home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Simtel MSDOS 1992 June / SIMTEL_0692.cdr / msdos / database / list_mgr.arc / BIBLIO.DOC next >
Encoding:
Text File  |  1987-09-15  |  8.0 KB  |  206 lines
  1.  
  2.             BIBLIO.EXE
  3.                Version 9/87
  4.  
  5.           A Search and Retrieval Utility 
  6.            for list management.
  7.  
  8.              BIOLIT Inc., #47
  9.               131 NW 4th St.
  10.            Corvallis OR. 97339
  11.       
  12. You are invited to try BIBLIO and to give copies to 
  13. others. Anyone who keeps the program should send $20 to the
  14. address above to avoid copyright infringement and license 
  15. their use of the program.  If they send their address and 
  16. the name of the program registered, registrants will be 
  17. sent free replacement disks if any major 'bugs' are found 
  18. and removed from the program before January 1, 1989 and    
  19. will be offered low-cost updates if significantly enhanced 
  20. versions  are developed. Suggestions for enhancements are 
  21. invited.  
  22.  
  23. NOTE: Another Biolit program, LIST-MGR.EXE, is similar to 
  24. BIBLIO but is more general in its application, being 
  25. intended for use with lists in general. It allows retrieval
  26. of records containing a given phrase, word, or word 
  27. fragment (referred to as a 'phrase') in a designated part  
  28. (field) of the record and retrievals of records containing 
  29. either or both of two field/phrase combinations. It also   
  30. provides the select-on-display, select-all-records, and    
  31. reformatting options of BIBLIO.    
  32.  
  33. When you register BIBLIO, you may request a free  copy of LIST-MGR if you enclose a formatted diskette with  
  34. postage-paid mailer or enclose an additional $1.50 for       
  35. diskette and mailing costs.
  36.  
  37.  
  38.        SOME EXAMPLES OF WHAT YOU CAN DO WITH BIBLIO 
  39.  
  40. Using an input list of bibliographic references (records), 
  41. you can generate a new text file containing: 
  42.  
  43. References in which the Author and Title fields have been  
  44. interchanged. 
  45.  
  46. References from which the Keys field, Notes field, and       
  47. field labels have been omitted. 
  48.  
  49. All of the references by a specified author. 
  50.  
  51. Those references by a specified author which also include a
  52. specified key word in the Keys field. 
  53.  
  54. Those references which contain both of two key words in the
  55. Keys field. 
  56.  
  57. Those references which contain both of two text words (in  
  58. the Title, Keys, or Notes fields). 
  59.  
  60.            WHAT BIBLIO DOES 
  61.  
  62. BIBLIO acts upon an input file containing a list of       
  63. bibliographic citations, each of which may include up to 5 
  64. labeled fields: Authors (field A), Title (T), Source (S),  
  65. Keywords (K), and Notes (N).  It can accomplish either or  
  66. both of two functions, REFORMATTING and RETRIEVAL. 
  67.  
  68. REFORMATTING:  For multi-field records, the user may change
  69. the fields to be included in the output-file records as    
  70. well as the sequence of fields within the records. 
  71.  
  72. RETRIEVAL: Selected records are extracted from the input   
  73. list and returned to a new disk text file.  Records are    
  74. selected according to one of the following criteria, as
  75. chosen by the user:
  76.  
  77. a) occurrence of a desired search phrase in a specified 
  78. field (field A, T, K, N, or T+K+N); 
  79.  
  80. b) occurrence of both of two field/phrase combinations;
  81.  
  82. c) direct decision when the first part of each record is   
  83. displayed; 
  84.  
  85. d) retrieval of all records in the list (useful for       
  86. Reformatting). 
  87.  
  88.  
  89.      FORMAT FOR INPUT RECORD (REFERENCES) FILE: 
  90.  
  91. 1. The input file must not exceed 60000 bytes. 
  92.  
  93. 2. Each record must be followed by an empty line. 
  94.  
  95. 3. Any 'empty' line within a single record must contain
  96. at least a space (i.e., it is not really empty but will    
  97. appear to be so).
  98.  
  99. 4. The `{`  sign must not occur except as specified below. 
  100.  
  101. 5. Any record may include any or all of 5 labeled fields,  
  102. in any order. Each field must begin at the left margin with
  103. a three-character label: a '{', a letter (A,T,S,K, or N),  
  104. and a space.  Permitted fields and labels are: 
  105.    {A [Author field]  -first line must begin with: `{A ` 
  106.    {T [Title field]  -first line must begin with: `{T ` 
  107.    {S [Source field] -first line must begin with: `{S ` 
  108.    {K [Key words or phrases] -first line begins: `{K ` 
  109.    {N [Notes, abstract, etc.] -first line begins: `{N ` 
  110.  
  111. 6. The number, length, or sequence of fields need not be   
  112. the same for different records. 
  113.  
  114.  
  115.              TECHNIQUE 
  116.  
  117. On-screen instructions should be adequate for your use of  
  118. BIBLIO.  However, the following pointers may be of       
  119. interest. 
  120.  
