAA
  455. update               18-Oct-1989
  456. version              1.1
  457. size                 170 k
  458. compressed           PAK
  459. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  460. author               Perella F. W.
  461. description          Calculation of enzyme and receptor kinetics
  462. literature           Anal. Biochem. 174 (1989), 437-447
  463. source code          -
  464. sw requirements      -
  465. hw requirements      CGA card
  466.  
  467. filename             FAST.UAA
  468. update               26-Jan-1990
  469. version              -
  470. size                 195 k
  471. compressed           PAK
  472. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  473. author               Facchiano A.
  474. description          Protein structure analysis
  475. literature           CABIOS 5 (1989), 299-303
  476. source code          -
  477. sw requirements      -
  478. hw requirements      CGA or EGA/VGA card
  479.  
  480. filename             FASTMAP.UAA
  481. update               28-Jul-1992
  482. version              1
  483. size                 190 k
  484. compressed           PAK
  485. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  486. author               Curtis D.
  487. description          Approx. multipoint lod score calculation
  488. literature           Human Heredity (submitted)
  489. source code          -
  490. sw requirements      -
  491. hw requirements      -
  492.  
  493. filename             GEL.UUE
  494. update               18-Oct-1989
  495. version              17-Feb-1989
  496. size                 50 k
  497. compressed           PAK
  498. ASCII conversion     UUE
  499. author               Thompson J. R.
  500. description          Calculation of DNA restriction fragment sizes
  501. literature           Anal. Biochem. 115 (81), 113-122
  502. source code          Pascal
  503. sw requirements      (Turbo Pascal for recompiling)
  504. hw requirements      -
  505.  
  506. filename             GEL-JML.UAA
  507. update               15-Apr-1992
  508. version              1.1
  509. size                 160 k
  510. compressed           PAK
  511. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  512. author               Lacroix J. M.
  513. description          Calculation of DNA restriction fragment sizes
  514. literature           -
  515. source code          -
  516. sw requirements      -
  517. hw requirements      -
  518.  
  519. filename             GMD.TXT
  520. update               22-Jan-1992
  521. version              -
  522. size                 25 k
  523. compressed           -
  524. ASCII conversion     -
  525. author               Fu Y. and Arnold J.
  526. description          Programs to assist in the design of genome mapping
  527.                      experiments (contig mapping)
  528. literature           Biometrics, in press
  529. source code          Fortran
  530. sw requirements      Fortran compiler for recompilation
  531. hw requirements      -
  532.  
  533. filename             HMOLECUL.UUE
  534. update               6-Oct-1989
  535. version              May 87
  536. size                 70 k
  537. compressed           PAK
  538. ASCII conversion     UUE
  539. author               Thompson J. R. (Cedergren R.)
  540. description          graphics output of PCFOLD result files
  541. literature           Nucleic Acids Res. 10 (1982), 8351-8356
  542. source code          available as MOLECSRC.UUE
  543. sw requirements      -
  544. hw requirements      Hercules card
  545.  
  546. filename             HYDRASC.UUE
  547. update               8-Oct-1989
  548. version              1
  549. size                 30 k
  550. compressed           PAK
  551. ASCII conversion     UUE
  552. author               Penttila T. J.
  553. description          Contour map for two polypeptide sequences.
  554.                      Regions with similar hydropathic properties and second.
  555.                      structure properties are plotted.
  556. literature           CABIOS, in prep.
  557. source code          -
  558. sw requirements      MATLAB-PC
  559. hw requirements      Math. co-processor, >2M RAM
  560.  
  561. filename             LIGATE.UUE
  562. update               16-Jan-1990
  563. version              -
  564. size                 75 k
  565. compressed           PAK
  566. ASCII conversion     UUE
  567. author               Jenson H. B.
  568. description          Calculation of reaction conditions for ligation
  569. literature           BioTechniques 5 (1987), 729-730
  570. source code          -
  571. sw requirements      -
  572. hw requirements      -
  573.  
  574. filename             LSTSQ.UAA
  575. update               25-Sep-1991
  576. version              1.10
  577. size                 500 k
  578. compressed           PAK
  579. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 6 parts: .UAA to .UAF)
  580. author               Carmenes R. S.
  581. description          Toolkit for nonlinear regression in enzymology
  582. literature           CABIOS 7 (1991), 373-378
  583. source code          C, Pascal and Modula-2
  584. sw requirements      -
  585. hw requirements      -
  586.  
