IS EPASS^® je velmi široce konfigurovatelný systém. Pomocí různých nastavení lze poměrně zásadně měnit chování a dostupnost funkcí v jednotlivých modulech systému.

Rozlišujeme tzv. Systémová nastavení a nastavení jednotlivých modulů. Systémová nastavení mají platnost v celém systému (např. způsob zobrazení záznamů v seznamech – fonty apod.). Veškerá funkcionalita nastavení je podmíněna příslušnými uživatelskými oprávněními.

Součástí jednotlivých konfigurací jsou i různé speciální COM komponenty (jakési Drivers), které rozšiřují funkcionalitu systému. Jednotlivá nastavení rozlišují, zda jsou obecná či závislá na přihlášeném uživateli.