  121. SEARCH PHRASES: Search phrases may be words, word       
  122. fragments, or phrases up to 18 characters in length.
  123.  
  124. HOW MANY FIELDS:  There is no need for a given field to    
  125. contain only a single  category of information. The entire 
  126. record can be in a single field, simplifying file       
  127. preparation, if (a) you will not need to change the record 
  128. format for the output file or (b) retrieval is desired no  
  129. matter where within the record your search phrase occurs.  
  130. On the other hand, if you will want to drop or move part of
  131. the record before output, or if some occurrences of the    
  132. search phrase should be ignored, an additional field will  
  133. need to be used.  
  134.  
  135. PUNCTUATION:  Punctuation, spacing, and upper/lower case   
  136. of search phrases must be the same as  in the input file   
  137. for a retrieval to  occur. Judicious selection of search   
  138. phrases will minimize false non-retrievals or false       
  139. retrievals. Examples: if you want retrieval whether or not 
  140. the first letter of a phrase is capitalized, omit that       
  141. first letter from your search phrase.  If you do not want  
  142. retrieval if a word is part of a larger word, include the  
  143. preceding and or following space. Use all-caps in the       
  144. record when possible (as in Keys and Notes fields) to       
  145. eliminate uncertainty about case for those sections of the 
  146. record.
  147.  
  148. RE-SELECTION:  The number of search phrase/field       
  149. combinations for a given record is not limited to the two  
  150. that can be entered at each pass: if field labels are       
  151. retained in the output file, that output file can then be  
  152. used (after being renamed) as the input file for selection 
  153. of a further sub-set of records. Using this cascade       
  154. technique, simultaneous occurrence of any number of search 
  155. field/phrase combinations may be required before a record  
  156. is finally selected. 
  157.  
  158.  
  159.             SAMPLE INPUT FILE 
  160.  
  161. The short input file seen below is included on the       
  162. distribution diskette as BIBLIO.REF.  Scan it now to       
  163. identify possible search strategies (e.g., retrieve       
  164. those records containing both CARTIL and PROTEIN SYN in    
  165. field K.  Then type BIBLIO for a trial run of the program. 
  166.  
  167.  
  168.               BIBLIO.REF 
  169.  
  170. {A L.F. Adamson and S.H. Ingbar  
  171. {T Selective Alteration by Triiodothyronine of Amino Acid  
  172.    Transport in Embryonic Bone    
  173. {S Endocrinology, 81 (1967) 1362-1371  
  174. {K AMINO ACID TRANSPORT  THYROID HORMONE  BONE    
  175.   
  176. {A L.F. Adamson, S.G. Langeluttig, and C.S. Anast  
  177. {T Inhibition by Puromycin of Amino Acid Transport by       
  178.    Embryonic Chick Bone  
  179. {S Biochim. Biophys. Acta, 115 (1966) 355-360  
  180. {K PROTEIN SYNTHESIS  PUROMYCIN  AMINO ACID TRANSPORT  BONE
  181.    CARTILAGE  
  182. {N PUROMYCIN INHIBITS AMINO ACID TRANSPORT BY EMBRYONIC    
  183.    CHICK BONE BUT ONLY AFTER A 1-2 HOUR DELAY.    REVERSAL OF
  184.    THE INHIBITION AFTER REMOVAL OF THE PUROMYCIN IS ALSO   
  185.    DELAYED.  THE DELAYS ARE ATTRIBUTED TO THE TIME REQUIRED
  186.    FOR EXHAUSTION OR SYNTHESIS OF TRANSPORT PROTEINS.  
  187.   
  188. {A L.F. Adamson, A.C. Herrington, and J. Bornstein  
  189. {T Evidence for the Selection by the Membrane Transport    
  190.    System of Intracellular or Extracellular Amino Acids for
  191.    Protein Synthesis  
  192. {S Biochim. Biophys. Acta, 282 (1972) 352-365  
  193. {K PROTEIN SYNTHESIS  AMINO ACID TRANSPORT  PUROMYCIN  BONE
  194.    CARTILAGE  
  195. {N ..A COMPLEX FORMED BETWEEN THE AMINO ACID AND THE       
  196.    MEMBRANE TRANSPORT SYSTEM  IS THE SOURCE OF SUBSTRATE   
  197.    FOR PROTEIN SYNTHESIS OR FOR INTRACELLULAR RELEASE.    IN 
  198.    ORDER FOR INTRACELLULAR AMINO ACIDS TO BE INCORPORATED  
  199.    INTO PROTEIN, THEY MUST FIRST BECOME REASSOCIATED WITH  
  200.    THE MEMBRANE, IN COMPETITION WITH EXTRACELLULAR AMINO   
  201.    ACIDS AND AT A SITE EXPOSED TO EXTRACELLULAR MODIFIERS  
  202.    OF AMINO ACID UPTAKE.  
  203.  
  204. ITION WITH EXTRACELLULAR AMINO   
  205.    ACIDS AND AT A SITE EXPOSED TO EXTRACELLULAR MODIFIERS  
  206.    OF AMINO ACID UPT