V programu NetMeeting můžete zvolit, zda chcete schůzky a volání zabezpečovat. Ve výchozím nastavení nejsou volání zabezpečena. Při zabezpečeném volání může program NetMeeting šifrovat data, ověřovat účastníky schůzky pomocí certifikátů a provádět ochranu heslem.
Při výměně dat během zabezpečeného volání nebo schůzky jsou data šifrována, takže je může číst pouze zamýšlený příjemce. Program NetMeeting poskytuje certifikát soukromí umožňující šifrování informací při odeslání a rozšifrování v počítači příjemce.
Při ověřování probíhá kontrola identity osoby, s níž komunikujete. Nejčastějším způsobem ověřování je použití certifikátů.
Ověřovací certifikát je sada dat identifikující danou osobu. Certifikát je po ověření identity žadatele vydán některou z důvěryhodných organizací známých jako certifikační úřady. Pomocí ověřovacích certifikátů lze také šifrovat informace a zajistit, aby odesilatel a příjemce používali stejný šifrovací klíč.
Zabezpečena mohou být pouze datová volání. Při zabezpečeném volání lze použít programy Konverzace a Tabule, sdílet programy a přenášet soubory. Není ale možné použít zvuk nebo video, protože jejich přenos není šifrován. Při schůzce nelze používat zabezpečená i nezabezpečená volání. Všechna volání musí být stejného typu.
K ochraně důvěrnosti schůzek online je také možné použít heslo. Při plánování schůzky zvolte heslo a poskytněte je ostatním účastníkům. Při zahájení schůzky je účastníkům umožněno připojení až po zadání hesla. Ochrana heslem umožňuje snadné sledování účasti na schůzce.