  587. filename             MACAW103.UAA
  588. update               15-Apr-1992
  589. version              1.03
  590. size                 190 k
  591. compressed           PAK
  592. ASCII conversion     UUE
  593. author               Schuler G.
  594. description          Multiple sequence editor
  595. literature           Proteins 9 (1991), 180-191
  596. source code          -
  597. sw requirements      MS Windows
  598. hw requirements      -
  599.  
  600. filename             MAPSRT.UUE
  601. update               2-Jul-1991
  602. version              1.0
  603. size                 40 k
  604. compressed           PAK
  605. ASCII conversion     UUE
  606. author               Easton T. G.
  607. description          Reformats GCG MapSort output file to new style,
  608.                      sorted by number-of-cuts and enzyme name.
  609. literature           -
  610. source code          Pascal
  611. sw requirements      -
  612. hw requirements      -
  613.  
  614. filename             MARKER.UUE
  615. update               31-Jan-1992
  616. version              1.1
  617. size                 90 k
  618. compressed           PAK
  619. ASCII conversion     UUE
  620. author               Rensing S.
  621. description          Creation of restriction fragments banding pattern and
  622.                      DNA length standards
  623. literature           -
  624. source code          Pascal
  625. sw requirements      -
  626. hw requirements      -
  627.  
  628. filename             MARS.UAA
  629. update               18-Jul-1990
  630. version              -
  631. size                 120 k
  632. compressed           PAK
  633. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  634. author               De Boer J. G.
  635. description          Finds sites in DNA which can easily be changed into
  636.                      a restriction site by one or two changes
  637. literature           CABIOS 7 (1991), 267
  638. source code          -
  639. sw requirements      -
  640. hw requirements      -
  641.  
  642. filename             MELPROT.UUE
  643. update               27-Mar-1990
  644. version              -
  645. size                 80 k
  646. compressed           PAK
  647. ASCII conversion     UUE
  648. author               Sikaris K.
  649. description          Secondary structure prediction and plotting
  650. literature           CABIOS 5 (1989), 323
  651. source code          Basic
  652. sw requirements      Any Basic interpreter
  653. hw requirements      -
  654.  
  655. filename             MELT.UUE
  656. update               25-May-1990
  657. version              2.0
  658. size                 30 k
  659. compressed           PAK
  660. ASCII conversion     UUE
  661. author               Nash J.H.E.
  662. description          Melting point calculation of oligonucleotides
  663. literature           -
  664. source code          -
  665. sw requirements      -
  666. hw requirements      -
  667.  
  668. filename             MISMATCH.TXT
  669. update               15-Apr-1992
  670. version              ?
  671. size                 12 k
  672. compressed           -
  673. ASCII conversion     -
  674. author               Davidow L. S.
  675. description          Selection of PCR designed mismatch primers
  676. literature           CABIOS 8 (1992), 193
  677. source code          Basic
  678. sw requirements      Basic interpreter/compiler
  679. hw requirements      -
  680.  
  681. filename             MOLECSRC.UUE
  682. update               6-Oct-1990
  683. version              May 87
  684. size                 70 k
  685. compressed           PAK
  686. ASCII conversion     UUE
  687. author               Thompson J. R. (Cedergren R.)
  688. description          Source code for *MOLECUL.UUE
  689. literature           Nucleic Acids Res. 10 (1982), 8351-8356
  690. source code          Pascal
  691. sw requirements      Turbo Pascal
  692. hw requirements      -
  693.  
  694. filename             MOTIF.UUE
  695. update               8-Nov-1989
  696. version              - (bug fix with plain ASCII sequences)
  697. size                 45 k
  698. compressed           PAK
  699. ASCII conversion     UUE
  700. author               Giles I.
  701. description          Motif searching program
  702. literature           CABIOS 5 (1989), 227-232
  703. source code          C
  704. sw requirements      (Turbo C for recompiling)
  705. hw requirements      -
  706.  
  707. filename             MULTALIN.UAA
  708. update               2-Apr-1990
  709. version              3.0
  710. size                 130 k
  711. compressed           PAK
  712. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  713. author               Corpet F.
  714. description          Multiple sequence alignment
  715. literature           Nucleic Acids Res. 16 (1988), 10881-10890
  716. source code          -
  717. sw requirements      -
  718. hw requirements      -
  719.  
  720. filename             NUMCLONE.UUE
  721. update               26-Feb-1992
  722. version              1.0
  723. size                 30 k
  724. compressed           LHArc
  725. ASCII conversion     UUE
  726. author               Nash J.H.E.
