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Panda Antivirus 6.0 comprend deux modes de fonctionnement : le mode élémentaire et le mode avancé. Le premier offre une facilité d'utilisation unique tandis que le deuxième permet de mettre à profit toute la puissance du programme à l'aide de ses multiples possibilités de configuration. Un bouton situé dans la barre de boutons du programme permet aisément de passer d'un mode à l'autre.

	MODE ELEMENTAIRE. De nombreux aspects de ce mode sont configurés par défaut. Il permet de varier aussi les options d'analyse les plus courantes. Pour analyser sous ce mode de fonctionnement, vous devez choisir une des analyses prédéfinies dont dispose le programme ; vous ne pouvez pas créer de nouvelles analyses personnalisées.
	MODE AVANCE. Ce mode permet de configurer toutes les options d'analyses de Panda Antivirus 6.0. Il permet en outre de créer de nouvelles analyses.