JonDo unterstützt derzeit nur die folgenden Internet-Protokolle:
Typische Programme, die von JonDo unterstützt werden, sind:
JonDo ist hauptsächlich zum anonymen Websurfen gedacht. Folgende Anwendungen werden deshalb von JonDo nicht unterstützt:
Im Netz gibt es trotzdem immer wieder Hinweise, wie man JonDo dazu bewegen kann, obige Anwendungen zu anonymisieren. Diese sind nichts weiter als Alchemie und funktionieren nicht wirklich. Manche dieser Verbindungen, z.B. Skype, könnten theoretisch über JonDo geleitet werden, allerdings findet dadurch keine Anonymisierung statt, lediglich eine Weiterleitung des Datenverkehrs. Der Skype-Anbieter selbst kann jede Kommunikationsverbindung trotz zwischengeschalteter Mixe problemlos aufdecken.
Auch alle skriptgesteuerten Webanwendungen (JavaScript/Java/Flash), wie Chatrooms, interaktive Karten und Online-Spiele können nicht anonymisiert werden. Mithilfe von Skripten können JonDos Schutzmechanismen mehr oder weniger einfach umgangen werden. Wer anonym sein möchte, sollte auf diese Anwendungen ganz verzichten.