  727. description          Estimates the number of clones one has to screen from a
  728.                      genomic library in order to find a desired clone
  729. literature           -
  730. source code          -
  731. sw requirements      -
  732. hw requirements      -
  733.  
  734. filename             OLIGO.UAA
  735. update               6-Oct-1989
  736. version              1.0
  737. size                 105 k
  738. compressed           PAK
  739. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  740. author               Beadles K.
  741. description          Oligo-directed single amino acid substitution
  742. literature           -
  743. source code          -
  744. sw requirements      -
  745. hw requirements      -
  746.  
  747. filename             PATTERN.UUE
  748. update               9-Nov-1989
  749. version              -
  750. size                 55 k
  751. compressed           PAK
  752. ASCII conversion     UUE
  753. author               Giles I.
  754. description          Pattern searching program
  755. literature           CABIOS 5 (1989), 227-232
  756. source code          C
  757. sw requirements      (Turbo C for recompiling)
  758. hw requirements      -
  759.  
  760. filename             PCFOLD.UAA
  761. update               23-Oct-1989
  762. version              4.0
  763. size                 160 k
  764. compressed           PAK
  765. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  766. author               Zuker M.
  767. description          RNA folding
  768. literature           Meth. Enzymology 180 (1989), 262-288
  769. source code          -
  770. sw requirements      -
  771. hw requirements      -
  772.  
  773. filename             PEDRAW14.UAA
  774. update               28-Jul-1992
  775. version              1.4
  776. size                 410 k
  777. compressed           PAK
  778. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 5 parts: .UAA to .UAE)
  779. author               Curtis D.
  780. description          Pedigree drawing program
  781. literature           -
  782. source code          -
  783. sw requirements      -
  784. hw requirements      -
  785.  
  786. filename             PLASMID.UUE
  787. update               6-Oct-1989
  788. version              1.1
  789. size                 75 k
  790. compressed           PAK
  791. ASCII conversion     UUE
  792. author               Lipsick J.
  793. description          Plasmid drawing program
  794. literature           -
  795. source code          Basic
  796. sw requirements      (Quickbasic for recompiling)
  797. hw requirements      CGA card
  798.  
  799. filename             PLASMIDG.UAA
  800. update               11-Jul-1991
  801. version              1.0
  802. size                 140 k
  803. compressed           PAK
  804. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  805. author               Kleman G.
  806. description          Plasmid drawing program
  807. literature           -
  808. source code          Pascal
  809. sw requirements      -
  810. hw requirements      Microsoft-compatible mouse
  811.  
  812. filename             PREDICT.UAA
  813. update               20-Feb-1990
  814. version              1.2
  815. size                 120 k
  816. compressed           PAK
  817. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  818. author               Carmenes R. S.
  819. description          Protein secondary structure predictions
  820. literature           Biochem. Biophy. Res. Commun. 15 (1989), 687-698 
  821. source code          -
  822. sw requirements      -
  823. hw requirements      -
  824.  
  825. filename             PRIMGEN.UUE
  826. update               14-Apr-1992
  827. version              1.1
  828. size                 60 k
  829. compressed           PAK
  830. ASCII conversion     UUE
  831. author               Nash J. H. E.
  832. description          Oligonucleotide primer design by reverse-translation of
  833.                      amino acid sequences
  834. literature           CABIOS, submitted
  835. source code          -
  836. sw requirements      -
  837. hw requirements      VGA or EGA graphics card required
  838.  
  839. filename             PROGRAPH.UAA
  840. update               27-Nov-1991
  841. version              1.3
  842. size                 810 k
  843. compressed           PAK
  844. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 8 parts: .UAA to .UAH)
  845. author               Hofmann K.
  846. description          Graphically oriented protein sequence analysis package
  847. literature           CABIOS 8 (1992), 331-338
  848. source code          Pascal
  849. sw requirements      (Turbo Pascal for recompiling)
  850. hw requirements      Mouse
  851.  
  852. filename             PRONET.UAA
  853. update               23-Jan-1990
  854. version              1.0
  855. size                 110 k
  856. compressed           PAK
  857. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  858. author               Pascarella S.
  859. description          Protein structure prediction with a neural network
  860. literature           CABIOS 5 (1989), 319-320
  861. source code          Pascal
  862. sw requirements      (Turbo Pascal for recompiling)
  863. hw requirements      -
  864.  
