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/ NetNews Usenet Archive 1992 #31 / NN_1992_31.iso / spool / bionet / infothe / 1011 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-12-30  |  1.9 KB  |  52 lines
  1. Newsgroups: bionet.info-theory
  2. Path: sparky!uunet!spool.mu.edu!agate!dog.ee.lbl.gov!hellgate.utah.edu!csn!boulder!boulder!eddy
  3. From: eddy@boulder.Colorado.EDU (Sean Eddy)
  4. Subject: Re: mRNA baud rate
  5. Message-ID: <eddy.725706161@beagle>
  6. Sender: news@colorado.edu (The Daily Planet)
  7. Nntp-Posting-Host: beagle.colorado.edu
  8. Organization: University of Colorado, Boulder
  9. References: <C01wvB.CK5@iat.holonet.net>
  10. Date: 30 Dec 92 09:02:41 GMT
  11. Lines: 39
  12.  
  13. ken@iat.holonet.net (Ken Easlon) writes:
  14. >I'd like to find out the data transmission rate from the nucleus of a
  15. >typical eukaryotic cell via mRNA.   My best guess at this point is
  16. >somewhere between 300 and 1200 baud.   
  17. >If anyone has any guesses or information or references regarding the rate
  18. >of mRNA transcription (per cell), I would be very interested in hearing
  19. >from you.
  20.  
  21. Alberts (_Molecular Biology of the Cell_, p. 412) cites 2 x 10^8
  22. nt/min as the average interphase total transcription rate per
  23. mammalian cell.  40% of that is tRNA/rRNA transcription; so call it
  24. 1x10^8 nt/min for precursor mRNA transcription.
  25.  
  26. Now you need a number for how much precursor is spliced out before
  27. export from the nucleus; I think a reasonable guess in the human
  28. might be 95%.
  29.  
  30. Call each nucleotide 2 bits of information, and you get a "data
  31. transmission rate" on the order of 200 kilobits/sec -- so it's
  32. closer to Ethernet than an obsolete modem :)
  33.  
  34. On the other hand, mRNA export uses 3000-4000 lines (nuclear pore
  35. complexes) according to Alberts, so the rate per line is indeed pretty
  36. awful - 40 bps or so. The pores are handling a lot of protein traffic
  37. too though.
  38.  
  39. - Sean Eddy
  40. - MRC Laboratory of Molecular Biology
  41. - sre@mrc-lmb.cam.ac.uk
  42. - "I'm not convinced we need bigger supercomputers in computational biology-- 
  43.    last time I checked, the backs of envelopes weren't getting any
  44.    bigger."  - Barry Honig, speaking at a meeting on Grand Challenges
  45.    in Computational Structural Biology
  46.  
  47.  
  48.  
  49.  
  50.  
  51.  
  52.