Tyto systémové oblasti se mohou stát cílem útoku virů - buď jako prostor umístění viru (Partition, Boot) nebo vhodné místo pro destrukční akci (typicky CMOS paměť). Zničení systémových oblastí je závažná situace, která vede k havárii počítače. Nejjednodušší a nejspolehlivější technikou rekonstrukce systémových oblastí je jejich obnova z dříve vytvořených záložních souborů.
Programy AVG umí vytvořit soubor se záložními kopiemi systémových oblastí. Mimo již jmenovaných oblastí se ukládají také další důležité části pevného disku.
Zvláštním problémem je umístění souboru záložních kopií. Pokud je tento soubor umístěn na pevném disku (což je nejpohodlnější), je nutné si uvědomit, že pokud bude pevný disk v důsledku poškození systémových oblastí nepřístupný, budou nedosažitelné i záložní kopie. Za nejvhodnější umístění souboru se záložními kopiemi lze považovat kvalitní disketu, která kromě záložních kopií nese také operační systém - je systémová.