home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Chip 2011 November / CHIP_2011_11.iso / Programy / Narzedzia / AbiWord / abiword-setup-2.8.6.exe / grammar / en / 4.0.biolg.batch < prev    next >
Text File  |  2009-10-29  |  13KB  |  411 lines
  1. !verbosity=1
  2. !echo
  3. !limit=1000
  4. !batch
  5. !short=20
  6. !constituents=1
  7. !spell=0
  8.  
  9. %UNITS
  10.  
  11. % Some basic cases
  12. The 50 kDa protein is examined
  13. The protein ( 50 kDa ) is examined
  14. The mass is 50 kDa
  15. A protein of 50 kDa is examined
  16. The rate is 10 nm per msec
  17. The rate is 10 nm per one msec of time
  18. The last 195 bp of the DNA are examined
  19.  
  20. % These should work also if the tokens are "merges" of number and unit
  21. The 50-kDa protein is examined
  22. The 50kDa protein is examined
  23. The mass is 50kDa
  24. A protein of 50kDa is examined
  25. The rate is 10nm per msec
  26. The rate is 10nm per 1msec of time
  27. The last 195bp of the DNA are examined
  28.  
  29. % A number derived units are also recognized
  30. The rate is 10 mg/sec
  31. The rate is 10 mol/day
  32. The rate is 10 micrograms/mouse/day
  33.  
  34. % Units previously in the dictionary have not been modified, and are
  35. % not allowed all the necessary roles.
  36. The 10 foot distance is examined
  37.  
  38. % The following dont work yet, and would require special ".p" definitions
  39. % of the units, similar to, for example, feet.p and seconds.p.
  40. % This would require an OD- connectors (see feet.p)
  41. It fell 10 nm
  42. % This would require an OT- connector (see seconds.p)
  43. It lasted 10 msec
  44. % This would require Yd+ (see feet.p)
  45. It happened 10 nm away
  46. % This would require Yt+ (see seconds.p)
  47. It happened 10 msec later
  48. % This would require EC+ to have the intended parse (compare feet.p)
  49. The 10 bp longer sequence is examined
  50.  
  51. % This one doesn't work because of "leftmost"
  52. The leftmost 195 bp of the DNA are examined
  53.  
  54. % NUMERIC RANGES
  55.  
  56. The 50 to 100 kDa protein is examined
  57. Exons 40 to 50 were examined
  58. It was submitted in the period 1990 to 1995
  59. The range is 0 to 1
  60. The range is nine to twenty
  61. % ambiguities are mainly due to the bracketed part
  62. The production is low in rich media ( 50 to 300 LrpC molecules per cell )
  63. The enzyme has a weight of 125,000 to 130,000
  64. The domain ( residues 73 to 90 ) was shown
  65. The analysis revealed a transcript after 6 to 7.5 h
  66. CSF reached 50 to 100 nM
  67. A shift from 37 to 20 degrees C resulted in an increase
  68. An operon showed at 310 to 320 kb
  69. The sequence shows 28.2 to 34.6 % identities
  70. In the past 4 to 5 years results have advanced 
  71. One is the region 1911 to 1917
  72. % unnecessary (?) ambiguity with the range linking to "are"
  73. The segment includes the pacL from which genes 1 to 7 are transcribed
  74. The gene 1 to 7 mRNA synthesis was reduced
  75. There are  deviations of 2 to 3 A 
  76. % the range should link to the verb with MVp (~ "north"): to much ambiguous ?
  77. These transcripts are located 5 to 3
  78.  
  79. % Ranges with hyphens
  80.  
  81. The 50 - 100 kDa protein is examined
  82. Exons 40 -- 50 were examined
  83. It was submitted in the period 1990 --- 1995
  84.  
  85. % Cases with "from" (e.g. "from 10 to 20") (TODO):
  86. % shifts
  87. The number of repeats was increased from 7 to 11 .
  88. Experiments revealed an increase from 0 to 5 min postinduction
  89. The transfer of cells from 37 to 50 degrees C repressed synthesis .
  90. The concentration increased from 125 to 325 microgram per assay .
  91. % ranges
  92. We inserted sequences from 5 to 21 bp in length
  93. The start point ranged from 17 to 18 base pairs
  94. The promoter contained a sequence near the region ( from 60 to 73 % )
  95. A region extending from 183 to 118 base pairs was required
  96.  
