Záložka Protokoly umožňuje nastavit údržbu protokolů. Během užívání antivirového systému přibývají do protokolů nové záznamy, které jsou po delším čase nepotřebné. Proto může být výhodné vymazávat staré záznamy. Soubory s protokoly mají speciální formát, který jim umožňuje rychle pracovat i při velkém množství záznamů. Uvedený formát pro efektivní fungování vyžaduje občasnou údržbu (podobně jako pevný disk vyžaduje defragmentaci). Nedoporučuje se měnit přednastavené hodnoty.

Automaticky mazat záznamy protokolu infiltrací a protokolu upozornění – pokud je uvedené políčko zaškrtnuto, budou se po definovaném počtu dní automaticky odmazávat staré záznamy antivirového systému.

Automaticky mazat záznamy o kontrole programu NOD32 – pokud je uvedené políčko zaškrtnuto, budou se po definovaném počtu dní automaticky odmazávat záznamy uživatelem spuštěných testů.  Doporučujeme ponechat třicetidenní životnost.
Automaticky optimalizovat protokoly – pokud je toto políčko zaškrtnuté, budou se automaticky optimalizovat protokoly, čímž se ušetří místo na disku.
Optimalizuj – spustí aktualizaci protokolů.