  865. filename             PROSEA12.UAA
  866. update               24-Jan-1991
  867. version              1.2
  868. size                 100 k
  869. compressed           PAK
  870. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  871. author               Kolakowski L. F.
  872. description          Pattern searching in proteins using Prosite
  873. literature           -
  874. source code          C
  875. sw requirements      Awk
  876. hw requirements      -
  877.  
  878. filename             RAMHA.UAA
  879. update               28-Jul-1992
  880. version              1.0
  881. size                 120 k
  882. compressed           PAK
  883. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  884. author               Siderovski, D.P.
  885. description          Monte Carlo simulation of the random mutagenesis of
  886.                      synthetic cDNA
  887. literature           CABIOS, submitted
  888. source code          -
  889. sw requirements      -
  890. hw requirements      -
  891.  
  892. filename             SAR2PCIT.UUE
  893. update               31-Aug-1992
  894. version              1.0
  895. size                 20 k
  896. compressed           PAK
  897. ASCII conversion     UUE
  898. author               Sonnhammer, E.L.
  899. description          Converts SeqAnalRef to ProCite format
  900. literature           -
  901. source code          Pascal
  902. sw requirements      -
  903. hw requirements      -
  904.  
  905. filename             SDSE.UAA
  906. update               24-Nov-1989
  907. version              2.0
  908. size                 185 k
  909. compressed           PAK
  910. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 3 parts: .UAA to .UAC)
  911. author               Oliver J. L.
  912. description          Simulation of DNA sequence evolution
  913. literature           CABIOS 5 (1989), 47-50
  914. source code          -
  915. sw requirements      -
  916. hw requirements      -
  917.  
  918. filename             SIGSEQ.UUE
  919. update               11-Dec-1989
  920. version              1.0
  921. size                 60 k
  922. compressed           PAK
  923. ASCII conversion     UUE
  924. author               Popowicz A.M.
  925. description          Prediction of signal sequence cleavage site
  926. literature           CABIOS 4 (1988), 405-406
  927. source code          C
  928. sw requirements      (Compiler for recompiling)
  929. hw requirements      -
  930.  
  931. filename             SIM.UUE
  932. update               12-Feb-1991
  933. version              -
  934. size                 30 k
  935. compressed           PAK
  936. ASCII conversion     UUE
  937. author               Huang G. and Miller W.
  938. description          Local similarity searching
  939. literature           CABIOS 6 (1990), 373 - 381.
  940. source code          C
  941. sw requirements      -
  942. hw requirements      -
  943.  
  944. filename             SORFIND.UAA
  945. update               31-Aug-1992
  946. version              1.6
  947. size                 105 k
  948. compressed           PKZIP
  949. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  950. author               Hutchinson G.B.
  951. description          Prediction of exons in vertebrate genomic DNA
  952. literature           Nucleic Acids Res. 20 (1992), 3453-3462
  953. source code          -
  954. sw requirements      -
  955. hw requirements      -
  956.  
  957. filename             SQAID381.UAA
  958. update               1-Aug-1991
  959. version              3.81
  960. size                 300 k
  961. compressed           PAK
  962. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 4 parts: .UAA to .UAD)
  963. author               Roufa D.
  964. description          DNA and protein sequence analysis package
  965. literature           -
  966. source code          -
  967. sw requirements      -
  968. hw requirements      -
  969.  
  970. filename             SSCAN.UAA
  971. update               3-Apr-1992
  972. version              3.0
  973. size                 340 k
  974. compressed           PAK
  975. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 4 parts: .UAA to .UAD)
  976. author               Prestridge D.
  977. description          Signal Scan: a program to identify known eukaryotic
  978.                      signals in DNA sequences
  979. literature           CABIOS 7 (1991), 203-206
  980. source code          C
  981. sw requirements      -
  982. hw requirements      -
  983.  
  984. filename             SUBSIS.UUE
  985. update               18-May-1990
  986. version              1.2
  987. size                 15 k
  988. compressed           PAK
  989. ASCII conversion     UUE
  990. author               Mandler J.
  991. description          Subdirectory handling with DNASIS(tm) or PROSIS(tm)
  992. literature           CABIOS 6 (1990), 291-292
  993. source code          GWBASIC
  994. sw requirements      GWBASIC, DNASIS or PROSIS, MS-DOS DEBUG
  995. hw requirements      -
  996.  
