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/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / general / 1916 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-11-23  |  1.8 KB  |  70 lines
  1. Newsgroups: bionet.general
  2. Path: sparky!uunet!haven.umd.edu!darwin.sura.net!welchgate.welch.jhu.edu!danj
  3. From: danj@welchgate.welch.jhu.edu (Dan Jacobson)
  4. Subject: Re: stryder-like program for pc
  5. Message-ID: <1992Nov23.214322.7236@welchgate.welch.jhu.edu>
  6. Organization: Johns Hopkins Univ. Welch Medical Library
  7. References: <1992Nov23.094926.9071@ac.dal.ca>
  8. Date: Mon, 23 Nov 1992 21:43:22 GMT
  9. Lines: 59
  10.  
  11. In article <1992Nov23.094926.9071@ac.dal.ca> 01moo@ac.dal.ca writes:
  12. >hello!
  13. >
  14. >could someone please direct me to a pc compatible program which
  15. >is similar to the mac program stryder?  i.e.- one in which 
  16. >you type in a dna sequence and it shows you the restriction enzyme
  17. >cutting sites?
  18. >
  19. You might want to take a look at MARKER - you can ftp it from
  20.  
  21. ftp.bio.indiana.edu in the /molbio/ibmpc directory.
  22.  
  23. Here's a clip from its documentation:
  24.  
  25. MARKER is a program for creating DNA length standards and restriction frag-
  26.  
  27. ments pattern. You may either use it to create some new length standards
  28.  
  29. (from DNA you already have) or to check out the cleavage sites / digestion
  30.  
  31. pattern of any sequences.
  32.  
  33. There are some other programs which do some or all of the things that MARKER
  34.  
  35. can do. But they are much less comfortable. You'll see.
  36.  
  37.  
  38.  
  39. MARKER V1.0 is FREEWARE. You are not allowed to remove the Copyright infor-
  40.  
  41. mation. I'll trie to make updates every 3 to 6 months.
  42.  
  43.   - Start program from that directory by typing marker <RETURN>
  44.  
  45.   - Change to the directory where your file is saved
  46.  
  47.     (using the first five menu options)
  48.  
  49.   - ENTER filename
  50.  
  51.   - LOAD file (be sure that the filespec is correct first)
  52.  
  53.   - CHOOSE restriction enzyme(s)
  54.  
  55.   - DIGEST
  56.  
  57.   - MAKE (and print) restriction map
  58.  
  59.   - SHOW restriction fragments pattern
  60.  
  61.  
  62.  
  63.  
  64. Best of luck,
  65.  
  66. Dan Jacobson
  67.  
  68. danj@welchgate.welch.jhu.edu
  69. danj@chablis.gwu.edu
  70.