  97. % Cases with "between"
  98. Transcription sets in ( between 8 and 16 h of culture ) .
  99. The pH optimum is between 5 and 7
  100. concentrations were measured  between 0 and 3 h after the beginning
  101. it shows activity at a temperature between 60 and 70 degrees C
  102. The activity is stable between pH 6 and 12
  103.  
  104. % Numeric ranges with "merged" units (or "fold") also occur
  105. An 80 to 100-fold increase was observed
  106. Antigens ranged 82 to 90%
  107.  
  108. % FOLD-WORDS
  109.  
  110. This included an up to threefold increase
  111. There were increases in proteins, including actin (twofold to threefold)
  112. The association rate constant is also increased about 2-fold
  113. The affinity is approximately 30-fold weaker
  114. Leaves display a 2-fold accumulation
  115. This was about 10-fold higher
  116. % correct parse ranked second
  117. sigmaF was some twofold higher than sigmaE
  118. % does not parse
  119. It was two to threefold more abundant
  120. I found an at least twofold reduction
  121. It showed a fivefold anaerobic induction
  122. loci increased more than twofold
  123. % correct parse ranked fourth
  124. It corresponds to one- , two- and threefold phosphorilated proteins
  125. The structure shows a fold consisting of a beta-sheet
  126.  
  127. % EQUATIONS ETC.
  128.  
  129. non-denaturing gradient gel electrophoresis (r = 0.859) was used
  130. preparations of 5 x 10(8) cfu/ml are made
  131. phosphorylation was observed (P = 0.06)
  132. bacteria with low G + C DNA content contain genes
  133. the strength was in the order of gerE > cotD > yfhP P2 > yfhP P1
  134. delta binds RNAP with an affinity of 2.5 x 10(6) M-1
  135.  
  136. % "x" between numbers denoting multiplication
  137. A single cell inside a pool of 5 x 10000 lymphocytes could be quantified
  138. A single cell inside a pool of 5 x 10(4) could be quantified
  139.  
  140. % "Arrows"
  141. We consider the MPO --> PAG pathway
  142. Codon 311 (Cys --> Ser) polymorphism is associated with apolipoprotein E4
  143.  
  144. % GREEK LETTERS
  145. minicells revealed the expression of both lambda and SPP1 genes
  146. We cloned a new gene encoding an alternative sigma factor
  147. The sigma factor sigma 35 of B. thuringiensis is homologous
  148. Each polymerase had a subunit composition analogous to beta beta2 alpha sigma delta omega 1 omega 2
  149.  
  150. % SOME ADVERB CASES
  151. % compare
  152. patients are treated, therefore, even if they are negative
  153. patients are treated, however, even if they are negative
  154. % related?
  155. the results indicated, therefore, that it is required
  156.  
  157. they prefer studies that are, however, open
  158. more importantly , they are open
  159.  
  160. % i.e., e.g. and related
  161. they were not side-by-side (i.e., stacked)
  162. antagonists (e.g. WEB-2086) were examined 
  163. receptors, e.g. GluR5 and GluR, have been examined
  164. there is genetic heterogeneity, i.e. there are several genes
  165.  
  166. % UPSTREAM, DOWNSTREAM, 3', 5'
  167. The soil from the river banks is washed downstream.
  168. He was making his way upstream.
  169. The view is upstream and the discharge is about 5.0 m3/s.
  170. It will require more information from upstream.
  171. The inverted repeat is found upstream of the promoter.
  172. The promoter is located immediately upstream of ftsY.
  173. The cryIAb gene was located 3 kb upstream of its initiator codon.
  174. mphR is located downstream from mrx.
  175. These transcripts are oriented 5' to 3'
  176.  
  177. % MISCELLANIA (commented out not to confuse)
  178. % the patient tested negative
  179.  
  180. % "MADE OF" VARIANTS
  181. the protein films have a microstructure formed of woven sheaves
  182. The sheaves are composed of well-defined whisker crystallites
  183. Different conjugates, composed of a peptide carrier and a cytotoxic moiety, have been investigated
  184. A study was made of the stability
  185. a protein made of the luminal domain fused to the tail
  186. the intracellular pool of enzyme is formed of newly synthesized molecules
  187.  