  997. filename             TDALIGN.UAA
  998. update               18-Nov-1989
  999. version              1.61
  1000. size                 120 k
  1001. compressed           PAK
  1002. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  1003. author               Davison D. (Thompson K.)
  1004. description          Sequence alignment
  1005. literature           -
  1006. source code          -
  1007. sw requirements      -
  1008. hw requirements      -
  1009.  
  1010. filename             TFD2PROSITE.C
  1011. update               13-Dec-1991
  1012. version              1.3
  1013. size                 10 k
  1014. compressed           -
  1015. ASCII conversion     -
  1016. author               Fuchs R.
  1017. description          Program to convert SITES and DOMAINS tables of TFD
  1018.                      database to Prosite format.
  1019. literature           -
  1020. source code          C
  1021. sw requirements      -
  1022. hw requirements      -
  1023.  
  1024. filename             TRBBS.UAA
  1025. update               21-Sep-1992
  1026. version              1.0
  1027. size                 120 k
  1028. compressed           PAK
  1029. ASCII conversion     UUE (split; will be sent in 2 parts: .UAA and .UAB)
  1030. author               Consani I.R.
  1031. description          File exchange program for automated fluorescent DNA
  1032.                      sequencer data
  1033. literature           CABIOS 8 (1992), 195.
  1034. source code          -
  1035. sw requirements      -
  1036. hw requirements      VGA video card
  1037.  
  1038. filename             TYPESEQ.UUE
  1039. update               13-Feb-1990
  1040. version              -
  1041. size                 55 k
  1042. compressed           PAK
  1043. ASCII conversion     UUE
  1044. author               Jenson H. B.
  1045. description          Sequence input using keyboard
  1046. literature           CABIOS 4 (1988), 218
  1047. source code          -
  1048. sw requirements      -
  1049. hw requirements      -
  1050.  
  1051. (b) Archiving/Decoding Software
  1052.  
  1053. filename             UUEMBL.UUE
  1054. update               6-Feb-1991
  1055. version              -
  1056. size                 60 k
  1057. compressed           PAK
  1058. ASCII conversion     UUE
  1059. author               Fuchs R. (Dumas M.)
  1060. description          UUEncoded form of UUD uudecoder and UUE uuencoder 
  1061. literature           -
  1062. source code          C
  1063. sw requirements      -
  1064. hw requirements      -
  1065.  
  1066. filename             UUD.C
  1067. update               6-Feb-1991
  1068. version              -
  1069. size                 20 k
  1070. compressed           no
  1071. ASCII conversion     no
  1072. author               Dumas M.
  1073. description          Source code for recommended uudecoder
  1074. literature           -
  1075. source code          C
  1076. sw requirements      Turbo C
  1077. hw requirements      -
  1078.  
  1079. filename             UUDECODE.PAS
  1080. update               4-Dec-1989
  1081. version              4-Dec-1989
  1082. size                 6 k
  1083. compressed           no
  1084. ASCII conversion     no
  1085. author               -
  1086. description          Source code for bootstrap uudecoder
  1087. literature           -
  1088. source code          Pascal
  1089. sw requirements      Turbo Pascal
  1090. hw requirements      -
  1091.  
  1092. filename             UUD19.BAS
  1093. update               6-Oct-1989
  1094. version              -
  1095. size                 5 k
  1096. compressed           no
  1097. ASCII conversion     no
  1098. author               -
  1099. description          Source code for bootstrap uudecoder
  1100. literature           -
  1101. source code          Basic
  1102. sw requirements      GWBasic
  1103. hw requirements      -
  1104.  
  1105. filename             DETAR.UUE
  1106. update               2-Mar-1990
  1107. version              -
  1108. size                 45 k
  1109. compressed           PAK
  1110. ASCII conversion     UUE
  1111. author               VALVERDE J. R.
  1112. description          Utility to extract .TAR files
  1113. literature           -
  1114. source code          C
  1115. sw requirements      Turbo C (for recompiling)
  1116. hw requirements      -
  1117.  
  1118. filename             PRNTGL.UAA
  1119. update               23-Feb-1992
  1120. version              1.18
  1121. size                 150 k
  1122. compressed           PAK
  1123. ASCII conversion     UUE
  1124. author               Ravitz, C.
  1125. description          Prints HGPL files (like produced by GCG) on matrix or
  1126.                      laser printer
  1127. literature           -
  1128. source code          -
  1129. sw requirements      -
  1130. hw requirements      -
  1131.  
  1132. 7-Oct-1992
  1133.  
  1134.