Εκτός όμως από τα πολύ θετικά οικονομικά απότελέσματα, την πορεία της ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑΣ συμάδεψαν δύο σημαντικά γεγονότα.

Το 1998 ήταν χρόνος σταθμός για τη σύντομη ιστορία της Τράπεζας λόγω της εξαγοράς του πλειοψηφικού πακέτου των μετοχών της Τράπεζας Κεντρικής Ελλάδος, μετά από πλειοδοσία στον διαγωνισμό που προκήρυξε η Αγροτική Τράπεζα της Ελλάδος τον Ιούλιο του 1998. Η ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑ, μετά την μεταβίβαση των μετοχών - 51% των κοινών και 20,1% των προνομιούχων - είναι ο πλειοψηφών μέτοχος και έχει αναλάβει τη διοίκησή της. Στόχος της νέας Διοίκησης, είναι η λειτουργία της Τράπεζας με καθαρά ιδιωτικοοικονομικά κριτήρια, η ανάπτυξη και ο εκσυγχρονισμός της, με απώτερο σκοπό την άμεση συγχώνευση με την ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑ.

Η διαδικασία της συγχώνευσης που έχει ξεκινήσει και προβλέπεται να ολοκληρωθεί μέσα στο πρώτο εξάμηνο του 1999, θα οδηγήσει στη δημιουργία ενός δυναμικού οργανισμού με την επιθυμητή εικόνα της πανελλαδικής παρουσίας, και το ιδανικό μέγεθος για την μέγιστη εκμετάλλευση των οικονομιών κλίμακος.

Το 1998 ήταν χρόνος σταθμός και για άλλον ένα λόγο. Τον Οκτώβριο του 1998, η ΕΓΝΑΤΙΑ ΤΡΑΠΕΖΑ παρουσίασε τη νέα υπηρεσία του Internet Banking, WEBSHOP πρωτοπορώντας για μία ακόμη φορά και καλύπτοντας ένα μεγάλο κενό της ελληνικής αγοράς στο χώρο του ηλεκτρονικού εμπορίου. Με το WEBSHOP τα ελληνικά ηλεκτρονικά καταστήματα δίνουν τη δυνατότητα στους Πελάτες τους να πληρώνουν για τις αγορές τους με άμεση και ασφαλή χρέωση της πιστωτικής τους κάρτας με αποτέλεσμα την πλήρως αυτοματοποιημένη ολοκλήρωση της παραγγελίας.