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/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / general / 1909 < prev    next >
Encoding:
Internet Message Format  |  1992-11-21  |  1.6 KB
  1. Xref: sparky bionet.general:1909 bionet.software:2150
  2. Path: sparky!uunet!stanford.edu!agate!spool.mu.edu!think.com!hsdndev!nmr-z!OPAL.MGH.HARVARD.EDU!CHERRY
  3. From: cherry@OPAL.MGH.HARVARD.EDU
  4. Newsgroups: bionet.general,bionet.software
  5. Subject: Re: NCBI (especially Kabat) databases
  6. Message-ID: <1992Nov21.152706.9725@nmr-z.mgh.harvard.edu>
  7. Date: 21 Nov 92 15:27:06 GMT
  8. References: <1992Nov20.022102.12238@Princeton.EDU>
  9. Sender: usenet@nmr-z.mgh.harvard.edu (User for USENET news postings)
  10. Reply-To: cherry@OPAL.MGH.HARVARD.EDU
  11. Distribution: usa
  12. Organization: Molecular Biology - Mass Gen Hospital
  13. Lines: 23
  14. Nntp-Posting-Host: opal.mgh.harvard.edu
  15.  
  16. >In article <1992Nov20.022102.12238@Princeton.EDU>, lpcasson@phoenix.Princeton.EDU (Lawrence P. Casson) writes:
  17. >>PROBLEM: I would like to retrieve complete mouse T-lymphocyte receptor
  18. >>variable domain sequences, and avoid having to deal with the small
  19. >>fragments that constitute many of the GenBank entries.
  20. >>
  21. >>I'm assuming that the Kabat and Wu database is the best place to start.
  22.  
  23. I do not know of anyone that has indexed the Kabat databases and
  24. provides a mechanism to retrieve individual sequences.
  25.  
  26. I have converted the Kabat amino acid database into GenPept format so
  27. that the GCG utilities can be used. I used the Kabat 5.0 (beta) amino
  28. acid database.  It is available via anonymous ftp from
  29. amber.mgh.harvard.edu as follows:
  30.  
  31. cd genbank
  32. get kabat.genpept
  33.  
  34. Once on your system you can use: GENBANKTOGCG/GENPEPT to convert this
  35. text file into a GCG formated database. After then running SEQCAT you
  36. can use STRINGS and FETCH to retrieve the specific sequences you want.
  37.  
  38. Mike Cherry
  39.