  188. % "DESIGNATED" ETC.
  189. Mice that express epitope tagged SF-1 are being used
  190. The method labelled FAXS is rapid
  191.  
  192. % ATTACH TO
  193. Isolated eosinophils from healthy donors rapidly attach to ASMC
  194. Dystrophin can attach to the cytoskeleton
  195.  
  196. % INVESTIGATED, EXAMINED WHETHER
  197. this study examined whether AQP1 is present in HPMC
  198.  
  199.  
  200.  
  201. % from PASBio
  202.  
  203. % abolish.01
  204. % MEDLINE No.1
  205. This mutation abolishes splicing
  206. % EMBO No.1 (passive)
  207. Transcription is completely abolished
  208.  
  209. % alter.01
  210. % MEDLINE No.1
  211. Mutations alter splice sites
  212. % EMBO No.3
  213. Phosphorylation was not altered by treating the cells
  214.  
  215. % begin.01 ("start existing")
  216. % EMBO No.1
  217. The density begins between amino acids 136 and 140
  218.  
  219. % begin.02 ("start doing")
  220. % EMBO No.1
  221. The levels begin to return
  222.  
  223. % block.01
  224. % MEDLINE No.1  ('the' was manually added to "step")
  225. Mutations block the step II
  226. % EMBO No.3 (passive)
  227. Labeling is blocked by pre-incubation
  228.  
  229. % catalyse.01, ("catalyze") is unknown
  230. % EMBO No.2 
  231. enzymes catalyze the unwinding
  232. % MEDLINE No.1 (passive)
  233. The metabolism is most likely catalysed by P450
  234.  
  235. % confer.01
  236. % MEDLINE No.2
  237. The variant does not confer a risk
  238. % EMBO No.1 (passive)
  239. The phenotype can be conferred by replacing the C-terminus with Stat5
  240.  
  241. % decrease.01
  242. % MEDLINE No.1
  243. Treatment decreased synthesis
  244. % EMBO No.2 (passive)
  245. The protection is decreased
  246.  
  247. % delete.01
  248. % MEDLINE No.1
  249. Transcripts delete exons
  250. % EMBO No.4 (passive)
  251. the binding was deleted
  252.  
  253. % develop.01 
  254. % MEDLINE No.1 ('a' was manually added to "deficiency")
  255. The son developed a deficiency
  256.  
  257. % disrupt.01
  258. % MEDLINE No.1
  259. A mutation disrupted a sequence
  260.  
  261. % eliminate.01
  262. % MEDLINE No.1 
  263. Deletion would eliminate a residue within a domain
  264. % EMBO No.4 (passive)
  265. All three sites are eliminated
  266.  
  267. % encode.01
  268. % MEDLINE No.1 
  269. Supt4h2 encodes a protein
  270. % EMBO No.1
  271. SBP2 may be encoded by three transcripts
  272.  
  273. % express.01
  274. % MEDLINE No.1  (passive) ('the' was manually added to "brain")
  275. The enzyme was expressed exclusively in the brain
  276. % MEDLINE No.7
  277. Retroelements express Pol
  278.  
  279. % generate.01
  280. % MEDLINE No.1
  281. Prnd generates transcripts
  282. % MEDLINE No.7
  283. Molecules are generated by an alternative splicing
  284.  
  285. % inhibit.01 MEDLINE No.1
  286. This peptide inhibited binding
  287. % inhibit.01 MEDLINE No.2 (passive)
  288. Isoforms are inhibited by rolipram
  289.  
  290. % initiate.01 MEDLINE No.1 (?)
  291. Tumours had altered mRNAs , initiated within intron 1
  292. % initiate.01 MEDLINE No.2
  293. Cells initiate transcription at multiple sites
  294. % initiate.01 MEDLINE No.3 (intransitive)
  295. Translation initiates from an internal codon
  296.  
  297. % lead.01 MEDLINE No.1
  298. A mutation leads to ligation
  299. % lead.01 ? (passive)
  300.  
  301. % lose.01 MEDLINE No.1
  302. A variant which lost a site has been characterized
  303. % lose.01 EMBO No.3 (passive)
  304. Anchoring ability was lost
  305.  
  306. % modify.01 MEDLINE No.1 (passive)
  307. Genes were modified
  308. % modify.01 EMBO No.2
  309. Factors that can modify the binding may regulate binding
  310.  
