Σκοπός του Ωνασείου Καρδιοχειρουργικού Κέντρου, σύμφωνα με το όραμα των ιδρυτών του αλλά και τη διακηρυγμένη βούληση της Πολιτείας, είναι να παρέχει τις πιο σύγχρονες ιατρικές υπηρεσίες στον Έλληνα πολίτη μέσα σε ένα φιλικό και ανθρώπινο περιβάλλον. Εξίσου σημαντική θεωρείται επίσης και η συμβολή του Κέντρου στην έρευνα και αντιμετώπιση των καρδιαγγειακών παθήσεων.

Κατ'επέκταση, οι κύριοι στόχοι του ΩΚΚ είναι:

• Να καθιερώσει την παρουσία του ως πρωτοπόρος οργανισμός στην καρδιοχειρουργική επιστήμη, σε εθνικό αλλά και διεθνές επίπεδο.
• Να ανάπτυξει και να διατηρήσει σχέσεις συνεργασίας και με άλλους ιατρικούς οργανισμούς, εκπαιδευτικά ιδρύματα και ερευνητικούς φορείς στη χώρα μας και στο εξωτερικό ώστε να εξασφαλίζεται η καλύτερη δυνατή εξυπηρέτηση των ατόμων με καρδιαγγειακές παθήσεις.
• Να παραμείνει στη συνείδηση του συνόλου της κοινωνίας ως ένα ανεκτίμητο εθνικό κεφάλαιο κοινωνικής προσφοράς.