Kerio Personal Firewall má kontrolu nad všemi aplikacemi v operačním systému, bez ohledu na to, zda síťově komunikují či nikoliv. Takto např. dokáže okamžitě odhalit infikaci aplikace novým virem či trojským koněm — narozdíl od antivirového programu, kde vždy existuje určitá prodleva mezi objevením nového viru a příslušnou aktualizací virové databáze.

K nastavení parametrů kontroly aplikací slouží sekce Bezpečnost systému.

Volba Povolit modul bezpečnosti systému zapíná/vypíná kontrolu spouštěných aplikací. Je-li tato volba vypnuta, pak Kerio Personal Firewall spouštění aplikací nesleduje.