  311. % mutate.01 MEDLINE No.1 (adj?)
  312. % [there may be a problem here with "deficiency"]
  313. The mutated allele resulted in deficiency
  314. % mutate.01 MEDLINE No.2 (passive participle postmodifier)
  315. The gene mutated in mice encodes a protein
  316. % mutate.01 EMBO No.4
  317. The fragments were mutated by the sequence
  318. % mutate.01 ? (active)
  319.  
  320. % proliferate.01 MEDLINE No.1
  321. Cells are characterized by an ability to proliferate
  322. % proliferate.01 MEDLINE No.2
  323. Cells proliferate
  324. % proliferate.01 ? (passive)
  325.  
  326. % recognize.01 MEDLINE No.1 (passive participle postmodifier)
  327. The protein would lack epitopes recognized by the serum
  328. % recognize.01 MEDLINE No.3
  329. A number recognized by cells have been isolated
  330. % recognize.01 MEDLINE No.5
  331. Antibodies recognize specifically a polypeptide
  332.  
  333. % result.01 MEDLINE No.1
  334. We report the existence of isoforms which result from splicing
  335. % result.01 MEDLINE No.2
  336. Both mutations result in high proportions of mRNAs
  337. % result.01 ? (passive)
  338.  
  339. % skip.01 MEDLINE No.1
  340. sequencing revealed a mutation, which skipped exon 3
  341. % skip.01 MEDLINE No.2
  342. An exon can be skipped by splicing
  343.  
  344. % splice.01 MEDLINE No.1
  345. exon 30 is spliced together with the intron
  346. % splice.01 PNAS No.4
  347. 3I spliced 20% as efficiently as 3F
  348. % splice.01 PNAS No.4 (oversimplified?)
  349. 3I spliced
  350.  
  351. % splice.02 MEDLINE No.1
  352. CD1c has a form that is thought to be spliced out
  353. % splice.02 MEDLINE No.2
  354. One exon is spliced out of the transcript
  355. % splice.02 MEDLINE No.9
  356. Exon 16 can be spliced out
  357.  
  358. % transcribe.01 MEDLINE No.1
  359. The gene is transcribed
  360. % transcribe.01 MEDLINE No.2
  361. KLK41 transcribes two alternative transcripts
  362.  
  363. % transform.01 MEDLINE No.1
  364. FGF8b can transform the midbrain into a cerebellum fate
  365. % transform.01 MEDLINE No.3
  366. Phospholipase D is known to transform cells into tumorigenic forms
  367.  
  368. % transform.02 MEDLINE No.1
  369. The DNA was used to transform E. coli
  370.  
  371. % translate.01 MEDLINE No.1
  372. Splicing results in a transcript which would be translated into a protein
  373. % translate.01 EMBO No.1
  374. Stat1 was translated
  375. % translate.01 EMBO No.2 (oversimplified? slightly modified)
  376. Stat1 translated can become a dimer
  377.  
  378. % translate.02 MEDLINE No.1
  379. This review examines technologies that can be used to translate information
  380. % translate.02 MEDLINE No.3
  381. Acj6 translates information into specificity
  382.  
  383. % translate.03 MEDLINE No.1
  384. The functions translate into modulations
  385.  
  386. % truncate.01 MEDLINE No.1
  387. Changes were predicted to truncate the protein
  388. % truncate.01 MEDLINE No.2
  389. The domains were truncated
  390.  
  391. % verbs taking particles
  392. The recombinant plasmid was screened out
  393. The adenine bulge is looped out
  394. A monomer is built up of strands
  395.  
  396. % "in gel"
  397. % should have been in-gel to be grammatical -- could a spell cheker guess this?
  398. They were measured by in gel kinase assays
  399.  
  400.  
  401. % IMPORTANT: CAPITALIZED-WORDS SHOULD ALLOW "that" ETC. (<noun-sub-s> missing)
  402. it encodes a GPCR that is homologous to the chemokine
  403. % compare
  404. it encodes a gPCR that is homologous to the chemokine
  405.  
  406. % "ORDERED" as an adjective
  407. The complex plays a role in the construction of ordered multicellular structures
  408.  
  409. % CONCENTRATED as an adjective
  410. the genes were most concentrated in the cell
  411.