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/ NetNews Usenet Archive 1992 #27 / NN_1992_27.iso / spool / bionet / general / 1900 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-11-19  |  2.9 KB  |  69 lines
  1. Newsgroups: bionet.general
  2. Path: sparky!uunet!pipex!warwick!mrccrc!gwilliam
  3. From: gwilliam@crc.ac.uk (Gary Williams x3294)
  4. Subject: Re:  info request IGD database
  5. Message-ID: <1992Nov20.105002.14351@crc.ac.uk>
  6. Sender: news@crc.ac.uk
  7. Nntp-Posting-Host: gallium
  8. Organization: MRC Human Genome Resource Centre
  9. References: <1992Nov20.020130.20960@seas.gwu.edu>
  10. Date: Fri, 20 Nov 1992 10:50:02 GMT
  11. Lines: 56
  12.  
  13. In article <1992Nov20.020130.20960@seas.gwu.edu> danj@merlot.gwu.edu (Dan Jacobson ) writes:
  14. >In article <1992Nov18.172914.25335@alchemy.chem.utoronto.ca> fbignone@alchemy.ch
  15. >em.utoronto.ca (Franco Bignone) writes:
  16. >>I am currently looking for information about a Human Database:
  17. >>IGD, Integrated Genomic Database, that I understand should be related
  18. >>to the Human Genome project, does anyone have more information about it?
  19. >>Who developed it, where is available by ftp etc.
  20. >I'm not sure but could you be thinking of the Genome Database (GDB)?
  21.  
  22. The person you should contact for more information on the IGD project
  23. is:
  24.  
  25. Otto Ritter
  26. DKFZ
  27. Heidelberg
  28. Germany
  29. email: dok261@cvx12.inet.dkfz-heidelberg.de
  30.  
  31. The Integrated Genome Database (IGD) aims to integrate as much human
  32. genome data as possible and graphically display it using Durbin &
  33. Thierry-Mieg's ACeDB program. 
  34.  
  35. We have the preliminary version (IGD-FRED-ACE) set up on our system. 
  36. The whole IGD system is still in the developmental phase, but it is
  37. still very impressive. 
  38.  
  39. The IGD-FRED-ACE is the front-end database of the IGD.  The whole IGD
  40. system is still in the developmental phase, and consequently the data is
  41. not complete.  The current data held, as of June 26, 1992 is:
  42.  
  43.    Class            # of objs   Naming          Source DB(s)
  44.    ---------------|-----------|--------------|------------
  45.    Chromosome          24                       GDB
  46.    Chrom_Band         625                       GDB
  47.    Gene              2986       HGM symbols     GDB
  48.    Locus            13838       HGM symbols     GDB
  49.    Sequence         12436       em:<ID>         EMBL    (primate only)
  50.                      2211       sw:<ID>         SwissProt (human only)
  51.    Clone             4289                       RLDB(ICRF), Xq28
  52.    Contig              18                       Xq28
  53.    OMIM              5759       <MIM #>         OMIM
  54.    Probe            24009       gdb:<ID_#>      GDB
  55.                       766       dp:<ID_#>       UK DNA Probe (ICRF)
  56.                       444       rl:<ID_#>       RLDB(ICRF)
  57.    Clone_Grid           1                       Xq28
  58.    Image                2                       Xq28
  59.    ---------------------------------------------------------
  60.    TOTAL           278,099 objects / 173 Mbytes of disk space
  61.  
  62.  
  63.  
  64. -- 
  65. GARY WILLIAMS,  Computing Services Section,  Janet:       G.Williams@UK.AC.CRC
  66. MRC-CRC & Human Genome Mapping Centre,       Internet:    G.Williams@CRC.AC.UK
  67. Watford Rd, HARROW, Middx, HA1 3UJ, UK
  68. Tel 081-869 3294   Fax 081-423 1275   
  69.