Fakulteti Univerziteta u Ni{u imaju institute koji su organizacione jedinice fakulteta:
Fakultetski instituti predstavljaju organiza-cionu sponu preko koje se ostvaruje saradnja sa privredom. Ova saradnja ostvaruje se po vi{e os-nova: preko sporazuma o dugoro~noj saradnji, nau~no-istra`iva~kih projekata koji se finansiraju iz sred-stava Republike, direktnih ugovora o izradi istra-`iva~ko- razvojnih studija i projekata, teku}ih pos-lova i usluga zainteresovanim privrednim organiza-cijama, sporazuma o osnivanju zajedni~kih laborato-rija, organizovanja seminara, t.j. kurseva za ino-vaciju znanja kadra zaposlenog u privredi i dru{tve-nim delatnostima, uklju~ivanjem stru~njaka iz priv-rede u rad na nau~noistra`iva~kim projektima i dr.
Na fakultetima Univerziteta u Ni{u postoje 82 specijalizovane laboratorije za nau~noistra`iva~ki rad, a pored toga i brojne laboratorije u okviru klinika, instituta i zavoda Medicinskog fakulteta. Svi fakulteti povezani su u Jedinstveni informa-cioni sistem Univerziteta u Ni{u. Nedostatak opreme za nau~na istra`ivanja prevazilazi se integracijom istra`iva~kih projekata i stvaranjem zajedni~kih laboratorija za nau~noistra`iva~ki rad.
Univerzitet u Ni{u je koordinator me|unarodnog projekta TRACE (Transregional Academic Mobility and Credential Evaluation Information Network) za Jugoslaviju.
VIDETI JO[ : Centar za nau~na istra`ivanja SANU i Univerziteta u Ni{u i Centar za interdisciplinarne studije i multidisciplinarne studije i nau~na istra`ivanja Univerziteta u Ni{u.