Výkresové soubory, které systém zakládá při své činnosti, jsou odvozeny od vzorového výkresu UGEO.dgn, který je součástí instalace systému. Ten je mj. charakterizován hlavně nastavením pracovních jednotek (Working Units):

• Hlavní jednotky (Master Units) = m
• Vedlejší jednotky (Position Units) = mm
• Vedlejší jednotky na hlavní (Sub-units per Master Units) = 1000
• Základní jednotky na vedlejší (Position Units per Sub Units) = 1
• Tedy rozlišitelnost souřadnic na milimetry.

Vzhledem k tomu, že systém MicroStation standardně využívá kartézský souřadný systém (další možností je polární nebo sférický), je pro systém S-JTSK využívána kresba ve třetím kvadrantu, tzn. :

• jsou zaměněny osy x a y
• používá se obrácená orientace os - souřadnice y, x se uvádějí se záporným znaménkem).

Transformační vztah je tedy dán předpisem:

(x,y)_MicroStation=(-Y,-X)_S-JTSK

Systém předpokládá, že všechny vstupní souřadnice bodů jsou vkládány v souřadnicovém systému S-JTSK a interně provádí jejich převod do souřadnicového systému MicroStation. Uživatel musí mít tuto skutečnost na zřeteli zejména při souřadnicové definici nových prvků pomocí příkazů xy= nebo dx=. Všechny souřadnice vystupující ze systému jsou rovněž v systému S-JTSK.

Naproti tomu určující geometrické parametry zadávané při konstrukci bodů pomocí geodetických úloh je nutno zadávat v souřadnicovém systému MicroStation, tzn., že úhly jsou pravotočivé (měří se ve směru proti chodu hodinových ručiček) a směrníky jsou vztaženy k ose +x kartézského souřadnicového systému.