Penguin Command musíte bránit šestici vesmírných měst, na která nalétávají rakety, chytře manévrující miny a další havěť, kterou musíte samozřejmě sestřelit dřív, než dorazí ke svému cíli (k městům) a zničí je. Zní to jednoduše, ale ve skutečnosti je tu ještě mnoho co líčit. Hráč má v dolní části obrazovky (kde jsou umístěna města) také tři děla, každé má u sebe přibližně dvacet nábojů. Děla jsou rozestavena systematicky, vlevo, vpravo a uprostřed. Mezi nimi je schováno to, co musíte ubránit - vesmírná města (v podobě pořádně zvětšených ikonek). Z horní části obrazovky směrem dolů proudí desítky paprsků, v jejichž čele je raketa, a které se řítí na náhodně vybraný cíl (jedno z měst či jedno z děl). Problém je v tom, že pokud paprsky nezničíte ihned, začnou si vybírat další cíle a dvojit se, což představuje dvojnásobný problém (a pokud hráč úspěšně nezareaguje ani poté, tak možná i čtyř či více-násobný). Raketa se dá zničit přímým zásahem do nejpřednější části paprsku, což je ta, která je nejblíže k vaším městům (a ta, do které se nejhůře strefuje). Autoři si zde dali záležet na "pojetí prostoru" - paprsky směřující k vám letí z obrovské dálky a tudíž jim to několik sekund trvá, než překonají celou obrazovku. Stejně tak i těm vašim. Proto nemůžete spoléhat na to, že zaměření na místo, kde se momentálně nachází hlavička nepřátelské střely, znamená její zničení. Kdepak, protože než tam vaše střela doletí, bude se jediná zasažitelná část cíle nacházet už mnohem níž. A pokud se trefíte do jakékoli jiné části celého paprsku (který se jakoby natahuje seshora), nic se neděje. Proto je nutné odhadovat rychlost paprsků a střílet několik centimetrů před ně. Nováčci určitě raději vystřelí dvakrát, aby si byli jisti.