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Encoding:
Text File  |  1991-09-17  |  5.5 KB  |  162 lines
  1.  
  2. These directories contain various programs developed at Lawrence Berkeley
  3. Laboratory for use with HIPS2.
  4.  
  5. Brian Tierney, LBL
  6. bltierney@lbl.gov
  7.  
  8. The following is the README from the HIPS-1 version of the directory, which
  9. briefly describes only a fraction of the programs available in this directory:
  10.  
  11. -------------------------------OLD README-------------------------------------
  12.  
  13. The contents of this directory come courtesy of the Lawrence Berkeley
  14. Laboratory.
  15.  
  16. Description of some of the contents of this directory:
  17.  
  18.   README:  this file
  19.  
  20.   doc/dna_segmentation.me  : copy of a paper which describes the use of
  21.                      some of these programs
  22.  
  23. subdirectories:
  24.  
  25. lib/    : directory containing routines for allocating, reading, writing,
  26.           and freeing dynamically allocated 2D and 3D arrays. Used by
  27.           bclean.c, bthin.c, fill_holes.c, flip_quad.c, getobj.c, and hstat.c
  28.  
  29. doc/    : the above-mentioned paper
  30.  
  31. hips/    : standard HIPS filters, subroutines and man pages
  32.  
  33. include/: include files required for these filters (these are not installed
  34.     but simply used in place)
  35.  
  36. xhips2/    : the routine xhips2 which is a raw X11 viewer (an improvement on
  37.         drivers/xhips)
  38.  
  39. xwindows/: several XView-based image analysis programs
  40.  
  41. Some of the new HIPS filters:
  42.  
  43.     addmask - combines a HIPS image with a binary mask to create a new
  44.         image.
  45.  
  46.     applylut - apply a text gray-level look-up table to a byte or short 
  47.         formatted HIPS image.
  48.  
  49.     autocollage - collages a sequence of hips images into a single 
  50.         frame with 50 pixels between each image.
  51.  
  52.     autoextract - generate a csh script file to automatically extract
  53.         smaller images from a larger HIPS image.
  54.  
  55.     bdwindow - window on pixels in depth
  56.  
  57.     bin_mask - apply a bitmask to each pixel of an image
  58.  
  59.     clip - limit the upper and lower grey values of an images to a
  60.         specified value
  61.  
  62.     fill_holes - fill small holes in binary HIPS images.
  63.  
  64.     flip_quad - flips the 4 quadrants of a HIPS image.
  65.  
  66.     getobj - Selects objects out of an image, and sets the
  67.         rest of the image to a given background value. 
  68.  
  69.     gray_wedge - generate a gray value ramp image
  70.  
  71.     hfant - perform simple spatial transforms on a hips sequence of images
  72.  
  73.     hfant_sh - perform simple spatial transforms on a hips sequence of
  74.         images
  75.  
  76.     hstat - computes statistics on objects in a HIPS image defined 
  77.         by a binary mask.
  78.  
  79.     make_mask - create an edge detector mask
  80.  
  81.     maxseq - overlays two sequences.
  82.  
  83.     printxyz - makes list of x,y,z locations of objects in a binary image
  84.         mask.
  85.  
  86.     scale_gray - do window based mapping and quadratic scaling of the
  87.         pixel values of a sequence of images
  88.  
  89. Similar to previous HIPS filters
  90.  
  91.    bthin.c  : similar to thin, but uses a different algorithm, is MUCH
  92.               faster, and has some possibly annoying artifacts ( see the
  93.           man page )
  94.  
  95. New versions of previous HIPS filters
  96.  
  97.    bclean2.c   : about 500 times faster than old version, but uses 3-4 times
  98.                 more memory
  99.    checkers2 : generate a checker board pattern of gray values
  100.    disphist_short : display histogram files as a bar graph (smaller output
  101.         images)
  102.    ftocc : converts floating images to complex (i and r equal to float
  103.         image)
  104.    histoeq2.c  : now handles short and int images, plus fixes a bug in the
  105.                 old version when using the -z option on a sequence
  106.    mls_short : suppress random noise in an image
  107.    suntohips2.c : now looks and sun raster colormap and converts colors
  108.                  to grayscale.
  109.  
  110. getobj3d/    source code for getobj3d program
  111.     getobj3d - is a 3D version of getobj, 
  112.         which selects objects out of an image, and sets the
  113.         rest of the image to a given background value.
  114.  
  115. mahe/        source code for mahe program
  116.     mahe - "clipped" adaptive histogram equalization
  117.  
  118. scale_geom/    source code for scale_geom
  119.     scale_geom - filtered image scale and translate
  120.  
  121. segal/        source code for segal 
  122.     segal - An X-windows based image/mask viewer, editor, and analyser.
  123.  
  124. tiff/        source code for tifftoh and htotiff
  125.     htotiff - reads a HIPS file and convert it to TIFF format
  126.     tifftoh - convert a tiff image file to a hips image file
  127.  
  128. /***********************************************************************/
  129. /*  COPYRIGHT NOTICE         *******************************************/
  130. /***********************************************************************/
  131.  
  132. /*   These programs are copyright (C) 1990/1991, Regents  of  the
  133. University  of  California.   Anyone may reproduce this software,
  134. in whole or in part, provided that:
  135. (1)  Any copy  or  redistribution  must  show  the
  136.      Regents  of  the  University of California, through its
  137.      Lawrence Berkeley Laboratory, as the source,  and  must
  138.      include this notice;
  139. (2)  Any use of this software must reference this  distribu-
  140.      tion,  state that the software copyright is held by the
  141.      Regents of the University of California, and  that  the
  142.      software is used by their permission.
  143.  
  144.      It is acknowledged that the U.S. Government has  rights
  145. to this software under  Contract DE-AC03-765F00098 between the U.S.
  146. Department of Energy and the University of California.
  147.  
  148.      This software is provided as a professional  academic  
  149. contribution for  joint exchange.  Thus it is experimental, is
  150. provided ``as is'', with no warranties of any kind  whatsoever,
  151. no  support,  promise  of updates, or printed documentation.
  152. Bug reports or fixes may be sent to the author, who may or may
  153. not act on them as he desires. 
  154. */
  155.  
  156. /*   Author:  Brian L. Tierney
  157.  *            Lawrence Berkeley Laboratory
  158.  *            Imaging and Distributed Computing Group
  159.  *            email: bltierney@lbl.gov
  160. */
  161.  
  162.