Fakulteti Univerziteta u Nisu imaju institute koji su organizacione jedinice fakulteta:
Fakultetski instituti predstavljaju organizacionu sponu preko koje se ostvaruje saradnja sa privredom. Ova saradnja ostvaruje se po vise osnova: preko sporazuma o dugorocnoj saradnji, naucnoistrazivackih projekata koji se finansiraju iz sredstava Republike, direktnih ugovora o izradi istrazivackorazvojnih studija i projekata, tekucih poslova i usluga zainteresovanim privrednim organizacijama, sporazuma o osnivanju zajednickih laboratorija, organizovanja seminara, t.j. kurseva za inovaciju znanja kadra zaposlenog u privredi i drustvenim delatnostima, ukljucivanjem strucnjaka iz privrede u rad na naucnoistrazivackim projektima i dr.
Na fakultetima Univerziteta u Nisu postoje 82 specijalizovane laboratorije za naucnoistrazivacki rad, a pored toga i brojne laboratorije u okviru klinika, instituta i zavoda Medicinskog fakulteta. Svi fakulteti povezani su u Jedinstveni informacioni sistem Univerziteta u Nisu. Nedostatak opreme za naucna istrazivanja prevazilazi se integracijom istrazivackih projekata i stvaranjem zajednickih laboratorija za naucnoistrazivacki rad.
Univerzitet u Nisu je koordinator medjunarodnog projekta TRACE (Transregional Academic Mobility and Credential Evaluation Information Network) za Jugoslaviju.