Neobvyklých efektů lze v Illustratoru 9.0 vytvářením masek krytí. Masku krytí lze vytvořit navrstvením dvou nebo více objektů na sebe, jejich vybráním a klepnutím na volbu Mask v paletě Transparency. Nejvýše položený objekt se stane maskou a jeho hodnota světlosti určuje, co bude průhledné v podkladových objektech. Vytvoříte-li například masku krytí ze zcela bílého objektu, maskované objekty budou kompletně viditelné. Bude-li maska krytí naopak černá, podkladové objekty v místě překrytí zcela zmizí. Pod přechodem z bílé do černé budou objekty pod bílými a světlými oblastmi viditelné a postupně zcela zmizí v černých oblastech. Změnou průhlednosti masky krytí lze modulovat intenzitu krytí.
Vytváření masek vrstev v Illustratoru je rovněž jednoduché. Stačí se jen ujistit, že tvar, který chcete použít jako masku, je ve vrstvě zcela vpředu (vyberete objekt a zvolíte Object > Arrange > Bring To Front, tj. Objekt > Uspořádat > Zcela dopředu). Pak klepnete na tlačítko Make/Release Clipping Mask (Vytvořit/Zrušit ořezovou masku) v paletě Layers (Vrstvy). Všechno, co se nachází uvnitř tvaru se zobrazí; vše ostatní, co bylo vně, je skryto. A všechny další objekty, které vložíte do vrstvy později budou rovněž oříznuty podle masky. Masku lze kdykoliv zrušit opětovným klepnutím na tlačítko Make/Release Clipping Mask.